170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1574 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Alignment on homolog gene
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E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  74.16 
 
 		 433 aa  636    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  100 
 
 		 436 aa  892    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  94.74 
 
 		 430 aa  773    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  82.85 
 
 		 432 aa  671    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  73.92 
 
 		 433 aa  634    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  73.62 
 
 		 433 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  73.14 
 
 		 433 aa  617  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  72.12 
 
 		 442 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  71.84 
 
 		 442 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  69.46 
 
 		 433 aa  537  1e-151  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  54.81 
 
 		 426 aa  435  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  55.06 
 
 		 459 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  48.78 
 
 		 416 aa  414  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  48.98 
 
 		 442 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.68 
 
 		 403 aa  392  1e-108  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  47.21 
 
 		 416 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  48.08 
 
 		 424 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  47.06 
 
 		 464 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  51.91 
 
 		 453 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  46.7 
 
 		 413 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  46.7 
 
 		 413 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  52.57 
 
 		 437 aa  371  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  51.61 
 
 		 413 aa  372  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  49.37 
 
 		 444 aa  366  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  48.87 
 
 		 444 aa  365  1e-99  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  50.14 
 
 		 447 aa  357  2.9999999999999997e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  45.52 
 
 		 412 aa  345  1e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  47.69 
 
 		 423 aa  344  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  50.38 
 
 		 417 aa  344  2e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.82 
 
 		 415 aa  340  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  42.82 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  44.36 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  42.82 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  42.82 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  44.36 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.82 
 
 		 415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.82 
 
 		 415 aa  339  4e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  42.34 
 
 		 415 aa  338  8e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  42.34 
 
 		 415 aa  338  9.999999999999999e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  42.09 
 
 		 415 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  42.09 
 
 		 415 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  43.93 
 
 		 421 aa  335  7e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  41.85 
 
 		 415 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  45.22 
 
 		 406 aa  331  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  44.82 
 
 		 424 aa  330  3e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  45.22 
 
 		 424 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  42.67 
 
 		 414 aa  328  1.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  40.05 
 
 		 416 aa  317  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  41.42 
 
 		 395 aa  312  5.999999999999999e-84  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  40.87 
 
 		 393 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 		 421 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 		 421 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  40.45 
 
 		 421 aa  310  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  40.2 
 
 		 421 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  39.6 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  40.72 
 
 		 392 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  39.95 
 
 		 422 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  39.95 
 
 		 422 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  42.05 
 
 		 422 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  40.26 
 
 		 428 aa  305  9.000000000000001e-82  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  39.89 
 
 		 421 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  43.09 
 
 		 403 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 420 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  41.01 
 
 		 426 aa  302  8.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  41.33 
 
 		 437 aa  300  2e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  42.02 
 
 		 428 aa  297  3e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 417 aa  296  7e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  41.45 
 
 		 422 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  40.51 
 
 		 419 aa  295  1e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.08 
 
 		 414 aa  294  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  45.08 
 
 		 414 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.08 
 
 		 414 aa  295  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  50.74 
 
 		 424 aa  293  5e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  44.85 
 
 		 421 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 476 aa  288  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  41.83 
 
 		 420 aa  287  2e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  36.55 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  43.93 
 
 		 414 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  38.64 
 
 		 406 aa  276  4e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  41.45 
 
 		 428 aa  276  7e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  40.28 
 
 		 490 aa  272  7e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  37.08 
 
 		 404 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  35.25 
 
 		 541 aa  162  1e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  24.84 
 
 		 624 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  25.67 
 
 		 682 aa  67  0.0000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2117  mechanosensitive ion channel family protein  22.52 
 
 		 633 aa  65.1  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  24.57 
 
 		 343 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  24.57 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
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NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  24.57 
 
 		 343 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  24.57 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  24.57 
 
 		 343 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
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NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  30.2 
 
 		 624 aa  62  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  22.73 
 
 		 383 aa  61.2  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
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NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  22.73 
 
 		 383 aa  61.2  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
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NC_007520  Tcr_1295  MscS mechanosensitive ion channel  21.96 
 
 		 391 aa  58.5  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  25.16 
 
 		 338 aa  58.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
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NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  25.74 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  21.11 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  21.29 
 
 		 627 aa  55.8  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007802  Jann_0015  MscS mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 		 287 aa  54.7  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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