More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A3694 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.26 
 
 
513 aa  639    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  100 
 
 
531 aa  1085    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.26 
 
 
513 aa  639    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  63.58 
 
 
521 aa  661    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  64.27 
 
 
526 aa  660    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  60.6 
 
 
518 aa  644    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  81.91 
 
 
542 aa  832    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  62.91 
 
 
520 aa  657    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  64.12 
 
 
524 aa  660    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  64.68 
 
 
521 aa  665    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  75.74 
 
 
496 aa  761    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  61.69 
 
 
522 aa  641    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  60.12 
 
 
503 aa  633  1e-180  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  59.76 
 
 
516 aa  625  1e-178  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.53 
 
 
499 aa  538  9.999999999999999e-153  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.11 
 
 
499 aa  528  1e-149  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.11 
 
 
499 aa  528  1e-148  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  52.9 
 
 
499 aa  526  1e-148  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  53.8 
 
 
510 aa  527  1e-148  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.24 
 
 
1124 aa  504  1e-141  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  51.27 
 
 
1124 aa  501  1e-140  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  49.48 
 
 
1130 aa  478  1e-134  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  48.69 
 
 
1201 aa  481  1e-134  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  47.19 
 
 
1127 aa  435  1e-121  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.57 
 
 
1127 aa  428  1e-118  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.15 
 
 
1127 aa  426  1e-118  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  47.39 
 
 
1131 aa  422  1e-117  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  47.02 
 
 
1127 aa  424  1e-117  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.11 
 
 
1115 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  36.47 
 
 
1174 aa  299  9e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  33.99 
 
 
1232 aa  276  8e-73  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  33.14 
 
 
1252 aa  275  2.0000000000000002e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  31.42 
 
 
1212 aa  266  5e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  31.03 
 
 
1146 aa  244  3e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  32.86 
 
 
1155 aa  242  1e-62  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  31.26 
 
 
1211 aa  239  1e-61  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  31.83 
 
 
1129 aa  237  4e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  30.78 
 
 
1193 aa  218  2e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  28.94 
 
 
1225 aa  204  4e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16761  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.87 
 
 
1097 aa  124  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16891  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.87 
 
 
1097 aa  124  4e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.1 
 
 
1097 aa  124  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.1 
 
 
1097 aa  123  8e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16651  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.87 
 
 
1097 aa  123  8e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.07 
 
 
1095 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18861  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.07 
 
 
1095 aa  122  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.816976  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04361  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.34 
 
 
1097 aa  123  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.08 
 
 
1090 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.87 
 
 
1096 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.87 
 
 
1097 aa  121  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.05 
 
 
1126 aa  118  3e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.37 
 
 
1178 aa  116  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19910  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.9 
 
 
1185 aa  115  1.0000000000000001e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.168959  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.42 
 
 
1178 aa  114  5e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000134486  normal  0.250195 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.84 
 
 
1115 aa  114  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.74 
 
 
1141 aa  114  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3155  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.54 
 
 
1169 aa  110  8.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.268483 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0391  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.59 
 
 
1181 aa  110  9.000000000000001e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0620  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  24.74 
 
 
1165 aa  109  1e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26 
 
 
1169 aa  109  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.17 
 
 
1145 aa  108  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10681  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25 
 
 
1178 aa  106  8e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23930  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.21 
 
 
1162 aa  106  9e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.268033  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.24 
 
 
1174 aa  106  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0605321 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  23.35 
 
 
1141 aa  106  1e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2667  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.32 
 
 
1168 aa  105  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  23.45 
 
 
1145 aa  105  2e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.74 
 
 
1170 aa  105  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.896013 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1257  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.43 
 
 
1161 aa  105  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.568598 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  25.58 
 
 
1168 aa  105  3e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1169  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  27.15 
 
 
1188 aa  104  4e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0246464 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  24.81 
 
 
1147 aa  104  4e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  24.84 
 
 
1107 aa  104  5e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3933  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.93 
 
 
1143 aa  103  6e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.854688  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.84 
 
 
1102 aa  103  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.87 
 
 
1149 aa  103  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03800  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.48 
 
 
1170 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.15 
 
 
1217 aa  102  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  23.67 
 
 
1227 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.97 
 
 
1100 aa  101  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.68 
 
 
1122 aa  101  4e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.65 
 
 
1143 aa  100  6e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.36 
 
 
1172 aa  100  7e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.249941  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1778  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.62 
 
 
1103 aa  100  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.68 
 
 
1117 aa  100  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1751  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.62 
 
 
1103 aa  100  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17250  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.44 
 
 
1168 aa  100  7e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  24.53 
 
 
1141 aa  100  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.16 
 
 
1375 aa  99.8  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0917  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.75 
 
 
1158 aa  99.8  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.456862 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.16 
 
 
1377 aa  99.8  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.16 
 
 
1166 aa  99.4  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3816  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.31 
 
 
1368 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3469  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.31 
 
 
1368 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.565589  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.31 
 
 
1368 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.84 
 
 
1286 aa  98.6  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.75 
 
 
1171 aa  99.4  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1914  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.31 
 
 
1368 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0417426  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  33.95 
 
 
1358 aa  99  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3754  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.31 
 
 
1368 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.131215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>