More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbur_1179 on replicon NC_007955
Organism: Methanococcoides burtonii DSM 6242



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.87 
 
 
516 aa  640    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  65.02 
 
 
521 aa  664    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  63.08 
 
 
513 aa  659    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  64.74 
 
 
526 aa  665    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  81.91 
 
 
531 aa  832    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  63.93 
 
 
521 aa  657    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.49 
 
 
518 aa  646    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  100 
 
 
542 aa  1110    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  63.52 
 
 
520 aa  657    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  60.89 
 
 
522 aa  641    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  63.08 
 
 
513 aa  659    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.87 
 
 
503 aa  647    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  72.54 
 
 
496 aa  742    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  64.95 
 
 
524 aa  665    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  54.18 
 
 
510 aa  537  1e-151  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.64 
 
 
499 aa  533  1e-150  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.39 
 
 
499 aa  529  1e-149  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.85 
 
 
499 aa  531  1e-149  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.64 
 
 
499 aa  529  1e-149  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  50.1 
 
 
1124 aa  518  1e-146  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.47 
 
 
1124 aa  512  1e-144  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  48.33 
 
 
1130 aa  482  1e-135  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  47.09 
 
 
1201 aa  474  1e-132  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.27 
 
 
1127 aa  436  1e-121  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.53 
 
 
1127 aa  433  1e-120  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  47.28 
 
 
1131 aa  430  1e-119  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  47.38 
 
 
1115 aa  429  1e-119  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.62 
 
 
1127 aa  431  1e-119  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  45.88 
 
 
1127 aa  426  1e-118  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  36.67 
 
 
1174 aa  296  6e-79  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  32.62 
 
 
1212 aa  272  1e-71  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  32.04 
 
 
1232 aa  271  2.9999999999999997e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  31.1 
 
 
1252 aa  261  3e-68  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  31.76 
 
 
1146 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  31.31 
 
 
1129 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  32.19 
 
 
1155 aa  242  1e-62  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  27.95 
 
 
1211 aa  226  6e-58  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  29.41 
 
 
1225 aa  226  7e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  29.53 
 
 
1193 aa  211  4e-53  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.25 
 
 
1178 aa  128  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19910  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.57 
 
 
1185 aa  124  4e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.168959  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.02 
 
 
1090 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04361  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.86 
 
 
1097 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.46 
 
 
1095 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.67 
 
 
1097 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.56 
 
 
1178 aa  119  9.999999999999999e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000134486  normal  0.250195 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18861  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.46 
 
 
1095 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.816976  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.06 
 
 
1169 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.14 
 
 
1097 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16891  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.18 
 
 
1097 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.36 
 
 
1097 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.38 
 
 
1096 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16761  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.65 
 
 
1097 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16651  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.12 
 
 
1097 aa  117  6e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.98 
 
 
1141 aa  116  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.42 
 
 
1126 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  25.21 
 
 
1107 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.22 
 
 
1227 aa  114  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.79 
 
 
1149 aa  113  7.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.53 
 
 
1115 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.85 
 
 
1145 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.26 
 
 
1165 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3155  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.96 
 
 
1169 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.268483 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0391  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.29 
 
 
1181 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10681  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.41 
 
 
1178 aa  110  6e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.69 
 
 
1141 aa  110  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23930  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.35 
 
 
1162 aa  110  9.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.268033  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0917  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.85 
 
 
1158 aa  109  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.456862 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.84 
 
 
1141 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.56 
 
 
1117 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3933  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.64 
 
 
1143 aa  108  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.854688  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  24.45 
 
 
1145 aa  108  3e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1778  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.66 
 
 
1103 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.66 
 
 
1103 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.88 
 
 
1358 aa  107  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25 
 
 
1102 aa  107  7e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.05 
 
 
1170 aa  106  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.896013 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0488  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.05 
 
 
1099 aa  106  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.32 
 
 
1122 aa  106  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.27 
 
 
1155 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.36 
 
 
1141 aa  106  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.84 
 
 
1155 aa  105  2e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.6 
 
 
1217 aa  105  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.68 
 
 
1100 aa  105  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.94 
 
 
1169 aa  105  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.275742 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.83 
 
 
1171 aa  105  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0680  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.88 
 
 
1171 aa  104  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.37 
 
 
1155 aa  104  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20950  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.36 
 
 
1161 aa  104  5e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.81555  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.78 
 
 
1166 aa  103  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0741  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.66 
 
 
1096 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.58 
 
 
1387 aa  103  9e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1176  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.25 
 
 
1142 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0450888 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38 
 
 
1368 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  31.4 
 
 
1380 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3314  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.33 
 
 
1368 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17250  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.66 
 
 
1168 aa  103  1e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0580  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.97 
 
 
1170 aa  102  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0311917 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0046  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.33 
 
 
1366 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148262  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1079  DNA-directed RNA polymerase  25.16 
 
 
1155 aa  103  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.715503  normal  0.276189 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>