More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1861 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1861  phage integrase  100 
 
 		 313 aa  628  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.168133  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  27.8 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  30.08 
 
 		 301 aa  87.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  27.17 
 
 		 298 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  32.37 
 
 		 365 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  32.37 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.41 
 
 		 309 aa  83.6  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  27.91 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.46 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.75 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.75 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 329 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  28.83 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.79 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  28.57 
 
 		 332 aa  78.2  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.75 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  26.39 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  26.47 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  26.47 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  28.32 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.26 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.88 
 
 		 312 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  26.5 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.87 
 
 		 351 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  26.79 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  25.74 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  22.53 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.11 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  24.73 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  29.22 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.48 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2528  tyrosine recombinase XerC  27.44 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.237042 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 		 298 aa  73.9  0.000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.07 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 311 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  26.18 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.34 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.93 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.98 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.38 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  28.63 
 
 		 320 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.02 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 324 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.96 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.57 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.27 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  22.47 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  28.31 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  24.27 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  26.95 
 
 		 302 aa  70.5  0.00000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  21.64 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  24.72 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  21.74 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.7 
 
 		 315 aa  69.3  0.00000000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  21.72 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  25.93 
 
 		 326 aa  69.3  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.71 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  30.3 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  30.3 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  23.53 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  28.77 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  27.54 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  25.8 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.36 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  24.32 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.55 
 
 		 330 aa  67  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  23.28 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.31 
 
 		 333 aa  67  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  23.28 
 
 		 300 aa  67  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.77 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  26.92 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  24.07 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  24.71 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.57 
 
 		 324 aa  66.2  0.0000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  24.72 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  20.46 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0318  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.72 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.73 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.99 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  25.19 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.02 
 
 		 313 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>