90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3480 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3480  recombinase  100 
 
 		 532 aa  1105    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000373145  decreased coverage  0.0098808 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22270  recombinase  39.48 
 
 		 525 aa  333  5e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000532619  unclonable  9.12817e-22 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2317  hypothetical protein  35.18 
 
 		 534 aa  293  6e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0306066  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3227  recombinase family protein  29.48 
 
 		 508 aa  152  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171762  hitchhiker  0.00185611 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00494  predicted recombinase  29.48 
 
 		 508 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148642  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3143  resolvase-like:recombinase  28.75 
 
 		 622 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3675  Recombinase  30.38 
 
 		 545 aa  137  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2727  Recombinase  29.5 
 
 		 590 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0107  recombinase  27.74 
 
 		 544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0128  Resolvase domain  27.58 
 
 		 526 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000180819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1409  putative recombinase  27.42 
 
 		 506 aa  130  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1118  recombinase-related protein  25.19 
 
 		 563 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236338  unclonable  0.000000608507 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0143  recombinase  26.35 
 
 		 565 aa  125  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2774  hypothetical protein  29.59 
 
 		 644 aa  126  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2612  recombinase  28.16 
 
 		 601 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1905  recombinase  27.92 
 
 		 585 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0302964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1544  resolvase domain-containing protein  29.97 
 
 		 503 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.197317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3310  recombinase  26.07 
 
 		 589 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3889  recombinase  25.54 
 
 		 560 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0513638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2440  recombinase  30.28 
 
 		 540 aa  110  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1644  recombinase  31.64 
 
 		 550 aa  106  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0003  putative site-specific recombinase  26.22 
 
 		 509 aa  104  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4018  hypothetical protein  25 
 
 		 539 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3468  recombinase  25.91 
 
 		 571 aa  99.8  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3026  phage recombinase, putative  24.4 
 
 		 541 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0613972 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  25.66 
 
 		 506 aa  75.1  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0490  putative site-specific recombinase  30.77 
 
 		 681 aa  67  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402032  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0795  Recombinase  24.04 
 
 		 496 aa  66.6  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.682484  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0768  hypothetical protein  23.69 
 
 		 552 aa  65.1  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.914496  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0835  resolvase domain-containing protein  23.3 
 
 		 548 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  21.93 
 
 		 518 aa  61.6  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5553  resolvase domain protein  23.51 
 
 		 515 aa  62  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.919369999999999e-21 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1684  resolvase-like protein  25.93 
 
 		 665 aa  62  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.560816 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1292  ssrA integrase  24.79 
 
 		 550 aa  61.2  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00290655  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1297  resolvase domain-containing protein  24.79 
 
 		 555 aa  61.2  0.00000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.023509  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0592  Resolvase domain protein  26.41 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  24.05 
 
 		 522 aa  57.4  0.0000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1700  recombinase  21.93 
 
 		 442 aa  57  0.0000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000219867  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1490  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  21.71 
 
 		 553 aa  55.5  0.000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2440  Resolvase domain protein  21.73 
 
 		 539 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3989  recombinase  24.29 
 
 		 613 aa  55.1  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  23.84 
 
 		 519 aa  55.5  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1524  Resolvase domain protein  21.99 
 
 		 543 aa  55.1  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000240403  hitchhiker  0.00200455 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  22.63 
 
 		 429 aa  53.5  0.000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1795  resolvase domain protein  24.32 
 
 		 558 aa  53.1  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  23.44 
 
 		 578 aa  52.8  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  22.73 
 
 		 522 aa  52  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0480  recombinase  21.91 
 
 		 515 aa  52  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.63808  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  22.58 
 
 		 522 aa  50.8  0.00006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0551  site-specific recombinase  22.3 
 
 		 516 aa  50.8  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000944856 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0627  site-specific recombinase  22.3 
 
 		 516 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0427  Resolvase domain protein  21.67 
 
 		 534 aa  50.4  0.00007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3623  recombinase  23.38 
 
 		 515 aa  50.4  0.00008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1282  ssrA integrase  23.59 
 
 		 558 aa  50.4  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000313732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1671  recombinase  21.03 
 
 		 522 aa  49.7  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1612  resolvase domain-containing protein  23.41 
 
 		 523 aa  49.7  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5975  recombinase  23.96 
 
 		 479 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5572  recombinase  23.96 
 
 		 479 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0686025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0394  recombinase  33.33 
 
 		 242 aa  48.5  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2816  Resolvase domain protein  22.26 
 
 		 521 aa  47.4  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0749793  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0396  recombinase  21.12 
 
 		 558 aa  47.4  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1526  Resolvase domain protein  21.7 
 
 		 552 aa  47  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00555834  hitchhiker  0.00000415828 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3138  resolvase  29.46 
 
 		 561 aa  47  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.741085  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0417  DNA recombinase, putative  21.91 
 
 		 520 aa  47  0.0008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  23.47 
 
 		 562 aa  47  0.0008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1037  resolvase domain-containing protein  25.83 
 
 		 504 aa  47  0.0009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00127199  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1069  phage integrase family site specific recombinase  21.69 
 
 		 519 aa  47  0.0009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278434  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2827  Resolvase domain protein  25.11 
 
 		 509 aa  46.2  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.952038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0106  recombinase  24.11 
 
 		 597 aa  46.6  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0109495 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  22.9 
 
 		 565 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1274  resolvase domain-containing protein  22.47 
 
 		 523 aa  45.8  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135333  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3959  recombinase  22.99 
 
 		 542 aa  46.2  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1486  resolvase domain-containing protein  22.12 
 
 		 485 aa  46.2  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  20.1 
 
 		 506 aa  45.8  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  20.21 
 
 		 523 aa  45.8  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1525  Recombinase  30.77 
 
 		 299 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000398733  hitchhiker  0.000531049 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1345  recombinase  22.08 
 
 		 515 aa  45.1  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.667193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1755  resolvase domain-containing protein  26.9 
 
 		 549 aa  45.1  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344907  normal  0.0981006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1250  resolvase  26.71 
 
 		 524 aa  45.1  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  20.47 
 
 		 523 aa  44.7  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  31.03 
 
 		 192 aa  45.1  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  21.48 
 
 		 526 aa  45.1  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0859  Resolvase domain  26.04 
 
 		 544 aa  44.7  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.367879  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  24.01 
 
 		 546 aa  43.9  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1972  recombinase  22.57 
 
 		 578 aa  43.5  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.233467 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2698  hypothetical protein  26.06 
 
 		 194 aa  43.5  0.009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3326  recombinase  22.57 
 
 		 601 aa  43.5  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  38.03 
 
 		 197 aa  43.5  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  38.03 
 
 		 197 aa  43.5  0.01  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2420  site-specific recombinase  22.51 
 
 		 479 aa  43.5  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.450706 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>