82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2317 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2317  hypothetical protein  100 
 
 		 534 aa  1104    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0306066  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22270  recombinase  45.34 
 
 		 525 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000532619  unclonable  9.12817e-22 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3480  recombinase  35.18 
 
 		 532 aa  293  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000373145  decreased coverage  0.0098808 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2612  recombinase  31.35 
 
 		 601 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2774  hypothetical protein  31.71 
 
 		 644 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3143  resolvase-like:recombinase  28.22 
 
 		 622 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1905  recombinase  28.9 
 
 		 585 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0302964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2727  Recombinase  29.63 
 
 		 590 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3227  recombinase family protein  31.4 
 
 		 508 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171762  hitchhiker  0.00185611 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00494  predicted recombinase  31.4 
 
 		 508 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148642  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3675  Recombinase  29.87 
 
 		 545 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0143  recombinase  29.1 
 
 		 565 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1409  putative recombinase  29.43 
 
 		 506 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1544  resolvase domain-containing protein  28.77 
 
 		 503 aa  113  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.197317  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1118  recombinase-related protein  26.08 
 
 		 563 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236338  unclonable  0.000000608507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1644  recombinase  27.47 
 
 		 550 aa  102  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0107  recombinase  27.95 
 
 		 544 aa  100  9e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3889  recombinase  27.36 
 
 		 560 aa  97.8  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0513638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3310  recombinase  26.96 
 
 		 589 aa  97.8  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0128  Resolvase domain  28.52 
 
 		 526 aa  97.1  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000180819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2440  recombinase  26.11 
 
 		 540 aa  96.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4018  hypothetical protein  25.75 
 
 		 539 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3026  phage recombinase, putative  30.58 
 
 		 541 aa  94  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0613972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0003  putative site-specific recombinase  28.25 
 
 		 509 aa  93.2  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3468  recombinase  25.33 
 
 		 571 aa  91.3  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723341  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0490  putative site-specific recombinase  29.29 
 
 		 681 aa  77.4  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402032  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  22.06 
 
 		 487 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1795  resolvase domain protein  25.68 
 
 		 558 aa  64.7  0.000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  25.19 
 
 		 540 aa  64.3  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  26.6 
 
 		 537 aa  62.8  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0845  DNA recombinase, putative  29.63 
 
 		 484 aa  61.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0849  cassette chromosome recombinase B  28.24 
 
 		 484 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000173859 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  23.06 
 
 		 488 aa  60.5  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0463  Resolvase domain protein  23.78 
 
 		 475 aa  59.3  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0983248  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  26.04 
 
 		 479 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0338  Recombinase  24.69 
 
 		 498 aa  58.9  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  24.15 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1250  resolvase  28.34 
 
 		 524 aa  56.2  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2336  recombinase  26.98 
 
 		 532 aa  53.9  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430525  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  23.22 
 
 		 522 aa  53.5  0.000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2997  resolvase domain-containing protein  20.56 
 
 		 444 aa  53.1  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0898  resolvase domain-containing protein  23.08 
 
 		 586 aa  52.8  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  23.68 
 
 		 535 aa  52.8  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3472  recombinase  27.53 
 
 		 436 aa  52.4  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  21.1 
 
 		 523 aa  52  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1166  hypothetical protein  29.02 
 
 		 441 aa  52  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3843  Resolvase domain  24.93 
 
 		 707 aa  52  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  25.5 
 
 		 553 aa  51.2  0.00005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  21.34 
 
 		 523 aa  50.8  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  20.17 
 
 		 515 aa  50.8  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  24.64 
 
 		 541 aa  50.8  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3086  Recombinase  24.9 
 
 		 437 aa  50.4  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.776561 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  23.77 
 
 		 506 aa  50.1  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  26.1 
 
 		 565 aa  49.7  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0768  hypothetical protein  22.93 
 
 		 552 aa  49.7  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.914496  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1983  resolvase domain-containing protein  24.25 
 
 		 546 aa  50.1  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0800721  normal  0.49542 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  23.42 
 
 		 522 aa  49.3  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  23.85 
 
 		 554 aa  48.9  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  23.85 
 
 		 542 aa  49.3  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  23.64 
 
 		 558 aa  47.8  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0216  resolvase domain-containing protein  23.01 
 
 		 517 aa  47.4  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  21.93 
 
 		 462 aa  47.4  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  30.28 
 
 		 496 aa  47.4  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5207  Resolvase domain protein  23.8 
 
 		 598 aa  47  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.914138 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3120  recombinase  28 
 
 		 430 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0706  Resolvase domain protein  25.55 
 
 		 534 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.995743 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2051  resolvase domain-containing protein  26.56 
 
 		 494 aa  46.6  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000751962 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  22.86 
 
 		 549 aa  47  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2777  recombinase  24.06 
 
 		 441 aa  46.6  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  23.91 
 
 		 548 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3078  Resolvase domain protein  23.86 
 
 		 482 aa  45.4  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.244166  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2499  cassette chromosome recombinase B  24.1 
 
 		 542 aa  45.1  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4107  site-specific recombinase  23.92 
 
 		 564 aa  45.4  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0048  resolvase domain-containing protein  24.1 
 
 		 542 aa  45.1  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  21.43 
 
 		 485 aa  45.1  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0049  resolvase domain-containing protein  24.1 
 
 		 542 aa  45.1  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0835  resolvase domain-containing protein  21.11 
 
 		 548 aa  45.1  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0796  recombinase  23.05 
 
 		 421 aa  44.3  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2577  Resolvase domain protein  23.6 
 
 		 603 aa  44.3  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.551292 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0819  recombinase  36.25 
 
 		 540 aa  44.3  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4166  recombinase  26.72 
 
 		 460 aa  44.3  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.167071  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  21.1 
 
 		 522 aa  43.9  0.007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>