More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_34146 on replicon NC_009068
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  69.14 
 
 
1252 aa  1777    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  34.05 
 
 
1225 aa  689    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  38.98 
 
 
1124 aa  855    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  38.97 
 
 
1127 aa  830    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  60.73 
 
 
1193 aa  1518    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  35.42 
 
 
1129 aa  685    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  37.05 
 
 
1115 aa  777    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  39.72 
 
 
1124 aa  861    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  37.6 
 
 
1131 aa  800    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  37.58 
 
 
1127 aa  807    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  36.3 
 
 
1155 aa  723    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  56.36 
 
 
1212 aa  1383    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  60.08 
 
 
1174 aa  1488    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  35.31 
 
 
1146 aa  721    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  100 
 
 
1232 aa  2572    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  34.99 
 
 
1211 aa  717    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  37.21 
 
 
1201 aa  762    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  39.67 
 
 
1130 aa  823    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  37.66 
 
 
1127 aa  814    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  38.19 
 
 
1127 aa  808    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  43.51 
 
 
604 aa  538  1e-151  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  42.92 
 
 
608 aa  528  1e-148  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.55 
 
 
608 aa  522  1e-146  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  42.35 
 
 
604 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  40.54 
 
 
609 aa  515  1e-144  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  42.57 
 
 
606 aa  511  1e-143  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.9 
 
 
604 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  40.27 
 
 
609 aa  508  9.999999999999999e-143  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  42.79 
 
 
604 aa  505  1e-141  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.07 
 
 
609 aa  503  1e-141  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  42.79 
 
 
604 aa  505  1e-141  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.64 
 
 
611 aa  504  1e-141  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.58 
 
 
611 aa  497  1e-139  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.7 
 
 
611 aa  499  1e-139  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.53 
 
 
604 aa  499  1e-139  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.43 
 
 
611 aa  496  9.999999999999999e-139  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  39.77 
 
 
637 aa  495  9.999999999999999e-139  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  41.27 
 
 
611 aa  493  1e-137  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  40.8 
 
 
604 aa  485  1e-135  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  28.96 
 
 
1193 aa  384  1e-105  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  37.47 
 
 
1145 aa  313  1e-83  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  36.78 
 
 
1147 aa  308  5.0000000000000004e-82  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  36.35 
 
 
1167 aa  308  6e-82  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  33.9 
 
 
499 aa  296  1e-78  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  34.26 
 
 
510 aa  295  4e-78  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  34.08 
 
 
499 aa  293  1e-77  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  34.08 
 
 
499 aa  292  4e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  37.72 
 
 
1231 aa  291  6e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  33.71 
 
 
499 aa  290  1e-76  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  32.46 
 
 
496 aa  277  1.0000000000000001e-72  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  33.99 
 
 
531 aa  276  2.0000000000000002e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  32.04 
 
 
542 aa  271  7e-71  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  31.08 
 
 
521 aa  259  3e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  31.92 
 
 
513 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  31.92 
 
 
513 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  32.6 
 
 
503 aa  254  8.000000000000001e-66  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  31.24 
 
 
526 aa  253  1e-65  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  31.54 
 
 
521 aa  248  4e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  30.98 
 
 
520 aa  248  6e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  31.16 
 
 
518 aa  247  9.999999999999999e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  29.39 
 
 
516 aa  246  1.9999999999999999e-63  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  30.62 
 
 
524 aa  246  1.9999999999999999e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  30.09 
 
 
522 aa  238  4e-61  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  32.79 
 
 
1070 aa  194  9e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.31 
 
 
1202 aa  191  1e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.88 
 
 
1246 aa  190  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.68 
 
 
1250 aa  189  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.5 
 
 
1228 aa  189  4e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  30.5 
 
 
1197 aa  187  7e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.24 
 
 
1284 aa  187  8e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.39 
 
 
1196 aa  186  2.0000000000000003e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.14 
 
 
1176 aa  186  3e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.84 
 
 
1202 aa  185  5.0000000000000004e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.94 
 
 
1115 aa  184  8.000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf212  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.3 
 
 
1197 aa  184  1e-44  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  31.1 
 
 
1090 aa  183  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.91 
 
 
1238 aa  182  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.98 
 
 
1141 aa  181  8e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.97 
 
 
1212 aa  180  1e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  30.72 
 
 
1173 aa  180  2e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.57 
 
 
1190 aa  179  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.69 
 
 
1126 aa  179  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  29.98 
 
 
1107 aa  179  4e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.22 
 
 
1145 aa  178  5e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.13 
 
 
1122 aa  177  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30 
 
 
1191 aa  176  1.9999999999999998e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.13 
 
 
1100 aa  176  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.87 
 
 
1117 aa  176  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.08 
 
 
1234 aa  176  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.08 
 
 
1234 aa  176  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  32.02 
 
 
1193 aa  176  2.9999999999999996e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.9 
 
 
1174 aa  176  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.38 
 
 
1185 aa  175  3.9999999999999995e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000686573  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.82 
 
 
1183 aa  175  3.9999999999999995e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0741  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.67 
 
 
1096 aa  174  5.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1170  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  31.17 
 
 
1171 aa  175  5.999999999999999e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0809825  unclonable  0.000000172992 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.54 
 
 
1183 aa  174  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0070  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.09 
 
 
1287 aa  174  1e-41  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0488  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.04 
 
 
1099 aa  173  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.89 
 
 
1152 aa  173  2e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>