150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1821 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



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Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  74.45 
 
 		 437 aa  640    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 447 aa  910    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  49.03 
 
 		 426 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  46.79 
 
 		 416 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  49.28 
 
 		 459 aa  381  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  48.2 
 
 		 433 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  48.69 
 
 		 433 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  48.54 
 
 		 433 aa  349  7e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  49.06 
 
 		 432 aa  345  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  49.86 
 
 		 433 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  48.68 
 
 		 430 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  49.34 
 
 		 436 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  43.49 
 
 		 442 aa  334  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  46.02 
 
 		 444 aa  331  1e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  45.5 
 
 		 444 aa  330  3e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  47.26 
 
 		 403 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  45.72 
 
 		 424 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  46.79 
 
 		 424 aa  325  7e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  43.13 
 
 		 416 aa  324  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  46.68 
 
 		 442 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  43.13 
 
 		 464 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  43.13 
 
 		 413 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  43.13 
 
 		 413 aa  323  6e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  39.29 
 
 		 421 aa  322  9.000000000000001e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  47.12 
 
 		 442 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  46.38 
 
 		 424 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  45.81 
 
 		 413 aa  320  5e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  46.98 
 
 		 453 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  42.68 
 
 		 423 aa  318  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  48.39 
 
 		 433 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  48.69 
 
 		 412 aa  311  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  42.53 
 
 		 414 aa  310  5e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  42.12 
 
 		 415 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  44.35 
 
 		 415 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  44.35 
 
 		 415 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  44.35 
 
 		 415 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  44.35 
 
 		 415 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  44.23 
 
 		 415 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  44.23 
 
 		 415 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  44.23 
 
 		 415 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.23 
 
 		 415 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  44.23 
 
 		 415 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  43.94 
 
 		 415 aa  302  6.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.23 
 
 		 415 aa  303  6.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  43.94 
 
 		 415 aa  302  7.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  44.08 
 
 		 421 aa  298  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  41.18 
 
 		 421 aa  297  3e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  40.05 
 
 		 422 aa  295  8e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  40.68 
 
 		 406 aa  294  2e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  44.06 
 
 		 417 aa  295  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  39.86 
 
 		 403 aa  293  3e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  40.66 
 
 		 420 aa  293  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.75 
 
 		 414 aa  293  4e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  42.75 
 
 		 414 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.75 
 
 		 414 aa  293  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  40.25 
 
 		 421 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  40.2 
 
 		 422 aa  292  9e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  40.2 
 
 		 422 aa  292  9e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  40.25 
 
 		 421 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  39.95 
 
 		 422 aa  291  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  40.25 
 
 		 421 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  40.25 
 
 		 421 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  39.49 
 
 		 416 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  43.81 
 
 		 428 aa  287  2e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  41.78 
 
 		 393 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  46.93 
 
 		 437 aa  286  5e-76  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  40.52 
 
 		 420 aa  286  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  39.49 
 
 		 392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  39.19 
 
 		 426 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  46.13 
 
 		 417 aa  279  6e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  40.36 
 
 		 419 aa  279  9e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  44.48 
 
 		 428 aa  277  2e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  38.96 
 
 		 422 aa  276  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  35.64 
 
 		 476 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  37.18 
 
 		 395 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 414 aa  263  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  43.8 
 
 		 424 aa  258  2e-67  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  42.05 
 
 		 406 aa  250  4e-65  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  34.88 
 
 		 490 aa  250  4e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  40.63 
 
 		 428 aa  248  2e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  33.86 
 
 		 404 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  32.23 
 
 		 419 aa  225  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  33.62 
 
 		 541 aa  150  4e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0617  MscS mechanosensitive ion channel  29.63 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.752053 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  24.54 
 
 		 380 aa  58.9  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  21.7 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0970  small-conductance mechanosensitive ion channel  24.5 
 
 		 650 aa  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371389 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3246  MscS mechanosensitive ion channel  23.25 
 
 		 381 aa  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00298811  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  25.81 
 
 		 291 aa  51.6  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  23.71 
 
 		 343 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  21.98 
 
 		 343 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
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NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  26.5 
 
 		 421 aa  51.2  0.00004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  21.98 
 
 		 343 aa  50.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  22.55 
 
 		 383 aa  50.4  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
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NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  25.98 
 
 		 385 aa  50.4  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  21.98 
 
 		 343 aa  50.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
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NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  22.55 
 
 		 383 aa  50.4  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
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NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  21.98 
 
 		 343 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
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NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  21.98 
 
 		 343 aa  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
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CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  23.28 
 
 		 343 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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