223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4442 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  82.78 
 
 
421 aa  692    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  74.22 
 
 
421 aa  665    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  74.94 
 
 
422 aa  669    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  74.94 
 
 
422 aa  669    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  74.7 
 
 
422 aa  665    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
420 aa  849    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  74.7 
 
 
421 aa  668    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  74.46 
 
 
421 aa  666    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  75.78 
 
 
416 aa  663    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  74.46 
 
 
421 aa  666    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  74.7 
 
 
422 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  68.82 
 
 
426 aa  623  1e-177  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  73.32 
 
 
419 aa  623  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  73.26 
 
 
392 aa  610  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  74.87 
 
 
393 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  67.55 
 
 
422 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  50.12 
 
 
490 aa  451  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  43.42 
 
 
428 aa  362  8e-99  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  45.48 
 
 
412 aa  358  9.999999999999999e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  48.18 
 
 
424 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  45.24 
 
 
424 aa  354  1e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  45.8 
 
 
415 aa  351  2e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  45.8 
 
 
415 aa  350  2e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.8 
 
 
415 aa  350  2e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  45.8 
 
 
415 aa  350  2e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.8 
 
 
415 aa  350  2e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  45.8 
 
 
415 aa  350  2e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  45.52 
 
 
414 aa  350  4e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.55 
 
 
415 aa  348  7e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  45.32 
 
 
415 aa  348  8e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  44.94 
 
 
403 aa  348  8e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  43.54 
 
 
415 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  43.94 
 
 
415 aa  345  8e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  43.94 
 
 
415 aa  345  8.999999999999999e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  43.94 
 
 
415 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  43.92 
 
 
415 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  43.28 
 
 
437 aa  341  1e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  44.85 
 
 
417 aa  336  3.9999999999999995e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.58 
 
 
414 aa  335  7e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  42.74 
 
 
421 aa  335  7.999999999999999e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  44.58 
 
 
414 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  45.33 
 
 
459 aa  334  1e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  45.6 
 
 
426 aa  335  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  44.58 
 
 
414 aa  335  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  43.72 
 
 
428 aa  334  2e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  44.26 
 
 
421 aa  331  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  42.17 
 
 
406 aa  323  3e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  41.42 
 
 
416 aa  322  8e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  44.08 
 
 
442 aa  322  8e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  42.57 
 
 
476 aa  320  3.9999999999999996e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  46.13 
 
 
414 aa  316  5e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.06 
 
 
403 aa  315  9.999999999999999e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  42.41 
 
 
420 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  41.27 
 
 
444 aa  306  5.0000000000000004e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  41.01 
 
 
444 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  40.19 
 
 
406 aa  303  5.000000000000001e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  49.28 
 
 
424 aa  296  4e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  41.37 
 
 
433 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  39.8 
 
 
424 aa  296  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 
464 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 
413 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 
413 aa  295  1e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  40.86 
 
 
433 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  41.78 
 
 
453 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  40.86 
 
 
433 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  41.5 
 
 
413 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  38.62 
 
 
416 aa  290  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  43.84 
 
 
423 aa  289  6e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  41.41 
 
 
447 aa  287  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  38.71 
 
 
419 aa  286  5.999999999999999e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  39.89 
 
 
432 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  39.69 
 
 
395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  41.19 
 
 
433 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  40.81 
 
 
436 aa  279  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  40.66 
 
 
442 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  41.29 
 
 
430 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  39.23 
 
 
437 aa  276  5e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  41.32 
 
 
442 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  36.78 
 
 
428 aa  273  5.000000000000001e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  47.84 
 
 
433 aa  269  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  40.23 
 
 
417 aa  264  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  32.61 
 
 
404 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  36.33 
 
 
541 aa  167  2e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  25 
 
 
624 aa  61.6  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  21.21 
 
 
413 aa  61.6  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  25.58 
 
 
378 aa  59.7  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  21.51 
 
 
369 aa  57  0.0000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  28.77 
 
 
358 aa  56.6  0.0000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  30.09 
 
 
561 aa  55.8  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0838  MscS Mechanosensitive ion channel  32.31 
 
 
374 aa  55.8  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  24 
 
 
378 aa  55.5  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  21.96 
 
 
383 aa  55.5  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
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NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 
362 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  21.96 
 
 
383 aa  54.7  0.000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
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NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  21.78 
 
 
378 aa  54.7  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  27.5 
 
 
352 aa  54.3  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  21.78 
 
 
343 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
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NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  23.36 
 
 
377 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  21.78 
 
 
343 aa  53.9  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal 
 
 
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NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  21.78 
 
 
343 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
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