More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2159 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  85.83 
 
 
513 aa  920    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  100 
 
 
503 aa  1043    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  83.07 
 
 
518 aa  877    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  85.83 
 
 
513 aa  920    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.87 
 
 
542 aa  647    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  85.69 
 
 
522 aa  911    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.8 
 
 
496 aa  643    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  77.25 
 
 
516 aa  830    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  60.12 
 
 
531 aa  631  1e-180  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  58.81 
 
 
521 aa  614  1e-175  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  57.82 
 
 
520 aa  605  9.999999999999999e-173  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  57.94 
 
 
526 aa  604  1.0000000000000001e-171  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  58.13 
 
 
524 aa  604  1.0000000000000001e-171  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  57.65 
 
 
521 aa  600  1e-170  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.7 
 
 
499 aa  498  1e-139  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.4 
 
 
499 aa  496  1e-139  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  49.4 
 
 
499 aa  495  1e-139  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  48.21 
 
 
499 aa  488  1e-136  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  47.94 
 
 
510 aa  481  1e-134  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.14 
 
 
1201 aa  439  9.999999999999999e-123  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.17 
 
 
1124 aa  441  9.999999999999999e-123  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.56 
 
 
1124 aa  428  1e-119  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.6 
 
 
1130 aa  424  1e-117  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.27 
 
 
1127 aa  412  1e-114  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  44.15 
 
 
1127 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  43.8 
 
 
1127 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  42.37 
 
 
1131 aa  396  1e-109  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  42.45 
 
 
1127 aa  395  1e-108  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  42.74 
 
 
1115 aa  394  1e-108  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  33.65 
 
 
1174 aa  279  7e-74  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  32.6 
 
 
1232 aa  254  3e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  29.91 
 
 
1252 aa  244  1.9999999999999999e-63  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  30.77 
 
 
1212 aa  243  7.999999999999999e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  28.24 
 
 
1129 aa  224  3e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  30 
 
 
1146 aa  218  2e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  28.87 
 
 
1193 aa  208  1e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  28.52 
 
 
1211 aa  205  1e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  27.57 
 
 
1155 aa  193  6e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  27.24 
 
 
1225 aa  192  1e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.84 
 
 
1090 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16651  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.93 
 
 
1097 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16761  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.93 
 
 
1097 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18861  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.93 
 
 
1095 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.816976  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.93 
 
 
1095 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.44 
 
 
1097 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04361  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.7 
 
 
1097 aa  116  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.36 
 
 
1117 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.7 
 
 
1097 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.7 
 
 
1097 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28 
 
 
1169 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.27 
 
 
1096 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16891  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.48 
 
 
1097 aa  115  3e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.45 
 
 
1145 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0741  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.33 
 
 
1096 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.05 
 
 
1178 aa  112  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.36 
 
 
1122 aa  112  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.43 
 
 
1217 aa  111  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.62 
 
 
1141 aa  111  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.95 
 
 
1178 aa  110  6e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000134486  normal  0.250195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1079  DNA-directed RNA polymerase  26.45 
 
 
1155 aa  110  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.715503  normal  0.276189 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19910  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.85 
 
 
1185 aa  110  9.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.168959  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.05 
 
 
1103 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1778  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.05 
 
 
1103 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.34 
 
 
1115 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.36 
 
 
1102 aa  108  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.37 
 
 
1141 aa  107  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.34 
 
 
1126 aa  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.52 
 
 
1143 aa  107  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0488  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.1 
 
 
1099 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0917  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.67 
 
 
1158 aa  106  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.456862 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.11 
 
 
1155 aa  106  8e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.89 
 
 
1227 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.53 
 
 
1155 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1176  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.49 
 
 
1142 aa  105  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0450888 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3933  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.89 
 
 
1143 aa  104  3e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.854688  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23930  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.39 
 
 
1162 aa  104  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.268033  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5081  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.8 
 
 
1372 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.563894  normal  0.835448 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.44 
 
 
1387 aa  103  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.36 
 
 
1375 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.36 
 
 
1376 aa  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4386  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.36 
 
 
1376 aa  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.282768 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.2 
 
 
1380 aa  103  7e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0680  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.33 
 
 
1171 aa  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.85 
 
 
1141 aa  103  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.2 
 
 
1380 aa  103  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3868  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.44 
 
 
1376 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0444407 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.57 
 
 
1100 aa  102  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.06 
 
 
1358 aa  103  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.71 
 
 
1390 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.71 
 
 
1374 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3687  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.71 
 
 
1374 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335052  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.75 
 
 
1374 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1901  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.75 
 
 
1374 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.727918  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.17 
 
 
1149 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.71 
 
 
1155 aa  102  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17250  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.22 
 
 
1168 aa  102  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.82 
 
 
1373 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.29 
 
 
1168 aa  102  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  37.09 
 
 
1403 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3468  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.15 
 
 
1455 aa  101  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000342791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>