120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0774 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 428 aa  867    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  61.37 
 
 		 428 aa  551  1e-156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  65.49 
 
 		 403 aa  532  1e-150  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  53.05 
 
 		 437 aa  459  9.999999999999999e-129  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  57.44 
 
 		 420 aa  456  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  44.31 
 
 		 421 aa  366  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  43.73 
 
 		 422 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  43.73 
 
 		 422 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  43.49 
 
 		 422 aa  361  1e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 		 421 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  43.53 
 
 		 422 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 		 421 aa  356  5e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 		 421 aa  356  5e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  43.78 
 
 		 421 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  43.48 
 
 		 416 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  46.21 
 
 		 393 aa  349  4e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  44.59 
 
 		 392 aa  349  5e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  49.2 
 
 		 406 aa  347  2e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  44.96 
 
 		 421 aa  344  1e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  41.3 
 
 		 420 aa  344  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  42.89 
 
 		 426 aa  340  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  42.79 
 
 		 422 aa  333  4e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  44.39 
 
 		 424 aa  330  3e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  43.46 
 
 		 424 aa  325  9e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  39.81 
 
 		 416 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  47.9 
 
 		 415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  47.9 
 
 		 415 aa  319  5e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  47.9 
 
 		 415 aa  319  5e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  47.9 
 
 		 415 aa  319  6e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  47.9 
 
 		 415 aa  319  6e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  47.9 
 
 		 415 aa  319  6e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  47.57 
 
 		 415 aa  318  7.999999999999999e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  47.57 
 
 		 415 aa  318  7.999999999999999e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  42.72 
 
 		 419 aa  318  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  42.08 
 
 		 444 aa  317  2e-85  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  43.41 
 
 		 412 aa  316  7e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  41.58 
 
 		 444 aa  313  2.9999999999999996e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  43.48 
 
 		 395 aa  313  4.999999999999999e-84  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  46.57 
 
 		 414 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  41.81 
 
 		 415 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  41.91 
 
 		 459 aa  311  2e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  41.64 
 
 		 426 aa  311  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  41.81 
 
 		 415 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  41.81 
 
 		 415 aa  310  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  52.22 
 
 		 421 aa  310  4e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  48.21 
 
 		 415 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  41.81 
 
 		 415 aa  309  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  41.71 
 
 		 403 aa  306  4.0000000000000004e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.41 
 
 		 414 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  42.41 
 
 		 414 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  42.41 
 
 		 414 aa  304  2.0000000000000002e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  40.26 
 
 		 476 aa  301  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  40.39 
 
 		 414 aa  301  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  45.1 
 
 		 423 aa  300  3e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 		 413 aa  299  7e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  40.81 
 
 		 413 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  40.81 
 
 		 413 aa  296  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  40.81 
 
 		 464 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  38.07 
 
 		 490 aa  296  7e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  42.05 
 
 		 424 aa  295  9e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  40.05 
 
 		 416 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  41.25 
 
 		 453 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  42.9 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  39.74 
 
 		 406 aa  291  2e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  40.1 
 
 		 428 aa  290  2e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  35.52 
 
 		 419 aa  289  5.0000000000000004e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  42.18 
 
 		 442 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  41.88 
 
 		 433 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  40.86 
 
 		 424 aa  285  1.0000000000000001e-75  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  38.07 
 
 		 417 aa  285  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  41.19 
 
 		 433 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  40.93 
 
 		 433 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  40.67 
 
 		 433 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  41.6 
 
 		 433 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  41.98 
 
 		 436 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  45.7 
 
 		 447 aa  276  5e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  41.42 
 
 		 430 aa  275  8e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  40.51 
 
 		 442 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  42.12 
 
 		 437 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  41.13 
 
 		 442 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 		 404 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  37.23 
 
 		 417 aa  229  7e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  31.62 
 
 		 541 aa  155  9e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1504  conserved hypothetical integral membrane protein, mechanosensitive ion channel family  21.99 
 
 		 624 aa  58.2  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1737  mechanosensitive ion channel family protein  25.99 
 
 		 624 aa  52.8  0.00001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  26.18 
 
 		 275 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  24.78 
 
 		 362 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  25.86 
 
 		 295 aa  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1546  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  28.83 
 
 		 479 aa  47.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.514924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0236  mechanosensitive ion channel family protein  27.1 
 
 		 627 aa  46.6  0.0009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0883  MscS mechanosensitive ion channel  26.47 
 
 		 380 aa  45.8  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199191 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  35.48 
 
 		 809 aa  46.2  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2755  MscS mechanosensitive ion channel:conserved TM helix  27.54 
 
 		 276 aa  45.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661967 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12461  transmembrane protein  24.62 
 
 		 481 aa  45.1  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0689  MscS mechanosensitive ion channel  25.93 
 
 		 351 aa  45.4  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.13803  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  24.34 
 
 		 362 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0289  mechanosensitive ion channel family protein  26.17 
 
 		 627 aa  44.7  0.003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.658149  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1154  hypothetical protein  25.23 
 
 		 363 aa  45.1  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0298455  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2065  MscS mechanosensitive ion channel  26.2 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  35.48 
 
 		 803 aa  44.7  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>