More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0414 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  48.79 
 
 		 717 aa  639    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  48.65 
 
 		 717 aa  638    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0414  glycogen debranching enzyme GlgX  100 
 
 		 693 aa  1390    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1103  glycogen debranching enzyme GlgX  53.22 
 
 		 695 aa  667    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.512458 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5335  glycogen debranching enzyme GlgX  50.58 
 
 		 723 aa  639    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  48.51 
 
 		 717 aa  635    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2045  glycogen debranching enzyme GlgX  53.64 
 
 		 738 aa  640    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.342407  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1887  glycogen debranching enzyme GlgX  54.48 
 
 		 758 aa  705    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0704358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1819  glycogen debranching enzyme GlgX  48.51 
 
 		 717 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11344  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03371  glycogen debranching enzyme GlgX  50.88 
 
 		 720 aa  629  1e-179  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13804  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  48.96 
 
 		 706 aa  631  1e-179  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  50.08 
 
 		 715 aa  631  1e-179  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  49.64 
 
 		 745 aa  630  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  49.21 
 
 		 716 aa  629  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  48.2 
 
 		 727 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  48.5 
 
 		 727 aa  623  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  49.71 
 
 		 716 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  49.63 
 
 		 716 aa  624  1e-177  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5289  glycogen debranching enzyme GlgX  49.63 
 
 		 738 aa  624  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  49.42 
 
 		 704 aa  624  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  48.82 
 
 		 721 aa  621  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  47.22 
 
 		 719 aa  621  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  48.47 
 
 		 738 aa  620  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24860  glycogen debranching enzyme  50.59 
 
 		 720 aa  620  1e-176  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.624836  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  48.51 
 
 		 757 aa  617  1e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  48.38 
 
 		 714 aa  615  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  45.47 
 
 		 718 aa  614  9.999999999999999e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  48.09 
 
 		 755 aa  610  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  48.76 
 
 		 779 aa  609  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  48.6 
 
 		 719 aa  610  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  48.82 
 
 		 719 aa  610  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  45.85 
 
 		 751 aa  610  1e-173  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  47.75 
 
 		 758 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  48.99 
 
 		 720 aa  607  9.999999999999999e-173  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  47.75 
 
 		 758 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  47.25 
 
 		 755 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0567  glycogen debranching enzyme GlgX  48.73 
 
 		 722 aa  603  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0515  glycogen debranching protein GlgX  51.32 
 
 		 739 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1151  glycogen debranching enzyme GlgX  46.45 
 
 		 756 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.911208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5729  glycogen debranching enzyme GlgX  45.45 
 
 		 723 aa  604  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5115  glycogen debranching protein GlgX  48.56 
 
 		 714 aa  599  1e-170  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16660  glycogen debranching enzyme GlgX  46.07 
 
 		 720 aa  602  1e-170  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.038626 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5204  glycogen debranching enzyme GlgX  48.56 
 
 		 714 aa  599  1e-170  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.779499  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1743  glycogen debranching enzyme GlgX  46.2 
 
 		 730 aa  597  1e-169  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0589275  normal  0.0171762 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5495  glycogen debranching enzyme GlgX  44.8 
 
 		 714 aa  598  1e-169  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1206  glycogen debranching enzyme GlgX  46.36 
 
 		 692 aa  597  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3485  glycogen debranching protein GlgX  47.64 
 
 		 692 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2576  glycogen debranching enzyme GlgX  45.91 
 
 		 710 aa  597  1e-169  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.677524  normal  0.165671 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2795  glycogen debranching enzyme GlgX  46.24 
 
 		 779 aa  597  1e-169  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0466072  decreased coverage  0.00000490674 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  48.13 
 
 		 691 aa  597  1e-169  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2757  glycogen debranching enzyme GlgX  47.32 
 
 		 752 aa  596  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2933  glycogen debranching enzyme GlgX  47.34 
 
 		 752 aa  597  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1372  glycogen debranching enzyme GlgX  46.05 
 
 		 712 aa  598  1e-169  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.296905 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01859  glycogen debranching enzyme GlgX  47.36 
 
 		 710 aa  592  1e-168  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2618  glycogen debranching enzyme GlgX  44.21 
 
 		 752 aa  592  1e-168  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0936116 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3027  glycogen debranching enzyme GlgX  47.56 
 
 		 733 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2835  glycogen debranching enzyme GlgX  47.04 
 
 		 752 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1495  glycogen operon protein  47.46 
 
 		 750 aa  589  1e-167  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1358  glycogen debranching enzyme GlgX  47.41 
 
 		 733 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.173381 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1401  glycogen debranching protein GlgX  45.9 
 
 		 701 aa  589  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1606  glycogen debranching protein GlgX  48.18 
 
 		 729 aa  590  1e-167  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  46.73 
 
 		 733 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  44.9 
 
 		 701 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1463  glycogen debranching protein GlgX  46.08 
 
 		 692 aa  592  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1322  glycogen debranching enzyme GlgX  47.26 
 
 		 733 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.831141  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1332  glycogen debranching enzyme GlgX  47.56 
 
 		 733 aa  591  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6824  glycogen debranching enzyme GlgX  46.5 
 
 		 739 aa  587  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4166  glycogen debranching enzyme GlgX  46.96 
 
 		 693 aa  588  1e-166  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.830683  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0328  glycogen debranching enzyme GlgX  45.37 
 
 		 710 aa  585  1e-166  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  45.87 
 
 		 735 aa  586  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2786  glycogen debranching enzyme GlgX  44.12 
 
 		 714 aa  586  1e-166  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2983  glycogen debranching enzyme GlgX  48.07 
 
 		 718 aa  587  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602894  normal  0.0199459 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1775  glycogen debranching enzyme GlgX  46.61 
 
 		 701 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.318288  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0148  glycogen debranching enzyme  49.92 
 
 		 662 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5488  glycogen debranching enzyme GlgX  46.98 
 
 		 708 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168137  decreased coverage  0.0000616357 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4119  glycogen debranching enzyme  49.92 
 
 		 662 aa  585  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.548863 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3097  glycogen debranching enzyme GlgX  44.86 
 
 		 720 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.139353  normal  0.0684303 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3073  glycogen debranching enzyme GlgX  46.64 
 
 		 713 aa  584  1.0000000000000001e-165  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3681  glycogen debranching protein GlgX  45.93 
 
 		 692 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3080  glycogen debranching protein GlgX  44.86 
 
 		 722 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7550  glycogen debranching enzyme GlgX  47.71 
 
 		 702 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317676  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3793  glycogen debranching enzyme GlgX  45.36 
 
 		 717 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97477 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0269  glycogen debranching enzyme GlgX  48.4 
 
 		 733 aa  584  1.0000000000000001e-165  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.537346  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4005  glycogen debranching enzyme  49.92 
 
 		 662 aa  583  1.0000000000000001e-165  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3140  glycogen debranching enzyme GlgX  44.86 
 
 		 720 aa  583  1.0000000000000001e-165  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.257674 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  47.04 
 
 		 754 aa  581  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  48.15 
 
 		 688 aa  581  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  44.74 
 
 		 708 aa  580  1e-164  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1136  glycogen debranching enzyme GlgX  49.42 
 
 		 704 aa  579  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1881  glycogen debranching protein GlgX  46.58 
 
 		 691 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3116  glycogen debranching protein GlgX  46.99 
 
 		 698 aa  580  1e-164  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.479948 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4135  glycogen debranching enzyme  49.42 
 
 		 658 aa  580  1e-164  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2864  putative glycogen operon protein GlgX  47.2 
 
 		 739 aa  581  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  48.01 
 
 		 688 aa  581  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4425  glycogen debranching enzyme GlgX  48.74 
 
 		 697 aa  580  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3936  glycogen debranching enzyme  48.69 
 
 		 658 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6324  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  44.99 
 
 		 691 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.24347  normal  0.874434 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3213  glycogen debranching protein GlgX  45.77 
 
 		 728 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  48.13 
 
 		 688 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3631  glycogen debranching enzyme GlgX  43.54 
 
 		 715 aa  576  1.0000000000000001e-163  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>