230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0117 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  95.92 
 
 		 392 aa  773    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  92.16 
 
 		 421 aa  806    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  76.67 
 
 		 426 aa  691    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  92.4 
 
 		 421 aa  808    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  73.32 
 
 		 421 aa  639    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  98.34 
 
 		 422 aa  849    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  98.34 
 
 		 422 aa  849    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  73.38 
 
 		 422 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 422 aa  859    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  92.4 
 
 		 421 aa  808    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  77.63 
 
 		 393 aa  637    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  92.64 
 
 		 421 aa  810    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  74.7 
 
 		 420 aa  665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  73.86 
 
 		 416 aa  653    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  91.47 
 
 		 422 aa  799    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  72.12 
 
 		 419 aa  622  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  51.81 
 
 		 490 aa  464  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  45.07 
 
 		 412 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  46.15 
 
 		 428 aa  375  1e-103  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  46.72 
 
 		 424 aa  363  3e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  45.8 
 
 		 415 aa  363  4e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  45.8 
 
 		 415 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  45.8 
 
 		 415 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.8 
 
 		 415 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.8 
 
 		 415 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  45.8 
 
 		 415 aa  362  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.55 
 
 		 415 aa  361  1e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  47.72 
 
 		 424 aa  360  2e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  45.55 
 
 		 415 aa  360  2e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  46.98 
 
 		 415 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  47.01 
 
 		 403 aa  360  4e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  46.98 
 
 		 415 aa  358  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  45.19 
 
 		 415 aa  358  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  46.98 
 
 		 415 aa  358  7e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  46.98 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  47.63 
 
 		 414 aa  358  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  45.69 
 
 		 421 aa  357  2.9999999999999997e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.72 
 
 		 414 aa  354  1e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  45.72 
 
 		 414 aa  354  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  45.72 
 
 		 414 aa  355  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  45.1 
 
 		 417 aa  353  2.9999999999999997e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  47.93 
 
 		 426 aa  353  4e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  47.66 
 
 		 459 aa  352  8e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  46.26 
 
 		 428 aa  351  2e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  44.72 
 
 		 437 aa  348  7e-95  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  42.67 
 
 		 421 aa  343  5e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  45.11 
 
 		 406 aa  339  5e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  44.79 
 
 		 420 aa  332  8e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  44.1 
 
 		 442 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  46.86 
 
 		 414 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  43.27 
 
 		 476 aa  325  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  40.54 
 
 		 416 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  47.28 
 
 		 403 aa  318  1e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  53.99 
 
 		 424 aa  317  2e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  43.6 
 
 		 444 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  43.34 
 
 		 444 aa  312  7.999999999999999e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  38.74 
 
 		 406 aa  303  6.000000000000001e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  39.07 
 
 		 395 aa  301  1e-80  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  39.24 
 
 		 464 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  39.24 
 
 		 413 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  41.44 
 
 		 433 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  39.24 
 
 		 413 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  40.94 
 
 		 433 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  38.69 
 
 		 416 aa  298  9e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  40.69 
 
 		 433 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  39.8 
 
 		 424 aa  296  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  39.95 
 
 		 442 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  40.24 
 
 		 442 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  39.95 
 
 		 453 aa  293  5e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 413 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  41.84 
 
 		 423 aa  289  7e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  38.68 
 
 		 419 aa  288  1e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  41.71 
 
 		 432 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  41.73 
 
 		 433 aa  285  8e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  36.64 
 
 		 428 aa  285  1.0000000000000001e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  42.28 
 
 		 436 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  41.73 
 
 		 430 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  40.05 
 
 		 447 aa  279  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  37.19 
 
 		 437 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  47.12 
 
 		 433 aa  269  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  39.6 
 
 		 417 aa  265  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 404 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  34.16 
 
 		 541 aa  172  1e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0253  mechanosensitive ion channel family protein  22.43 
 
 		 378 aa  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0247  mechanosensitive ion channel family protein  22.43 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  23.65 
 
 		 624 aa  60.1  0.00000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1933  MscS Mechanosensitive ion channel  24.11 
 
 		 358 aa  58.9  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5934  MscS Mechanosensitive ion channel  25.2 
 
 		 378 aa  58.9  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  21.46 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1177  mechanosensitive ion channel  22.31 
 
 		 383 aa  56.2  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
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NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  29.2 
 
 		 561 aa  55.5  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
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NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  28.12 
 
 		 532 aa  55.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  22.31 
 
 		 383 aa  55.1  0.000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
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NC_010831  Cphamn1_2136  MscS Mechanosensitive ion channel  23.32 
 
 		 349 aa  53.5  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0637665 
 
 
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NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  23.11 
 
 		 377 aa  53.5  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  21.14 
 
 		 343 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
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NC_011126  HY04AAS1_1153  MscS Mechanosensitive ion channel  26.67 
 
 		 352 aa  52.4  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008639  Cpha266_2268  MscS mechanosensitive ion channel  25.25 
 
 		 362 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.528739  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  21.14 
 
 		 343 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
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NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  28.32 
 
 		 292 aa  52.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
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