More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3936 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03283  glycogen debranching enzyme  63.51 
 
 		 657 aa  868    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000400543  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0283  glycogen debranching enzyme GlgX  63.51 
 
 		 657 aa  869    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106954  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3910  glycogen debranching enzyme  63.51 
 
 		 657 aa  868    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3804  glycogen debranching enzyme  61.22 
 
 		 658 aa  843    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0281  glycogen debranching enzyme  63.36 
 
 		 657 aa  867    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00281975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3727  glycogen debranching enzyme  61.07 
 
 		 658 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4743  glycogen debranching enzyme  63.36 
 
 		 657 aa  868    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3907  glycogen debranching enzyme  61.22 
 
 		 658 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.385353  normal  0.48763 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03236  hypothetical protein  63.51 
 
 		 657 aa  868    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00116729  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3839  glycogen debranching enzyme  63.82 
 
 		 657 aa  858    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.90909 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3846  glycogen debranching enzyme  61.22 
 
 		 658 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.825937 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3631  glycogen debranching enzyme  63.36 
 
 		 657 aa  867    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4135  glycogen debranching enzyme  95.14 
 
 		 658 aa  1289    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0148  glycogen debranching enzyme  65.2 
 
 		 662 aa  857    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0224  glycogen debranching enzyme  70.02 
 
 		 656 aa  958    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3936  glycogen debranching enzyme  100 
 
 		 658 aa  1354    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3893  glycogen debranching enzyme  63.51 
 
 		 657 aa  868    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3713  glycogen debranching enzyme  63.82 
 
 		 657 aa  874    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.723997  normal  0.535779 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4119  glycogen debranching enzyme  65.36 
 
 		 662 aa  858    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.548863 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4005  glycogen debranching enzyme  65.05 
 
 		 662 aa  855    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3738  glycogen debranching enzyme  61.07 
 
 		 658 aa  842    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0278  glycogen debranching enzyme  67.28 
 
 		 655 aa  926    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4646  glycogen debranching enzyme  66.97 
 
 		 661 aa  890    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.298898 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0888  glycogen operon protein  50.55 
 
 		 660 aa  609  1e-173  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0906  glycogen debranching enzyme GlgX  47.55 
 
 		 721 aa  588  1e-167  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00297293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01859  glycogen debranching enzyme GlgX  47.91 
 
 		 710 aa  588  1e-167  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1401  glycogen debranching protein GlgX  48.01 
 
 		 701 aa  591  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  47.58 
 
 		 706 aa  585  1e-166  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  49.39 
 
 		 757 aa  585  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0681  glycogen debranching enzyme GlgX  47.23 
 
 		 700 aa  581  1e-164  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2618  glycogen debranching enzyme GlgX  48.45 
 
 		 752 aa  577  1.0000000000000001e-163  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0936116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1775  glycogen debranching enzyme GlgX  48.7 
 
 		 701 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.318288  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13830  glycogen debranching enzyme GlgX  46.93 
 
 		 720 aa  572  1.0000000000000001e-162  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844349  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1958  glycogen debranching enzyme GlgX  46.87 
 
 		 704 aa  575  1.0000000000000001e-162  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.182778  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0269  glycogen debranching enzyme GlgX  49.05 
 
 		 733 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.537346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  48.08 
 
 		 755 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1103  glycogen debranching enzyme GlgX  48.36 
 
 		 695 aa  575  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.512458 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1074  glycogen debranching enzyme GlgX  45.91 
 
 		 711 aa  570  1e-161  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.652944 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1189  glycogen debranching protein GlgX  50.41 
 
 		 688 aa  569  1e-161  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.50354  normal  0.29921 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1045  glycogen debranching enzyme GlgX  45.77 
 
 		 711 aa  570  1e-161  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  48.87 
 
 		 733 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0902  glycogen debranching enzyme GlgX  48.3 
 
 		 694 aa  570  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.934485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  47.3 
 
 		 751 aa  568  1e-161  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  48.32 
 
 		 779 aa  571  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1372  glycogen debranching enzyme GlgX  45.62 
 
 		 712 aa  568  1e-161  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.296905 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3073  glycogen debranching enzyme GlgX  47.48 
 
 		 713 aa  571  1e-161  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1891  glycogen debranching enzyme GlgX  46.8 
 
 		 707 aa  567  1e-160  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2226  glycosidase  47.99 
 
 		 694 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16660  glycogen debranching enzyme GlgX  46.34 
 
 		 720 aa  568  1e-160  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.038626 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  46.19 
 
 		 718 aa  566  1e-160  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  47.26 
 
 		 758 aa  566  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2820  glycogen debranching enzyme GlgX  45.73 
 
 		 720 aa  566  1e-160  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.888887 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2267  glycogen debranching enzyme GlgX  48.38 
 
 		 691 aa  565  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.138313  normal  0.255699 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  46.95 
 
 		 755 aa  568  1e-160  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1136  glycogen debranching enzyme GlgX  51.97 
 
 		 704 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1151  glycogen debranching enzyme GlgX  47.49 
 
 		 756 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.911208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5164  glycogen debranching enzyme GlgX  46.45 
 
 		 1537 aa  563  1.0000000000000001e-159  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0685376 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2576  glycogen debranching enzyme GlgX  45.11 
 
 		 710 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.677524  normal  0.165671 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  47 
 
 		 688 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  46.96 
 
 		 758 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  48.26 
 
 		 716 aa  562  1.0000000000000001e-159  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1743  glycogen debranching enzyme GlgX  46.71 
 
 		 730 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0589275  normal  0.0171762 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  47.89 
 
 		 688 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3430  glycogen debranching enzyme GlgX  45.69 
 
 		 707 aa  562  1.0000000000000001e-159  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0414  glycogen debranching enzyme GlgX  48.55 
 
 		 693 aa  562  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  49.04 
 
 		 754 aa  559  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0328  glycogen debranching enzyme GlgX  46.42 
 
 		 710 aa  560  1e-158  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  47.89 
 
 		 688 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6707  glycogen debranching protein GlgX  48.31 
 
 		 706 aa  559  1e-158  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.171756  normal  0.694443 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  47.95 
 
 		 714 aa  560  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1881  glycogen debranching protein GlgX  48.85 
 
 		 691 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3681  glycogen debranching protein GlgX  47.55 
 
 		 692 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4166  glycogen debranching enzyme GlgX  47.07 
 
 		 693 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.830683  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3485  glycogen debranching protein GlgX  46.99 
 
 		 692 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1672  glycogen debranching enzyme GlgX  47.33 
 
 		 691 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.574762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  43.88 
 
 		 708 aa  561  1e-158  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  47.95 
 
 		 716 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  48.1 
 
 		 716 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1735  glycogen debranching enzyme GlgX  47.18 
 
 		 691 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1607  glycogen debranching enzyme GlgX  47.18 
 
 		 691 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  45.81 
 
 		 721 aa  556  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  48.14 
 
 		 719 aa  556  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  46.54 
 
 		 719 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  45.31 
 
 		 720 aa  558  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1973  glycogen debranching enzyme GlgX  46.07 
 
 		 721 aa  556  1e-157  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0990735  hitchhiker  0.000349089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24860  glycogen debranching enzyme  47.65 
 
 		 720 aa  557  1e-157  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.624836  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1785  glycogen debranching enzyme GlgX  47.18 
 
 		 691 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0567  glycogen debranching enzyme GlgX  49.92 
 
 		 722 aa  558  1e-157  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4425  glycogen debranching enzyme GlgX  50.41 
 
 		 697 aa  558  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0543  glycogen debranching enzyme GlgX  47.84 
 
 		 704 aa  557  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0247855  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5729  glycogen debranching enzyme GlgX  44.09 
 
 		 723 aa  556  1e-157  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1530  glycogen debranching enzyme GlgX  51.91 
 
 		 704 aa  553  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376415  normal  0.0851861 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3083  glycogen debranching enzyme GlgX  44.69 
 
 		 730 aa  552  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3037  glycogen debranching enzyme GlgX  44.54 
 
 		 730 aa  554  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1206  glycogen debranching enzyme GlgX  46.22 
 
 		 692 aa  555  1e-156  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  46.37 
 
 		 733 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0735  pullulanase  44.41 
 
 		 706 aa  554  1e-156  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0939598  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1601  glycogen debranching protein GlgX  46.85 
 
 		 701 aa  552  1e-156  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0619  glycogen debranching enzyme GlgX  44.13 
 
 		 709 aa  553  1e-156  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6324  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  48.19 
 
 		 691 aa  552  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.24347  normal  0.874434 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>