78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1905 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_1905  recombinase  100 
 
 		 585 aa  1185    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0302964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0143  recombinase  40.12 
 
 		 565 aa  322  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2774  hypothetical protein  40.48 
 
 		 644 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2727  Recombinase  42.78 
 
 		 590 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0107  recombinase  36.97 
 
 		 544 aa  268  2e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3143  resolvase-like:recombinase  31.03 
 
 		 622 aa  223  6e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3310  recombinase  35.27 
 
 		 589 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0003  putative site-specific recombinase  34.19 
 
 		 509 aa  217  5e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3675  Recombinase  36.21 
 
 		 545 aa  210  5e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3468  recombinase  31.01 
 
 		 571 aa  203  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.723341  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1118  recombinase-related protein  35.98 
 
 		 563 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236338  unclonable  0.000000608507 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0128  Resolvase domain  30.25 
 
 		 526 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000180819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3889  recombinase  30.16 
 
 		 560 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0513638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1644  recombinase  30.89 
 
 		 550 aa  177  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00494  predicted recombinase  29.71 
 
 		 508 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.148642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3227  recombinase family protein  29.71 
 
 		 508 aa  171  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.171762  hitchhiker  0.00185611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2440  recombinase  30.65 
 
 		 540 aa  167  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0490  putative site-specific recombinase  27.79 
 
 		 681 aa  164  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402032  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4018  hypothetical protein  29.14 
 
 		 539 aa  165  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3026  phage recombinase, putative  28.65 
 
 		 541 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0613972 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1544  resolvase domain-containing protein  30.79 
 
 		 503 aa  138  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.197317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1409  putative recombinase  24.91 
 
 		 506 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22270  recombinase  24.75 
 
 		 525 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000000532619  unclonable  9.12817e-22 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2317  hypothetical protein  28.9 
 
 		 534 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0306066  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3480  recombinase  27.92 
 
 		 532 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000373145  decreased coverage  0.0098808 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0835  resolvase domain-containing protein  27.74 
 
 		 548 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2612  recombinase  23.87 
 
 		 601 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1074  Resolvase domain  24.95 
 
 		 562 aa  61.6  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.324601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1274  resolvase domain-containing protein  21.77 
 
 		 523 aa  60.8  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.135333  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2219  recombinase  22.9 
 
 		 541 aa  59.7  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.543065  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2814  Resolvase domain protein  21.76 
 
 		 523 aa  60.1  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.652656  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0417  DNA recombinase, putative  22.62 
 
 		 520 aa  59.7  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1612  resolvase domain-containing protein  21.77 
 
 		 523 aa  59.3  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3384  resolvase domain-containing protein  23.14 
 
 		 590 aa  59.3  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980736 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1701  recombinase  24.92 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0428  resolvase domain-containing protein  21.95 
 
 		 522 aa  58.2  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000177151  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3864  recombinase  24.08 
 
 		 537 aa  57.8  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.802308  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0419  DNA recombinase, putative  20.98 
 
 		 523 aa  58.2  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1272  resolvase domain-containing protein  23.15 
 
 		 519 aa  57  0.0000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000672315  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2851  resolvase domain-containing protein  23.49 
 
 		 565 aa  55.1  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.437901 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0430  resolvase domain-containing protein  21.69 
 
 		 522 aa  55.1  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0901787  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2816  Resolvase domain protein  22.68 
 
 		 521 aa  55.1  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0749793  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1671  recombinase  23.25 
 
 		 522 aa  55.1  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0568  recombinase  25.56 
 
 		 547 aa  54.7  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.816013  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1759  Resolvase domain  27.12 
 
 		 251 aa  54.7  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.621745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0768  hypothetical protein  31.01 
 
 		 552 aa  54.3  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.914496  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1609  recombinase  20.64 
 
 		 522 aa  54.3  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000418639  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2440  Resolvase domain protein  23.05 
 
 		 539 aa  53.9  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3135  recombinase  23.66 
 
 		 551 aa  53.5  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1491  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  22.94 
 
 		 506 aa  53.5  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0277  resolvase domain-containing protein  23.05 
 
 		 551 aa  53.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.738521  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0821  recombinase  23.52 
 
 		 662 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.51455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1467  site-specific recombinase, putative  23.21 
 
 		 551 aa  52.4  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00705906  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1067  phage integrase family site specific recombinase  23.08 
 
 		 518 aa  51.6  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.194572  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0430  putative resolvase  23.86 
 
 		 540 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0212047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0430  Resolvase domain protein  20.8 
 
 		 535 aa  51.2  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0486  Resolvase domain protein  25.66 
 
 		 515 aa  50.4  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.325495  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4599  DNA recombinase, putative  22.93 
 
 		 487 aa  49.7  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.136502  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1616  Resolvase domain  23.16 
 
 		 565 aa  49.7  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0994  Recombinase  26.6 
 
 		 569 aa  50.1  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4572  resolvase domain-containing protein  25.32 
 
 		 584 aa  49.3  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.118151  decreased coverage  0.0082878 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3608  hypothetical protein  24.46 
 
 		 539 aa  49.3  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1563  resolvase domain-containing protein  22.8 
 
 		 540 aa  49.3  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.681987  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3853  hypothetical protein  24.46 
 
 		 546 aa  48.5  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.701887 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4607  resolvase-like protein  27.73 
 
 		 476 aa  48.1  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.435176  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2438  Resolvase domain protein  23.71 
 
 		 526 aa  48.5  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1552  resolvase domain-containing protein  26.19 
 
 		 554 aa  48.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.914203  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2966  Resolvase domain protein  20.51 
 
 		 524 aa  48.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0063  resolvase domain-containing protein  26.19 
 
 		 542 aa  48.1  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1061  Resolvase domain  24.43 
 
 		 578 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.190833  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3171  putative site-specific integrase/resolvase protein  23.28 
 
 		 462 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3247  putative site-specific integrase protein  23.26 
 
 		 462 aa  45.4  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.964648 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0303  resolvase domain-containing protein  21.07 
 
 		 548 aa  44.7  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.637835  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0698  recombinase  21.21 
 
 		 506 aa  44.7  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000998497  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0594  Resolvase domain protein  24.64 
 
 		 525 aa  44.7  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5598  DNA recombinase, putative  23.22 
 
 		 522 aa  43.9  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.318471  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1421  Resolvase domain protein  28.05 
 
 		 231 aa  43.9  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.510042  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0105  recombinase  25.71 
 
 		 549 aa  43.5  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0106317 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>