More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1887 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1103  glycogen debranching enzyme GlgX  52.14 
 
 		 695 aa  662    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.512458 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2045  glycogen debranching enzyme GlgX  54.24 
 
 		 738 aa  696    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1887  glycogen debranching enzyme GlgX  100 
 
 		 758 aa  1527    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0704358 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0414  glycogen debranching enzyme GlgX  54.08 
 
 		 693 aa  693    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  48.4 
 
 		 745 aa  620  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5335  glycogen debranching enzyme GlgX  47.07 
 
 		 723 aa  618  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0515  glycogen debranching protein GlgX  50.21 
 
 		 739 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  46.25 
 
 		 701 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1151  glycogen debranching enzyme GlgX  46.84 
 
 		 756 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.911208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  47.17 
 
 		 719 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  48.86 
 
 		 779 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  47.63 
 
 		 758 aa  596  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  47.63 
 
 		 758 aa  597  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  48.21 
 
 		 757 aa  592  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  48.76 
 
 		 716 aa  594  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  47.04 
 
 		 754 aa  592  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  45.16 
 
 		 706 aa  591  1e-167  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  47.06 
 
 		 755 aa  590  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  48.47 
 
 		 716 aa  591  1e-167  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  44.97 
 
 		 738 aa  589  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  45.73 
 
 		 715 aa  590  1e-167  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  46.79 
 
 		 704 aa  589  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  46.05 
 
 		 755 aa  591  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  46.64 
 
 		 717 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  46.78 
 
 		 717 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5289  glycogen debranching enzyme GlgX  45.31 
 
 		 738 aa  588  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1819  glycogen debranching enzyme GlgX  45.35 
 
 		 717 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11344  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  46.49 
 
 		 717 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  46.42 
 
 		 727 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  45.23 
 
 		 719 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  46.07 
 
 		 727 aa  582  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1881  glycogen debranching protein GlgX  47.12 
 
 		 691 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2864  putative glycogen operon protein GlgX  46.31 
 
 		 739 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3485  glycogen debranching protein GlgX  47.42 
 
 		 692 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  46.3 
 
 		 691 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  46.3 
 
 		 720 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2576  glycogen debranching enzyme GlgX  40.85 
 
 		 710 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.677524  normal  0.165671 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  44.49 
 
 		 721 aa  572  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3936  glycogen debranching enzyme GlgX  44.71 
 
 		 766 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659462  normal  0.365741 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  44.41 
 
 		 716 aa  574  1.0000000000000001e-162  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3213  glycogen debranching protein GlgX  45.43 
 
 		 728 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4049  glycogen debranching enzyme GlgX  44.71 
 
 		 766 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.928409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7031  glycogen debranching protein GlgX  48.05 
 
 		 708 aa  572  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1189  glycogen debranching protein GlgX  43.87 
 
 		 688 aa  570  1e-161  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.50354  normal  0.29921 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6824  glycogen debranching enzyme GlgX  46.11 
 
 		 739 aa  569  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2757  glycogen debranching enzyme GlgX  46.58 
 
 		 752 aa  571  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2835  glycogen debranching enzyme GlgX  46.86 
 
 		 752 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1692  glycogen debranching enzyme GlgX  46.42 
 
 		 697 aa  568  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03371  glycogen debranching enzyme GlgX  47.29 
 
 		 720 aa  567  1e-160  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13804  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  42.52 
 
 		 718 aa  568  1e-160  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7550  glycogen debranching enzyme GlgX  46.26 
 
 		 702 aa  567  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317676  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0567  glycogen debranching enzyme GlgX  44.07 
 
 		 722 aa  566  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4097  glycogen debranching enzyme GlgX  46.51 
 
 		 709 aa  567  1e-160  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0252563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  44.25 
 
 		 733 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2933  glycogen debranching enzyme GlgX  46.78 
 
 		 752 aa  568  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4166  glycogen debranching enzyme GlgX  46.63 
 
 		 693 aa  568  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.830683  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24860  glycogen debranching enzyme  45.99 
 
 		 720 aa  565  1.0000000000000001e-159  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.624836  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  45.6 
 
 		 719 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2937  glycogen debranching enzyme GlgX  46.75 
 
 		 703 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0541  glycogen debranching protein GlgX  45.85 
 
 		 727 aa  563  1.0000000000000001e-159  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5488  glycogen debranching enzyme GlgX  46.01 
 
 		 708 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168137  decreased coverage  0.0000616357 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1322  glycogen debranching enzyme GlgX  47.13 
 
 		 733 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.831141  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1115  glycogen debranching enzyme GlgX  45.03 
 
 		 712 aa  562  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0906  glycogen debranching enzyme GlgX  43.61 
 
 		 721 aa  565  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00297293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3793  glycogen debranching enzyme GlgX  45.79 
 
 		 717 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97477 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1495  glycogen operon protein  46.14 
 
 		 750 aa  559  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2983  glycogen debranching enzyme GlgX  45.39 
 
 		 718 aa  562  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602894  normal  0.0199459 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1206  glycogen debranching enzyme GlgX  46.65 
 
 		 692 aa  560  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  47.41 
 
 		 688 aa  560  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3733  glycogen debranching enzyme GlgX  44.9 
 
 		 733 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.635331  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1332  glycogen debranching enzyme GlgX  46.98 
 
 		 733 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  45.45 
 
 		 714 aa  560  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1184  glycogen debranching enzyme GlgX  44.9 
 
 		 712 aa  559  1e-158  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1333  glycogen debranching protein GlgX  46.86 
 
 		 705 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0242466  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  47.41 
 
 		 688 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  46.69 
 
 		 688 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6496  glycogen debranching enzyme GlgX  46.86 
 
 		 705 aa  560  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0828061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3027  glycogen debranching enzyme GlgX  46.98 
 
 		 733 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5729  glycogen debranching enzyme GlgX  42.97 
 
 		 723 aa  559  1e-158  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1775  glycogen debranching enzyme GlgX  44.58 
 
 		 701 aa  557  1e-157  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.318288  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1358  glycogen debranching enzyme GlgX  46.84 
 
 		 733 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.173381 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6085  glycogen debranching enzyme GlgX  46.86 
 
 		 705 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0291933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1486  glycogen debranching enzyme GlgX  47.09 
 
 		 705 aa  556  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000700154 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1056  glycogen debranching enzyme GlgX  45.25 
 
 		 712 aa  557  1e-157  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3681  glycogen debranching protein GlgX  45.56 
 
 		 692 aa  558  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1463  glycogen debranching protein GlgX  44.01 
 
 		 692 aa  555  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3980  glycogen debranching enzyme GlgX  46.34 
 
 		 712 aa  557  1e-157  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.524127  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1549  glycogen debranching enzyme GlgX  46.41 
 
 		 697 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.177873 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1136  glycogen debranching enzyme GlgX  45.74 
 
 		 704 aa  555  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5495  glycogen debranching enzyme GlgX  42.05 
 
 		 714 aa  553  1e-156  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  45.32 
 
 		 733 aa  552  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5115  glycogen debranching protein GlgX  42.18 
 
 		 714 aa  554  1e-156  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  43.73 
 
 		 708 aa  552  1e-156  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1514  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  44.81 
 
 		 1464 aa  552  1e-156  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117562  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1743  glycogen debranching enzyme GlgX  43.95 
 
 		 730 aa  554  1e-156  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0589275  normal  0.0171762 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5204  glycogen debranching enzyme GlgX  42.18 
 
 		 714 aa  554  1e-156  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.779499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6323  glycogen debranching enzyme GlgX  47.42 
 
 		 704 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.431119  normal  0.149748 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  45.54 
 
 		 735 aa  549  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0543  glycogen debranching enzyme GlgX  46.33 
 
 		 704 aa  549  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0247855  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6324  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  44.55 
 
 		 691 aa  549  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.24347  normal  0.874434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>