More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4425 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009675  Anae109_3315  glycogen debranching enzyme GlgX  50.66 
 
 		 711 aa  642    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0543  glycogen debranching enzyme GlgX  56.26 
 
 		 704 aa  699    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0247855  normal  0.604467 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2806  glycogen debranching enzyme GlgX  46.58 
 
 		 718 aa  656    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.200191  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1332  glycogen debranching enzyme GlgX  51.07 
 
 		 733 aa  691    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  53.06 
 
 		 717 aa  727    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3073  glycogen debranching enzyme GlgX  51.1 
 
 		 713 aa  657    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  54.79 
 
 		 716 aa  736    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  54.29 
 
 		 754 aa  719    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1088  glycogen debranching enzyme GlgX  51.12 
 
 		 718 aa  712    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.231339 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1495  glycogen operon protein  52.85 
 
 		 750 aa  696    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  52.97 
 
 		 727 aa  741    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  52.32 
 
 		 733 aa  679    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1565  glycogen debranching enzyme GlgX  53.3 
 
 		 702 aa  686    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.122779  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1337  glycogen debranching enzyme GlgX  53.3 
 
 		 702 aa  686    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0819  glycogen operon protein GlgX, putative  53.3 
 
 		 702 aa  686    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0962499  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  54.07 
 
 		 727 aa  754    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1891  glycogen debranching enzyme GlgX  51.13 
 
 		 707 aa  659    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0618  glycogen debranching enzyme GlgX  53.3 
 
 		 702 aa  686    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385691  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4230  glycogen debranching protein GlgX  55.73 
 
 		 743 aa  701    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535158  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1358  glycogen debranching enzyme GlgX  50.92 
 
 		 733 aa  692    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.173381 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1206  glycogen debranching enzyme GlgX  53.04 
 
 		 692 aa  709    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1736  glycogen debranching enzyme GlgX  53.3 
 
 		 702 aa  686    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  54.6 
 
 		 706 aa  717    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  54.34 
 
 		 719 aa  750    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2226  glycosidase  57.94 
 
 		 694 aa  750    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  58.86 
 
 		 688 aa  759    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2884  glycogen debranching enzyme  64.88 
 
 		 704 aa  863    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.499516  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7031  glycogen debranching protein GlgX  54.03 
 
 		 708 aa  700    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3631  glycogen debranching enzyme GlgX  50.36 
 
 		 715 aa  665    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4409  glycogen debranching enzyme GlgX  60.44 
 
 		 695 aa  826    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.374964 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3097  glycogen debranching enzyme GlgX  49.01 
 
 		 720 aa  657    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.139353  normal  0.0684303 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1530  glycogen debranching enzyme GlgX  65.17 
 
 		 704 aa  865    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376415  normal  0.0851861 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1542  glycogen debranching enzyme GlgX  53.3 
 
 		 702 aa  686    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1322  glycogen debranching enzyme GlgX  50.92 
 
 		 733 aa  692    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.831141  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1401  glycogen debranching protein GlgX  49.86 
 
 		 701 aa  660    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  55.56 
 
 		 714 aa  719    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1606  glycogen debranching protein GlgX  52.96 
 
 		 729 aa  720    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1486  glycogen debranching enzyme GlgX  53.54 
 
 		 705 aa  644    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000700154 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  54.42 
 
 		 758 aa  732    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1056  glycogen debranching enzyme GlgX  52.7 
 
 		 712 aa  680    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1350  glycogen debranching protein GlgX  49.44 
 
 		 776 aa  644    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1151  glycogen debranching enzyme GlgX  54.13 
 
 		 756 aa  729    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.911208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1881  glycogen debranching protein GlgX  53.74 
 
 		 691 aa  712    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  53.07 
 
 		 733 aa  711    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  57.51 
 
 		 688 aa  747    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3116  glycogen debranching protein GlgX  62.91 
 
 		 698 aa  902    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.479948 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2820  glycogen debranching enzyme GlgX  50.72 
 
 		 720 aa  655    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.888887 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  53.62 
 
 		 719 aa  704    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  52.81 
 
 		 716 aa  684    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  54.46 
 
 		 719 aa  730    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  52.69 
 
 		 701 aa  713    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3681  glycogen debranching protein GlgX  53.8 
 
 		 692 aa  704    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1189  glycogen debranching protein GlgX  49.93 
 
 		 688 aa  672    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.50354  normal  0.29921 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  53.28 
 
 		 738 aa  748    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2864  putative glycogen operon protein GlgX  53.38 
 
 		 739 aa  701    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3213  glycogen debranching protein GlgX  53.21 
 
 		 728 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3485  glycogen debranching protein GlgX  54.14 
 
 		 692 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1463  glycogen debranching protein GlgX  52.65 
 
 		 692 aa  697    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  54.84 
 
 		 745 aa  743    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0541  glycogen debranching protein GlgX  49.64 
 
 		 727 aa  661    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1333  glycogen debranching protein GlgX  53.19 
 
 		 705 aa  687    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0242466  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3080  glycogen debranching protein GlgX  49.01 
 
 		 722 aa  657    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.836331  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5115  glycogen debranching protein GlgX  51.21 
 
 		 714 aa  699    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  54.69 
 
 		 715 aa  720    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  53.2 
 
 		 717 aa  728    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  58.14 
 
 		 691 aa  766    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  59.01 
 
 		 688 aa  763    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0537  glycogen debranching enzyme GlgX  53.3 
 
 		 702 aa  686    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0902  glycogen debranching enzyme GlgX  57.79 
 
 		 694 aa  753    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.934485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11596  maltooligosyltrehalose synthase treX  49.57 
 
 		 721 aa  655    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6324  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  53.08 
 
 		 691 aa  704    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.24347  normal  0.874434 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3430  glycogen debranching enzyme GlgX  49.41 
 
 		 707 aa  654    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2937  glycogen debranching enzyme GlgX  52.45 
 
 		 703 aa  674    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2757  glycogen debranching enzyme GlgX  52.18 
 
 		 752 aa  695    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2835  glycogen debranching enzyme GlgX  52.18 
 
 		 752 aa  696    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2164  glycogen debranching enzyme GlgX  49.86 
 
 		 708 aa  701    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5593  glycogen debranching enzyme GlgX  53.48 
 
 		 704 aa  671    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  54.65 
 
 		 716 aa  733    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  53.06 
 
 		 717 aa  728    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  51.07 
 
 		 751 aa  684    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6496  glycogen debranching enzyme GlgX  53.19 
 
 		 705 aa  687    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0828061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5495  glycogen debranching enzyme GlgX  51.35 
 
 		 714 aa  701    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.209821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  52.94 
 
 		 735 aa  695    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1514  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  51.9 
 
 		 1464 aa  705    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117562  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2933  glycogen debranching enzyme GlgX  52.04 
 
 		 752 aa  694    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0681  glycogen debranching enzyme GlgX  52.06 
 
 		 700 aa  650    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1372  glycogen debranching enzyme GlgX  51.75 
 
 		 712 aa  664    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.296905 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1136  glycogen debranching enzyme GlgX  66.04 
 
 		 704 aa  890    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4425  glycogen debranching enzyme GlgX  100 
 
 		 697 aa  1419    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0269  glycogen debranching enzyme GlgX  53.21 
 
 		 733 aa  687    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.537346  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5488  glycogen debranching enzyme GlgX  54.52 
 
 		 708 aa  698    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168137  decreased coverage  0.0000616357 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5164  glycogen debranching enzyme GlgX  51.22 
 
 		 1537 aa  661    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0685376 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3140  glycogen debranching enzyme GlgX  49.01 
 
 		 720 aa  657    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.257674 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5204  glycogen debranching enzyme GlgX  51.21 
 
 		 714 aa  699    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.779499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2267  glycogen debranching enzyme GlgX  57.7 
 
 		 691 aa  752    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.138313  normal  0.255699 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1106  glycogen debranching enzyme GlgX  51.62 
 
 		 711 aa  653    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.546818  normal  0.380802 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  54.08 
 
 		 704 aa  734    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2786  glycogen debranching enzyme GlgX  49.36 
 
 		 714 aa  655    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5729  glycogen debranching enzyme GlgX  51.61 
 
 		 723 aa  719    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2983  glycogen debranching enzyme GlgX  50.15 
 
 		 718 aa  644    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602894  normal  0.0199459 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>