193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_3069 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  99.76 
 
 
415 aa  841    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 
415 aa  842    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  99.52 
 
 
415 aa  839    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  100 
 
 
415 aa  842    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  99.76 
 
 
415 aa  842    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  88.67 
 
 
415 aa  758    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  88.67 
 
 
415 aa  757    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  88.67 
 
 
415 aa  757    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  99.28 
 
 
415 aa  836    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  88.67 
 
 
415 aa  756    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  88.43 
 
 
415 aa  755    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  83.13 
 
 
414 aa  714    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  99.76 
 
 
415 aa  840    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
415 aa  842    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  63.37 
 
 
421 aa  504  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  62.93 
 
 
414 aa  496  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  62.93 
 
 
414 aa  496  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  63.17 
 
 
414 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  64.58 
 
 
424 aa  491  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  63.8 
 
 
424 aa  487  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  54.39 
 
 
412 aa  455  1e-127  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  47.42 
 
 
393 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  46.42 
 
 
422 aa  363  2e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  45.8 
 
 
422 aa  363  4e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  46.67 
 
 
421 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  46.67 
 
 
421 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  46.67 
 
 
421 aa  362  7.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  47.41 
 
 
426 aa  362  8e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  46.67 
 
 
421 aa  362  9e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  45.55 
 
 
422 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  45.55 
 
 
422 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  45.91 
 
 
392 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  44.91 
 
 
421 aa  355  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  48.43 
 
 
416 aa  351  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  45.82 
 
 
416 aa  352  1e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  45.8 
 
 
420 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  45.12 
 
 
403 aa  348  8e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  45.78 
 
 
437 aa  343  4e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  45.43 
 
 
426 aa  342  9e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  55.78 
 
 
422 aa  341  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  44.64 
 
 
459 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  49.68 
 
 
428 aa  337  1.9999999999999998e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  52.75 
 
 
403 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  43.7 
 
 
420 aa  335  7.999999999999999e-91  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  55 
 
 
413 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  42.47 
 
 
424 aa  334  2e-90  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  54.84 
 
 
453 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  53.21 
 
 
416 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  44.27 
 
 
421 aa  330  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  53.93 
 
 
413 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  53.93 
 
 
413 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  53.93 
 
 
464 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  48.45 
 
 
433 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  54.12 
 
 
424 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  52.7 
 
 
419 aa  326  5e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  46.44 
 
 
432 aa  324  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  44.07 
 
 
433 aa  323  5e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  43.88 
 
 
433 aa  322  8e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  46.29 
 
 
430 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  43.37 
 
 
433 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  43.93 
 
 
442 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  50.34 
 
 
444 aa  320  3.9999999999999996e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  47.9 
 
 
428 aa  319  7e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  47.73 
 
 
433 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  49.66 
 
 
444 aa  318  1e-85  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  44.86 
 
 
436 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  43.93 
 
 
406 aa  312  7.999999999999999e-84  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  38.83 
 
 
490 aa  310  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  42.49 
 
 
476 aa  309  6.999999999999999e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  44.16 
 
 
442 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  44.27 
 
 
417 aa  307  3e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  47.83 
 
 
423 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  43.9 
 
 
442 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  44.23 
 
 
447 aa  302  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  41.78 
 
 
395 aa  297  2e-79  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  43.96 
 
 
414 aa  295  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  42.18 
 
 
437 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  46.91 
 
 
406 aa  281  1e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  38.07 
 
 
428 aa  278  2e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  42.81 
 
 
419 aa  264  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  40.57 
 
 
417 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  34.9 
 
 
404 aa  243  5e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  34.01 
 
 
541 aa  178  2e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
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NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  24.69 
 
 
624 aa  69.7  0.00000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  24.9 
 
 
343 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.218747 
 
 
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NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  25.7 
 
 
363 aa  67.8  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  20.58 
 
 
413 aa  67.8  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  24.08 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  25.31 
 
 
343 aa  66.6  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal 
 
 
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NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  25.31 
 
 
343 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.150216 
 
 
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NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  25.31 
 
 
343 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.107683 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  25.31 
 
 
343 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
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NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  25.47 
 
 
377 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
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