84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3215 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3215  hypothetical protein  100 
 
 
576 aa  1141    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2477  alkaline phosphatase-like protein  49.52 
 
 
633 aa  476  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3484  hypothetical protein  44.04 
 
 
622 aa  458  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2541  alkaline phosphatase-like  47.62 
 
 
592 aa  454  1.0000000000000001e-126  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.954107  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2478  protein of unknown function DUF1555  45.67 
 
 
539 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.304731  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3636  protein of unknown function DUF1555  45.16 
 
 
539 aa  443  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45680  alkaline phosphatase  46.77 
 
 
533 aa  432  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1392  alkaline phosphatase  46.69 
 
 
1355 aa  422  1e-117  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.127583  normal  0.479839 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0744  CHU large protein  45 
 
 
1322 aa  419  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.982041  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2981  Ig family protein  45.83 
 
 
857 aa  421  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0276  alkaline phosphatase-like protein  45.83 
 
 
551 aa  418  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000391321  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2207  Alkaline phosphatase  45.61 
 
 
1587 aa  417  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1973  alkaline phosphatase-like protein  44.69 
 
 
546 aa  392  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3684  LPXTG-motif cell wall anchor domain protein  45.22 
 
 
774 aa  390  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.585223 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3908  MerR family transcriptional regulator  41.13 
 
 
629 aa  390  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3826  alkaline phosphatase  41.48 
 
 
575 aa  369  1e-101  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4764  alkaline phosphatase-like protein  41.04 
 
 
567 aa  364  3e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1270  Collagen triple helix repeat protein  41.29 
 
 
600 aa  362  9e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.932295  hitchhiker  0.000000745074 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0978  hypothetical protein  42.19 
 
 
498 aa  360  5e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.121724  normal  0.659416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3414  hypothetical protein  38.77 
 
 
506 aa  349  9e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2384  alkaline phosphatase  40.53 
 
 
624 aa  342  1e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.13062  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6653  alkaline phosphatase-like protein  41.27 
 
 
501 aa  341  2e-92  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2281  alkaline phosphatase  41.28 
 
 
624 aa  340  4e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2372  alkaline phosphatase  40.18 
 
 
624 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.519374  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2267  alkaline phosphatase  41.59 
 
 
624 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1752  alkaline phosphatase  41.06 
 
 
624 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.188317  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1975  alkaline phosphatase  40 
 
 
624 aa  335  9e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0753581  hitchhiker  0.000000246694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1957  alkaline phosphatase  39.96 
 
 
635 aa  335  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0223046  normal  0.0148411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2135  alkaline phosphatase  40.43 
 
 
624 aa  335  1e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1832  alkaline phosphatase  41.13 
 
 
624 aa  334  3e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.348845  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0635  transcriptional regulator, MerR family protein  36.1 
 
 
598 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.693916  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1779  alkaline phosphatase  41.53 
 
 
627 aa  327  4.0000000000000003e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00922398  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2487  alkaline phosphatase  39.65 
 
 
624 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.498769  decreased coverage  0.000143129 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0430  metallophosphoesterase  42.67 
 
 
2701 aa  318  1e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1758  putative alkaline phosphatase  36.65 
 
 
621 aa  313  4.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0727302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1379  putative alkaline phosphatase  38.29 
 
 
622 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05423  hypothetical protein  36.84 
 
 
589 aa  298  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0406  alkaline phosphatase  41.33 
 
 
2182 aa  297  4e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001482  alkaline phosphatase  36.12 
 
 
589 aa  297  4e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03288  putative alkaline phosphatase  37.8 
 
 
600 aa  295  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1228  hypothetical protein  35.9 
 
 
601 aa  293  5e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0933019  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.75 
 
 
1795 aa  292  1e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2372  5'-Nucleotidase domain protein  37.97 
 
 
2796 aa  291  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.308667 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10670  hypothetical protein  38.45 
 
 
599 aa  283  7.000000000000001e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143126  normal  0.504233 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3467  hemolysin-type calcium-binding region  42.17 
 
 
1175 aa  223  9e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1750  5'-nucleotidase domain-containing protein  42.29 
 
 
3977 aa  153  8e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1685  5'-Nucleotidase domain protein  40.48 
 
 
2852 aa  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4261  hypothetical protein  30.59 
 
 
423 aa  109  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.194386  normal  0.0872951 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2774  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.56 
 
 
1641 aa  81.3  0.00000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0508724  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2828  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.89 
 
 
1641 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_47869  predicted protein  21.66 
 
 
721 aa  68.9  0.0000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2495  hypothetical protein  31.44 
 
 
723 aa  67  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.689072 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5160  secreted protein  27.3 
 
 
775 aa  64.7  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.976383  normal  0.0934279 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0439  putative secreted protein  34.75 
 
 
754 aa  62.4  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_11501  alkaline phosphatase  34.75 
 
 
754 aa  61.2  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.991815  normal  0.0150777 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5115  hypothetical protein  34.33 
 
 
720 aa  59.3  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.44963  normal  0.774948 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0720  putative secreted protein  33.87 
 
 
760 aa  59.3  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.522606  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3413  hypothetical protein  32.84 
 
 
733 aa  58.2  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47612  predicted protein  28.63 
 
 
793 aa  57.8  0.0000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1155  secreted protein  25.82 
 
 
776 aa  57.4  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00335606  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.44 
 
 
348 aa  57  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1753  hypothetical protein  32.84 
 
 
723 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0399  hypothetical protein  32.84 
 
 
723 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  27.72 
 
 
776 aa  54.7  0.000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5321  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.32 
 
 
362 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5700  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.32 
 
 
362 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.851059  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5410  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.32 
 
 
362 aa  54.7  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.186249 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3328  hypothetical protein  32.84 
 
 
721 aa  54.3  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.498692  normal  0.26053 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.79 
 
 
1170 aa  51.6  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2901  hypothetical protein  30.66 
 
 
719 aa  50.1  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.427774 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3065  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.05 
 
 
356 aa  49.7  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.44 
 
 
347 aa  49.7  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6812  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.55 
 
 
363 aa  49.3  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.444472  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.66 
 
 
348 aa  49.3  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1343  putative alkaline phosphatase protein  34.81 
 
 
732 aa  49.3  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1252  hypothetical protein  36.13 
 
 
732 aa  48.5  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.176304  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.3 
 
 
299 aa  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  26.98 
 
 
391 aa  47.8  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  25.46 
 
 
479 aa  47.8  0.0006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.23 
 
 
689 aa  46.6  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.97 
 
 
345 aa  45.8  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 
329 aa  45.1  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.63 
 
 
338 aa  45.4  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.85 
 
 
345 aa  45.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>