More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0619 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009675  Anae109_1106  glycogen debranching enzyme GlgX  52.96 
 
 		 711 aa  739    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.546818  normal  0.380802 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3315  glycogen debranching enzyme GlgX  51.84 
 
 		 711 aa  749    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2806  glycogen debranching enzyme GlgX  49.93 
 
 		 718 aa  701    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.200191  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0735  pullulanase  83.74 
 
 		 706 aa  1251    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0939598  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  49.65 
 
 		 717 aa  713    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  49.86 
 
 		 716 aa  706    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6129  glycogen debranching enzyme GlgX  51.87 
 
 		 717 aa  707    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.872744 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2618  glycogen debranching enzyme GlgX  59.94 
 
 		 752 aa  894    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0936116 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1151  glycogen debranching enzyme GlgX  49.44 
 
 		 756 aa  724    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.911208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13830  glycogen debranching enzyme GlgX  61.48 
 
 		 720 aa  887    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844349  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  50.07 
 
 		 727 aa  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  52.68 
 
 		 720 aa  760    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2983  glycogen debranching enzyme GlgX  50.15 
 
 		 718 aa  660    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602894  normal  0.0199459 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1973  glycogen debranching enzyme GlgX  64.4 
 
 		 721 aa  917    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0990735  hitchhiker  0.000349089 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2010  glycogen debranching enzyme GlgX  53.17 
 
 		 788 aa  722    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.680457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  50.52 
 
 		 727 aa  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1891  glycogen debranching enzyme GlgX  58.47 
 
 		 707 aa  854    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6824  glycogen debranching enzyme GlgX  46.01 
 
 		 739 aa  642    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5114  glycogen debranching enzyme GlgX  59.46 
 
 		 708 aa  851    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.84007  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1672  glycogen debranching enzyme GlgX  47.08 
 
 		 691 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.574762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0906  glycogen debranching enzyme GlgX  57.33 
 
 		 721 aa  829    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00297293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  51.06 
 
 		 757 aa  716    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  56.19 
 
 		 706 aa  817    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  49.72 
 
 		 719 aa  702    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1785  glycogen debranching enzyme GlgX  47.23 
 
 		 691 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  48.51 
 
 		 688 aa  667    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03371  glycogen debranching enzyme GlgX  50.35 
 
 		 720 aa  679    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13804  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  50.21 
 
 		 755 aa  718    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  58.9 
 
 		 718 aa  868    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3037  glycogen debranching enzyme GlgX  48.85 
 
 		 730 aa  705    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  47.12 
 
 		 733 aa  639    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  49.65 
 
 		 717 aa  712    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3097  glycogen debranching enzyme GlgX  59.12 
 
 		 720 aa  857    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.139353  normal  0.0684303 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2820  glycogen debranching enzyme GlgX  56.62 
 
 		 720 aa  822    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.888887 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1401  glycogen debranching protein GlgX  55.51 
 
 		 701 aa  803    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  52.03 
 
 		 714 aa  722    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1606  glycogen debranching protein GlgX  50.22 
 
 		 729 aa  685    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16760  glycogen debranching enzyme GlgX  56.28 
 
 		 709 aa  789    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3733  glycogen debranching enzyme GlgX  49.64 
 
 		 733 aa  688    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.635331  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1056  glycogen debranching enzyme GlgX  50.78 
 
 		 712 aa  729    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1350  glycogen debranching protein GlgX  59.01 
 
 		 776 aa  858    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  50.64 
 
 		 758 aa  720    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  56.01 
 
 		 708 aa  829    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  50 
 
 		 733 aa  700    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1850  glycogen debranching enzyme GlgX  52.34 
 
 		 779 aa  721    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5335  glycogen debranching enzyme GlgX  52.11 
 
 		 723 aa  724    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  50.5 
 
 		 758 aa  719    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  51.26 
 
 		 719 aa  687    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  46.98 
 
 		 716 aa  649    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  51.5 
 
 		 719 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  49.71 
 
 		 701 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5289  glycogen debranching enzyme GlgX  50.71 
 
 		 738 aa  711    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1045  glycogen debranching enzyme GlgX  53.87 
 
 		 711 aa  770    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  50.78 
 
 		 738 aa  719    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2576  glycogen debranching enzyme GlgX  55.68 
 
 		 710 aa  805    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.677524  normal  0.165671 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3213  glycogen debranching protein GlgX  50.07 
 
 		 728 aa  699    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3083  glycogen debranching enzyme GlgX  48.58 
 
 		 730 aa  707    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1074  glycogen debranching enzyme GlgX  54.01 
 
 		 711 aa  771    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.652944 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3073  glycogen debranching enzyme GlgX  62.29 
 
 		 713 aa  937    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0541  glycogen debranching protein GlgX  54.99 
 
 		 727 aa  758    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1735  glycogen debranching enzyme GlgX  46.94 
 
 		 691 aa  645    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3080  glycogen debranching protein GlgX  59.12 
 
 		 722 aa  858    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5115  glycogen debranching protein GlgX  59.12 
 
 		 714 aa  852    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  56.27 
 
 		 715 aa  796    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5164  glycogen debranching enzyme GlgX  59.86 
 
 		 1537 aa  876    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0685376 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  50.59 
 
 		 691 aa  667    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  48.51 
 
 		 688 aa  671    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  50.78 
 
 		 755 aa  715    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3631  glycogen debranching enzyme GlgX  57.89 
 
 		 715 aa  845    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1115  glycogen debranching enzyme GlgX  50.64 
 
 		 712 aa  730    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5495  glycogen debranching enzyme GlgX  59.12 
 
 		 714 aa  852    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11596  maltooligosyltrehalose synthase treX  58 
 
 		 721 aa  845    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0647  glycogen debranching enzyme GlgX  53.84 
 
 		 722 aa  770    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.539207  normal  0.291924 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3430  glycogen debranching enzyme GlgX  59.05 
 
 		 707 aa  822    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24860  glycogen debranching enzyme  51.49 
 
 		 720 aa  727    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.624836  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1982  glycogen debranching enzyme GlgX  52.72 
 
 		 721 aa  737    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0850587  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0567  glycogen debranching enzyme GlgX  55.74 
 
 		 722 aa  795    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1819  glycogen debranching enzyme GlgX  49.79 
 
 		 717 aa  714    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11344  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01859  glycogen debranching enzyme GlgX  49.35 
 
 		 710 aa  704    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  49.72 
 
 		 716 aa  707    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  49.08 
 
 		 704 aa  698    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  60.65 
 
 		 751 aa  905    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1184  glycogen debranching enzyme GlgX  50.64 
 
 		 712 aa  728    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3793  glycogen debranching enzyme GlgX  48.59 
 
 		 717 aa  684    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  50.28 
 
 		 745 aa  701    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1514  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  51.17 
 
 		 1464 aa  708    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117562  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0537  glycogen debranching enzyme GlgX  47.29 
 
 		 695 aa  665    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0681  glycogen debranching enzyme GlgX  53.12 
 
 		 700 aa  743    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1372  glycogen debranching enzyme GlgX  59.97 
 
 		 712 aa  898    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.296905 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  47.96 
 
 		 688 aa  662    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2795  glycogen debranching enzyme GlgX  60.76 
 
 		 779 aa  881    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0466072  decreased coverage  0.00000490674 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0269  glycogen debranching enzyme GlgX  58.89 
 
 		 733 aa  867    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.537346  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1812  glycogen debranching enzyme GlgX  49.12 
 
 		 718 aa  665    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3835  glycogen debranching enzyme GlgX  52.24 
 
 		 673 aa  665    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.124257  normal  0.0333658 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3140  glycogen debranching enzyme GlgX  59.12 
 
 		 720 aa  857    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.257674 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5204  glycogen debranching enzyme GlgX  59.12 
 
 		 714 aa  852    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.779499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0396  glycogen debranching enzyme GlgX  58.47 
 
 		 726 aa  806    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.153348  normal  0.926984 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1607  glycogen debranching enzyme GlgX  47.08 
 
 		 691 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  49.51 
 
 		 717 aa  710    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2786  glycogen debranching enzyme GlgX  58.18 
 
 		 714 aa  854    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>