50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0128 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_0128  Resolvase domain  100 
 
 		 526 aa  1072    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000180819  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4018  hypothetical protein  58.77 
 
 		 539 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3889  recombinase  57.47 
 
 		 560 aa  586  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0513638  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3026  phage recombinase, putative  54.44 
 
 		 541 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0613972 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1644  recombinase  53.33 
 
 		 550 aa  547  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2440  recombinase  51.36 
 
 		 540 aa  528  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0143  recombinase  37.76 
 
 		 565 aa  200  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0107  recombinase  29.09 
 
 		 544 aa  191  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1905  recombinase  30.25 
 
 		 585 aa  188  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0302964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2774  hypothetical protein  34.77 
 
 		 644 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3143  resolvase-like:recombinase  31.67 
 
 		 622 aa  179  9e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2727  Recombinase  28.88 
 
 		 590 aa  177  3e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3675  Recombinase  31.16 
 
 		 545 aa  153  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0003  putative site-specific recombinase  28.87 
 
 		 509 aa  144  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1118  recombinase-related protein  32.64 
 
 		 563 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236338  unclonable  0.000000608507 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3310  recombinase  27.84 
 
 		 589 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00494  predicted recombinase  30.43 
 
 		 508 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3227  recombinase family protein  30.43 
 
 		 508 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171762  hitchhiker  0.00185611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3480  recombinase  27.58 
 
 		 532 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000373145  decreased coverage  0.0098808 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22270  recombinase  27.4 
 
 		 525 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000532619  unclonable  9.12817e-22 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3468  recombinase  27.54 
 
 		 571 aa  121  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1409  putative recombinase  25.89 
 
 		 506 aa  117  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1544  resolvase domain-containing protein  31.31 
 
 		 503 aa  115  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.197317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2612  recombinase  27.19 
 
 		 601 aa  98.6  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2317  hypothetical protein  28.52 
 
 		 534 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0306066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0490  putative site-specific recombinase  24.33 
 
 		 681 aa  86.3  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402032  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0835  resolvase domain-containing protein  26.02 
 
 		 548 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0768  hypothetical protein  26.62 
 
 		 552 aa  75.9  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.914496  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07990  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  24.78 
 
 		 529 aa  62  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2087  recombinase  22.38 
 
 		 447 aa  58.9  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0591459 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  22.12 
 
 		 506 aa  58.2  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1857  Site-specific recombinase DNA invertase Pin  25.88 
 
 		 488 aa  53.9  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.830217  decreased coverage  0.0036727 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1145  recombinase  23.36 
 
 		 549 aa  52  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  22.58 
 
 		 462 aa  51.2  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  20.47 
 
 		 487 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5572  recombinase  24.75 
 
 		 479 aa  48.9  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0686025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5975  recombinase  24.75 
 
 		 479 aa  48.9  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  20.65 
 
 		 479 aa  48.1  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3150  Resolvase domain protein  23.44 
 
 		 532 aa  46.6  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.617817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1037  resolvase domain-containing protein  24.1 
 
 		 504 aa  46.6  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00127199  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2997  resolvase domain-containing protein  21.56 
 
 		 444 aa  46.6  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0896  site-specific recombinase  24.55 
 
 		 527 aa  45.8  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4582  site-specific recombinase  19.82 
 
 		 488 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0615  Resolvase domain protein  23.99 
 
 		 461 aa  44.7  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.450478 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1935  site-specific recombinase  22.29 
 
 		 528 aa  44.3  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3776  recombinase  22.35 
 
 		 528 aa  43.9  0.008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.902088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0050  resolvase domain-containing protein  18.64 
 
 		 449 aa  43.5  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0049  resolvase domain-containing protein  18.64 
 
 		 449 aa  43.5  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  22.82 
 
 		 535 aa  43.5  0.01  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1527  Resolvase domain protein  27.7 
 
 		 431 aa  43.5  0.01  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00144014  hitchhiker  0.00000000612209 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>