222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4004 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4466  MscS mechanosensitive ion channel  99.03 
 
 		 413 aa  780    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1267  MscS mechanosensitive ion channel  92.29 
 
 		 416 aa  776    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4067  MscS mechanosensitive ion channel  92.27 
 
 		 424 aa  739    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3791  MscS mechanosensitive ion channel  89.91 
 
 		 464 aa  818    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5728  MscS mechanosensitive ion channel  92.72 
 
 		 413 aa  773    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.934424 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4004  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 453 aa  925    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4577  MscS mechanosensitive ion channel  92.72 
 
 		 413 aa  773    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0018  MscS mechanosensitive ion channel  49.1 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3919  MscS mechanosensitive ion channel  47.6 
 
 		 426 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1377  MscS mechanosensitive ion channel  48.87 
 
 		 433 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.563971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4533  MscS mechanosensitive ion channel  48.87 
 
 		 433 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4040  MscS mechanosensitive ion channel  49.74 
 
 		 433 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3267  MscS Mechanosensitive ion channel  47.6 
 
 		 459 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3803  MscS mechanosensitive ion channel  49.46 
 
 		 430 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398748 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1436  MscS mechanosensitive ion channel  52.2 
 
 		 432 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1574  mechanosensitive ion channel family protein  49.18 
 
 		 436 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332059  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3828  MscS mechanosensitive ion channel  49.61 
 
 		 433 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280894  normal  0.277572 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2129  MscS mechanosensitive ion channel  48.39 
 
 		 442 aa  359  4e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0330  MscS Mechanosensitive ion channel  51.3 
 
 		 423 aa  352  7e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.755034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1305  MscS mechanosensitive ion channel  50.68 
 
 		 433 aa  351  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.409264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19230  hypothetical protein  47.72 
 
 		 442 aa  349  6e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.895038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1659  hypothetical protein  47.99 
 
 		 442 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.372862  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0968  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  46.65 
 
 		 403 aa  347  3e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0457255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00538  predicted mechanosensitive channel  54.84 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3052  MscS Mechanosensitive ion channel  54.84 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  54.84 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0658  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  54.84 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0624  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  54.84 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.248163  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1801  hypothetical protein  45.88 
 
 		 444 aa  333  4e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3069  MscS mechanosensitive ion channel  54.84 
 
 		 415 aa  333  4e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.588458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0471  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family  54.84 
 
 		 415 aa  333  5e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0595  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  54.84 
 
 		 415 aa  333  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.734376  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1733  MscS mechanosensitive ion channel  45.62 
 
 		 444 aa  332  1e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1014  MscS Mechanosensitive ion channel  55.4 
 
 		 424 aa  331  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0621  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  49.53 
 
 		 415 aa  330  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3295  MscS Mechanosensitive ion channel  54.68 
 
 		 424 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0680  small conductance mechanosensitive ion channel family transporter  49.53 
 
 		 415 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0614  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel  49.53 
 
 		 415 aa  330  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0670  small conductance mechanosensitive ion channel transporter  49.53 
 
 		 415 aa  329  5.0000000000000004e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.74208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0736  transporter small conductance mechanosensitive ion channel  49.53 
 
 		 415 aa  328  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2643  hypothetical protein  46.45 
 
 		 412 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1064  MscS mechanosensitive ion channel  47.14 
 
 		 414 aa  326  6e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.734734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1801  MscS mechanosensitive ion channel  48.13 
 
 		 437 aa  323  4e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1821  MscS mechanosensitive ion channel  47.84 
 
 		 447 aa  321  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.626552  decreased coverage  0.00243652 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1640  MscS mechanosensitive ion channel  44.87 
 
 		 406 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.868645  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1048  MscS mechanosensitive ion channel  45.48 
 
 		 421 aa  320  3e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.23131 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3632  putative small-conductance mechanosensitive channel  42.09 
 
 		 393 aa  318  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2763  MscS mechanosensitive ion channel  40.56 
 
 		 421 aa  317  4e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  41.93 
 
 		 428 aa  314  1.9999999999999998e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0882  MscS mechanosensitive ion channel  43.99 
 
 		 420 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0634  hypothetical protein  44.27 
 
 		 437 aa  311  1e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0086  MscS mechanosensitive ion channel  40.81 
 
 		 426 aa  310  4e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.845728  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3752  MscS mechanosensitive ion channel  41.83 
 
 		 416 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1692  MscS Mechanosensitive ion channel  39.43 
 
 		 403 aa  303  5.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000105564 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0117  MscS mechanosensitive ion channel  39.64 
 
 		 422 aa  300  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0112  MscS mechanosensitive ion channel  39.64 
 
 		 422 aa  300  4e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.99072 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0117  MscS mechanosensitive ion channel  39.64 
 
 		 422 aa  299  6e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222536 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0774  MscS Mechanosensitive ion channel  41.86 
 
 		 428 aa  298  1e-79  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4829  mechanosensitive ion channel  42.71 
 
 		 417 aa  298  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1534  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  54.15 
 
 		 414 aa  298  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1641  MscS mechanosensitive ion channel  54.15 
 
 		 414 aa  298  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1729  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  54.15 
 
 		 414 aa  298  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.454596  hitchhiker  0.0000587449 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0122  MscS mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 		 421 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0121  MscS Mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 		 421 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0117  MscS mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 		 421 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4237  MscS mechanosensitive ion channel  39.13 
 
 		 421 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4834  MscS mechanosensitive ion channel  40.11 
 
 		 421 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4442  MscS mechanosensitive ion channel  40.26 
 
 		 420 aa  295  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1739  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 395 aa  294  2e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4158  MscS mechanosensitive ion channel  46.98 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0118  MscS mechanosensitive ion channel  39.39 
 
 		 422 aa  294  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0327583  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0121  small-conductance mechanosensitive channel  38.97 
 
 		 392 aa  293  5e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3951  MscS mechanosensitive ion channel  39.9 
 
 		 422 aa  293  5e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0321  MscS mechanosensitive ion channel  48.41 
 
 		 424 aa  292  9e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.870771  normal  0.0509238 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2846  MscS mechanosensitive ion channel  37.28 
 
 		 419 aa  283  4.0000000000000003e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.784545  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4057  MscS mechanosensitive ion channel  42.74 
 
 		 414 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02197  hypothetical protein  37.15 
 
 		 490 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6004  MscS mechanosensitive ion channel  42.28 
 
 		 417 aa  273  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10263  putative transmembrane transport protein  38.33 
 
 		 428 aa  268  2e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.109786  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03630  mechanosensitive ion channel  39.55 
 
 		 476 aa  265  1e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2323  mechanosensitive ion channel family protein  37.87 
 
 		 406 aa  264  2e-69  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6222  MscS Mechanosensitive ion channel  35.4 
 
 		 404 aa  233  5e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1331  MscS mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 541 aa  153  5.9999999999999996e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.434406  hitchhiker  0.00000000000183262 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1488  MscS family inner membrane protein YnaI  24.41 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.445516  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1848  MscS family hypothetical protein  24.41 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.512359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1670  MscS family inner membrane protein YnaI  24.41 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107683 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1788  MscS family inner membrane protein YnaI  24.41 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150216 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1786  MscS family inner membrane protein YnaI  24.41 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0416525  normal  0.388102 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5283  MscS Mechanosensitive ion channel  27.21 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0971  MscS mechanosensitive ion channel  32.33 
 
 		 272 aa  61.6  0.00000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0975842 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01308  conserved inner membrane protein  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_2315  MscS Mechanosensitive ion channel  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0901587  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1543  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2294  MscS mechanosensitive ion channel  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A0857  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  21.26 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.017497  n/a   
 
 
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NC_010498  EcSMS35_1791  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  22.41 
 
 		 343 aa  59.7  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011353  ECH74115_1978  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.218747 
 
 
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NC_012892  B21_01318  hypothetical protein  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.831445  n/a   
 
 
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NC_009800  EcHS_A1447  small conductance mechanosensitive ion channel family protein  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E1570  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel family  22.41 
 
 		 343 aa  59.3  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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