165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1014 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 424 aa  860    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  96.7 
 
 		 424 aa  789    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  68.5 
 
 		 421 aa  559  1e-158  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  62.96 
 
 		 415 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  62.96 
 
 		 415 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  62.96 
 
 		 415 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  62.96 
 
 		 415 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  62.96 
 
 		 415 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  66.11 
 
 		 414 aa  535  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  66.11 
 
 		 414 aa  535  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  66.11 
 
 		 414 aa  536  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  60.87 
 
 		 414 aa  528  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.734734 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  62.72 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  62.72 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  62.72 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  62.72 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  62.72 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  62.72 
 
 		 415 aa  525  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  62.47 
 
 		 415 aa  524  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  62.47 
 
 		 415 aa  523  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  57.59 
 
 		 412 aa  498  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  46.57 
 
 		 422 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  46.57 
 
 		 422 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  46.32 
 
 		 422 aa  378  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  47.14 
 
 		 392 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  45.97 
 
 		 426 aa  374  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  45.63 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  46.68 
 
 		 393 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  45.63 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  44.87 
 
 		 422 aa  373  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  45.63 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  45.63 
 
 		 421 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  45.67 
 
 		 416 aa  366  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  45.97 
 
 		 420 aa  363  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  44.65 
 
 		 421 aa  363  4e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  44.28 
 
 		 403 aa  360  2e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  45.78 
 
 		 422 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  46.63 
 
 		 426 aa  354  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  46.88 
 
 		 459 aa  354  2e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  45.58 
 
 		 416 aa  352  8e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  44.22 
 
 		 421 aa  348  8e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  44.16 
 
 		 428 aa  348  1e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  46.97 
 
 		 437 aa  346  4e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  43.32 
 
 		 424 aa  338  9.999999999999999e-92  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  44.74 
 
 		 416 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  47.04 
 
 		 447 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  44.12 
 
 		 464 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  44.12 
 
 		 413 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  44.12 
 
 		 413 aa  334  2e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  45.02 
 
 		 424 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  44.47 
 
 		 428 aa  333  3e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  44.92 
 
 		 420 aa  332  9e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  45.99 
 
 		 417 aa  332  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  55.4 
 
 		 413 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  50.65 
 
 		 403 aa  331  1e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  46.05 
 
 		 437 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  51.61 
 
 		 453 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  43.61 
 
 		 444 aa  328  9e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  43.71 
 
 		 476 aa  327  3e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  45.35 
 
 		 442 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  43.11 
 
 		 444 aa  327  3e-88  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  44.68 
 
 		 433 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  48.02 
 
 		 433 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  40.35 
 
 		 490 aa  320  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  47.44 
 
 		 433 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  51.8 
 
 		 419 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  45.16 
 
 		 436 aa  319  6e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  44.47 
 
 		 430 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  44.5 
 
 		 432 aa  317  2e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  47.44 
 
 		 433 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  42.35 
 
 		 406 aa  311  1e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  48.87 
 
 		 423 aa  308  1.0000000000000001e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  44.14 
 
 		 442 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  46.15 
 
 		 433 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  45.6 
 
 		 442 aa  302  9e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  45.77 
 
 		 414 aa  300  5e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  44.88 
 
 		 395 aa  292  8e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  40.29 
 
 		 406 aa  281  1e-74  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  46.81 
 
 		 428 aa  273  5.000000000000001e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  35.57 
 
 		 419 aa  270  2.9999999999999997e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  41.13 
 
 		 417 aa  255  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  34.07 
 
 		 404 aa  243  7e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  33.82 
 
 		 541 aa  173  3.9999999999999995e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  23.75 
 
 		 624 aa  72  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  24.39 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  24.16 
 
 		 682 aa  60.5  0.00000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  23.98 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0942  MscS Mechanosensitive ion channel  24.29 
 
 		 377 aa  56.6  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000347454  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  27.83 
 
 		 624 aa  56.2  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1936  MscS mechanosensitive ion channel  19.38 
 
 		 413 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  23.17 
 
 		 343 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2451  small-conductance mechanosensitive channel  22.6 
 
 		 380 aa  54.7  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  23.17 
 
 		 343 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>