225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0121 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  100 
 
 		 392 aa  803    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  90.54 
 
 		 421 aa  738    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  77.69 
 
 		 426 aa  642    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  90.54 
 
 		 421 aa  738    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  95.92 
 
 		 422 aa  772    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  95.92 
 
 		 422 aa  772    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  95.92 
 
 		 422 aa  773    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  90.79 
 
 		 421 aa  739    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  90.82 
 
 		 422 aa  739    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  90.54 
 
 		 421 aa  739    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  77.12 
 
 		 393 aa  631  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  73.26 
 
 		 420 aa  610  9.999999999999999e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  73.64 
 
 		 416 aa  610  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  75.45 
 
 		 422 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  73.81 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  72.8 
 
 		 419 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  52.08 
 
 		 490 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  47.29 
 
 		 412 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  47.78 
 
 		 428 aa  372  1e-102  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  47.66 
 
 		 424 aa  362  8e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  45.91 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  45.91 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.91 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  45.91 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.91 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  46.88 
 
 		 424 aa  358  9.999999999999999e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  45.91 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  47.11 
 
 		 414 aa  358  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  45.65 
 
 		 415 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  45.93 
 
 		 415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.65 
 
 		 415 aa  356  5e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  45.93 
 
 		 415 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  45.93 
 
 		 415 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  45.93 
 
 		 415 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  45.93 
 
 		 415 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  45.45 
 
 		 403 aa  348  7e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  46.35 
 
 		 421 aa  348  7e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  47.96 
 
 		 426 aa  348  1e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  47.68 
 
 		 459 aa  347  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  46.34 
 
 		 428 aa  343  2e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.86 
 
 		 414 aa  344  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  46.86 
 
 		 414 aa  343  2.9999999999999997e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.86 
 
 		 414 aa  343  2.9999999999999997e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  45.64 
 
 		 437 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  42.19 
 
 		 421 aa  335  7e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  45.48 
 
 		 406 aa  330  3e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  44.09 
 
 		 417 aa  329  5.0000000000000004e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  45.12 
 
 		 420 aa  328  8e-89  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  46.4 
 
 		 414 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  43.04 
 
 		 442 aa  322  9.999999999999999e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  42.69 
 
 		 476 aa  322  9.999999999999999e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  53.62 
 
 		 424 aa  316  4e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.96 
 
 		 403 aa  315  7e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  39.59 
 
 		 416 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  42.02 
 
 		 444 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  41.76 
 
 		 444 aa  303  4.0000000000000003e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  39.95 
 
 		 406 aa  298  1e-79  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  39.09 
 
 		 413 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  39.09 
 
 		 464 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  39.09 
 
 		 413 aa  298  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  37.89 
 
 		 395 aa  294  1e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  41.75 
 
 		 433 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  41.24 
 
 		 433 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  37.78 
 
 		 416 aa  292  8e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  40.98 
 
 		 433 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  41.76 
 
 		 432 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  39.89 
 
 		 424 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  39.42 
 
 		 453 aa  288  9e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  41.84 
 
 		 423 aa  288  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  39.47 
 
 		 413 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  40.76 
 
 		 442 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  42.28 
 
 		 436 aa  286  5e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  40.83 
 
 		 442 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  41.73 
 
 		 430 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  36.48 
 
 		 428 aa  283  3.0000000000000004e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  39.63 
 
 		 419 aa  283  4.0000000000000003e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  41.19 
 
 		 433 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  39.51 
 
 		 447 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  40.46 
 
 		 417 aa  265  7e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  39.52 
 
 		 433 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  37.92 
 
 		 437 aa  265  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  34.82 
 
 		 404 aa  246  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  37.96 
 
 		 541 aa  173  3.9999999999999995e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  22.05 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  22.05 
 
 		 378 aa  61.6  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  22.86 
 
 		 624 aa  59.7  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
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NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  24.88 
 
 		 358 aa  58.9  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  22.31 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  22.31 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
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NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  25.25 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
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NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  21.71 
 
 		 413 aa  56.6  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 561 aa  55.8  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  29.2 
 
 		 532 aa  54.7  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  26.16 
 
 		 378 aa  53.5  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  24.59 
 
 		 349 aa  53.1  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
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NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  22.64 
 
 		 377 aa  53.1  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  29.2 
 
 		 292 aa  53.1  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
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NC_007912  Sde_1791  small-conductance mechanosensitive channel  20.77 
 
 		 369 aa  52.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0722785  normal  1 
 
 
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NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  22.96 
 
 		 343 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
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NC_009634  Mevan_1277  MscS mechanosensitive ion channel  27.21 
 
 		 352 aa  52.8  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
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