More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlab_1163 on replicon NC_008942
Organism: Methanocorpusculum labreanum Z



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  77.25 
 
 
503 aa  830    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  76.6 
 
 
518 aa  831    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  100 
 
 
516 aa  1069    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.87 
 
 
542 aa  640    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  78.28 
 
 
513 aa  844    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  78.38 
 
 
522 aa  859    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.94 
 
 
496 aa  652    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  78.28 
 
 
513 aa  844    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  59.96 
 
 
531 aa  625  1e-178  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  58.41 
 
 
521 aa  621  1e-177  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  58.25 
 
 
524 aa  612  9.999999999999999e-175  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  57.25 
 
 
521 aa  612  9.999999999999999e-175  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  58.25 
 
 
526 aa  612  9.999999999999999e-175  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  57.25 
 
 
520 aa  606  9.999999999999999e-173  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  50.1 
 
 
499 aa  508  1e-143  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  50.1 
 
 
499 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  50.1 
 
 
499 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  48.93 
 
 
499 aa  499  1e-140  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.45 
 
 
510 aa  486  1e-136  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.7 
 
 
1124 aa  464  1e-129  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.15 
 
 
1124 aa  444  1e-123  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  41.95 
 
 
1201 aa  439  9.999999999999999e-123  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  43.53 
 
 
1130 aa  432  1e-120  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  41.91 
 
 
1127 aa  417  9.999999999999999e-116  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  42.11 
 
 
1127 aa  414  1e-114  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  42.11 
 
 
1127 aa  414  1e-114  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  41.13 
 
 
1127 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  41.76 
 
 
1131 aa  401  9.999999999999999e-111  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  41.78 
 
 
1115 aa  394  1e-108  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  32.16 
 
 
1174 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  29.39 
 
 
1232 aa  246  6e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  29 
 
 
1212 aa  239  8e-62  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  29.08 
 
 
1252 aa  238  3e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  28.52 
 
 
1146 aa  219  7.999999999999999e-56  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  26.55 
 
 
1129 aa  213  5.999999999999999e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  29.13 
 
 
1211 aa  209  9e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  28.11 
 
 
1155 aa  196  1e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  28 
 
 
1193 aa  193  5e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  26.59 
 
 
1225 aa  182  9.000000000000001e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.13 
 
 
1178 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000134486  normal  0.250195 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.13 
 
 
1217 aa  116  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19910  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.03 
 
 
1185 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.168959  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.26 
 
 
1090 aa  116  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.2 
 
 
1117 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.41 
 
 
1143 aa  114  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.4 
 
 
1178 aa  114  5e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.59 
 
 
1102 aa  113  7.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.81 
 
 
1122 aa  112  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.44 
 
 
1375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4386  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.44 
 
 
1376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.282768 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.44 
 
 
1376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3868  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.43 
 
 
1376 aa  111  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0444407 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.43 
 
 
1387 aa  111  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1826  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.41 
 
 
1379 aa  111  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365414  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0741  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.67 
 
 
1096 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.32 
 
 
1097 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04361  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.97 
 
 
1097 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16891  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.73 
 
 
1097 aa  110  6e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.29 
 
 
1374 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.41 
 
 
1168 aa  110  7.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1901  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.12 
 
 
1374 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.727918  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.39 
 
 
1096 aa  110  8.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16761  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.82 
 
 
1097 aa  109  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.11 
 
 
1374 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.65 
 
 
1379 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347511 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1422  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.65 
 
 
1379 aa  109  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.381811 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.34 
 
 
1095 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.5 
 
 
1380 aa  109  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16651  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.87 
 
 
1097 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18861  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.34 
 
 
1095 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.816976  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.5 
 
 
1380 aa  109  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5081  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.07 
 
 
1372 aa  109  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.563894  normal  0.835448 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.72 
 
 
1358 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.72 
 
 
1379 aa  108  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.38 
 
 
1390 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.38 
 
 
1374 aa  108  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0978  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.13 
 
 
1380 aa  108  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.344498  normal  0.02017 
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.6 
 
 
1377 aa  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1205  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.6 
 
 
1377 aa  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.130962  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3687  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.38 
 
 
1374 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335052  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1947  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.6 
 
 
1377 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.55 
 
 
1097 aa  107  5e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.08 
 
 
1393 aa  107  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.79 
 
 
1373 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.39 
 
 
1149 aa  107  7e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.87 
 
 
1097 aa  107  7e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3933  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.5 
 
 
1143 aa  107  7e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.854688  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.44 
 
 
1103 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1778  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.44 
 
 
1103 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.09 
 
 
1370 aa  106  9e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.23 
 
 
1362 aa  106  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6627  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.41 
 
 
1160 aa  106  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.357912  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.34 
 
 
1126 aa  106  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  37.75 
 
 
1403 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0571  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.16 
 
 
1383 aa  106  1e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00509146  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.57 
 
 
1392 aa  106  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0488  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.09 
 
 
1099 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.56 
 
 
1145 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.2 
 
 
1379 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1061  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.4 
 
 
1370 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.449101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>