More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_83216 on replicon NC_009044
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009044  PICST_83216  Part of small ribosomal subunit (SSU) processosome (contains U3 snoRNA)  100 
 
 
1699 aa  3450    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0841775  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_38035  predicted protein  29.18 
 
 
1869 aa  390  1e-106  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0179427  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE01200  rRNA processing-related protein, putative  35.77 
 
 
1484 aa  386  1e-105  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02147  rRNA biogenesis protein RRP5, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G16040)  48.77 
 
 
1780 aa  306  2.0000000000000002e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0471871  normal  0.489753 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_15354  predicted protein  36.21 
 
 
300 aa  191  1e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.267179  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  24.88 
 
 
589 aa  89  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  27.14 
 
 
382 aa  88.2  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  24.93 
 
 
562 aa  88.2  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  27.17 
 
 
382 aa  87.8  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  24.56 
 
 
557 aa  87  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  23.22 
 
 
561 aa  86.7  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  26.81 
 
 
382 aa  86.3  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  26.81 
 
 
382 aa  86.3  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  26.81 
 
 
382 aa  86.3  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  26.81 
 
 
382 aa  86.3  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
576 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  24.37 
 
 
558 aa  86.3  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
576 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
576 aa  86.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  85.9  0.000000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  24.64 
 
 
570 aa  85.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  24.4 
 
 
576 aa  85.5  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  26.81 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  27.73 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  22.81 
 
 
720 aa  85.5  0.000000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  26.45 
 
 
382 aa  85.1  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  26.45 
 
 
382 aa  85.1  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  24.19 
 
 
557 aa  84.7  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  26.45 
 
 
382 aa  85.1  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  25 
 
 
555 aa  83.6  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  83.6  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  83.2  0.00000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  83.2  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  83.2  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  83.2  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  82.8  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  82.8  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  82.8  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  24.54 
 
 
555 aa  82.8  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  23.69 
 
 
556 aa  82.4  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  23.69 
 
 
556 aa  82.4  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  23.88 
 
 
558 aa  81.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  23.88 
 
 
558 aa  81.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  28.18 
 
 
705 aa  81.6  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  23.88 
 
 
558 aa  81.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  24.08 
 
 
555 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  23.88 
 
 
558 aa  81.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  23.85 
 
 
555 aa  81.3  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  34.91 
 
 
408 aa  80.5  0.0000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  23.98 
 
 
561 aa  80.5  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  23.64 
 
 
561 aa  80.5  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  30.54 
 
 
584 aa  80.5  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  23.06 
 
 
559 aa  80.5  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  28.38 
 
 
396 aa  80.1  0.0000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  22.43 
 
 
556 aa  79.7  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  25.06 
 
 
559 aa  79.7  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  23.89 
 
 
562 aa  80.1  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  23.4 
 
 
563 aa  79.7  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  23.4 
 
 
563 aa  79.7  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  26.33 
 
 
661 aa  79.3  0.0000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1308  30S ribosomal protein S1  24.04 
 
 
557 aa  79.3  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.302956  hitchhiker  0.0000000365743 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  23.84 
 
 
564 aa  79.3  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  23.65 
 
 
562 aa  79  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  23.65 
 
 
562 aa  79  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  23.84 
 
 
564 aa  79  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1563  30S ribosomal protein S1  25.69 
 
 
391 aa  78.2  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1533  30S ribosomal protein S1  25.69 
 
 
391 aa  78.2  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.920483  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  24.57 
 
 
557 aa  78.6  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  24.08 
 
 
560 aa  77.4  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  23.24 
 
 
561 aa  77.4  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  23.03 
 
 
587 aa  76.6  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  23.8 
 
 
557 aa  77  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1027  RNA binding S1 domain protein  24.78 
 
 
504 aa  76.3  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000173139  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  25.96 
 
 
597 aa  75.9  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  29.06 
 
 
609 aa  75.9  0.000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  22.89 
 
 
560 aa  75.5  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  26.17 
 
 
736 aa  75.1  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  28.7 
 
 
539 aa  75.1  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  21.23 
 
 
577 aa  75.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  22.71 
 
 
560 aa  75.1  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0639  30S ribosomal protein S1  35.76 
 
 
400 aa  74.7  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.136649  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1150  30S ribosomal protein S1  33.53 
 
 
400 aa  73.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000136012  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  21.29 
 
 
563 aa  74.3  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  24.23 
 
 
566 aa  74.3  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  21.43 
 
 
563 aa  74.3  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  25.26 
 
 
570 aa  73.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  22.29 
 
 
563 aa  73.6  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0617  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 
567 aa  73.6  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  27.15 
 
 
492 aa  73.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 
584 aa  73.6  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  23.14 
 
 
593 aa  73.2  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>