More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2164 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0543  glycogen debranching enzyme GlgX  51.37 
 
 		 704 aa  663    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0247855  normal  0.604467 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1151  glycogen debranching enzyme GlgX  51.71 
 
 		 756 aa  715    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.911208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1530  glycogen debranching enzyme GlgX  48.77 
 
 		 704 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376415  normal  0.0851861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4055  glycogen debranching protein GlgX  49.5 
 
 		 717 aa  684    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.119341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2937  glycogen debranching enzyme GlgX  48.37 
 
 		 703 aa  681    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5488  glycogen debranching enzyme GlgX  48.88 
 
 		 708 aa  677    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168137  decreased coverage  0.0000616357 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0238  glycogen operon protein GlgX  53.62 
 
 		 754 aa  705    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.137822  normal  0.662509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1782  glycogen debranching enzyme GlgX  49.77 
 
 		 688 aa  647    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1495  glycogen operon protein  61.03 
 
 		 750 aa  904    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3130  glycogen operon protein GlgX  49.72 
 
 		 727 aa  711    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.167727  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5335  glycogen debranching enzyme GlgX  50.5 
 
 		 723 aa  736    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1565  glycogen debranching enzyme GlgX  49.1 
 
 		 702 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.122779  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0618  glycogen debranching enzyme GlgX  49.1 
 
 		 702 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385691  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1337  glycogen debranching enzyme GlgX  49.1 
 
 		 702 aa  657    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0819  glycogen operon protein GlgX, putative  49.1 
 
 		 702 aa  657    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0962499  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2997  glycoside hydrolase, family alpha amylase catalytic subunit  49.36 
 
 		 727 aa  702    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1670  glycogen debranching enzyme GlgX  49.43 
 
 		 686 aa  659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00650022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1672  glycogen debranching enzyme GlgX  49.71 
 
 		 691 aa  673    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.574762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4230  glycogen debranching protein GlgX  46.49 
 
 		 743 aa  642    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535158  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3733  glycogen debranching enzyme GlgX  47.43 
 
 		 733 aa  661    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.635331  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1206  glycogen debranching enzyme GlgX  48.52 
 
 		 692 aa  672    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1736  glycogen debranching enzyme GlgX  49.1 
 
 		 702 aa  657    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1740  glycogen debranching protein GlgX  49.43 
 
 		 706 aa  672    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.152679  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2544  glycogen debranching protein GlgX  49.36 
 
 		 719 aa  696    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2226  glycosidase  51.29 
 
 		 694 aa  636    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2449  putative glycosyl hydrolase  50.15 
 
 		 688 aa  661    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2884  glycogen debranching enzyme  48.63 
 
 		 704 aa  651    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.499516  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7031  glycogen debranching protein GlgX  49.25 
 
 		 708 aa  680    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3936  glycogen debranching enzyme GlgX  49.64 
 
 		 766 aa  712    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659462  normal  0.365741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1788  glycogen debranching enzyme GlgX  50.07 
 
 		 717 aa  687    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1169  glycogen debranching enzyme GlgX  60.55 
 
 		 733 aa  874    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.161033 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1542  glycogen debranching enzyme GlgX  49.1 
 
 		 702 aa  657    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3555  glycogen debranching enzyme GlgX  52.73 
 
 		 755 aa  721    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0361037 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3335  glycogen debranching enzyme GlgX  50 
 
 		 755 aa  712    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.242143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1735  glycogen debranching enzyme GlgX  49.43 
 
 		 691 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0505  glycogen debranching protein GlgX  49.07 
 
 		 714 aa  676    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.299874  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1606  glycogen debranching protein GlgX  49.79 
 
 		 729 aa  685    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3138  glycogen debranching enzyme GlgX  51 
 
 		 758 aa  716    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.157891 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1322  glycogen debranching enzyme GlgX  63.59 
 
 		 733 aa  921    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.831141  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1056  glycogen debranching enzyme GlgX  46.5 
 
 		 712 aa  648    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6824  glycogen debranching enzyme GlgX  50.85 
 
 		 739 aa  717    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1358  glycogen debranching enzyme GlgX  63.31 
 
 		 733 aa  919    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.173381 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1881  glycogen debranching protein GlgX  49.57 
 
 		 691 aa  675    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2254  glycogen debranching protein GlgX  47.79 
 
 		 733 aa  671    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1136  glycogen debranching enzyme GlgX  49.35 
 
 		 704 aa  673    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3116  glycogen debranching protein GlgX  49.93 
 
 		 698 aa  672    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.479948 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1819  glycogen debranching enzyme GlgX  49.79 
 
 		 717 aa  686    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11344  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2158  glycogen debranching protein GlgX  49.58 
 
 		 719 aa  664    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0345133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0988  glycogen operon protein  54.6 
 
 		 716 aa  772    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.25479 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1227  glycogen debranching protein GlgX  49.57 
 
 		 719 aa  700    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3626  glycogen debranching protein GlgX  49.71 
 
 		 701 aa  693    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0135941 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3681  glycogen debranching protein GlgX  49.71 
 
 		 692 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1189  glycogen debranching protein GlgX  47.19 
 
 		 688 aa  652    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.50354  normal  0.29921 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1322  glycogen operon protein GlgX  51.42 
 
 		 738 aa  740    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0099235  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2864  putative glycogen operon protein GlgX  52.06 
 
 		 739 aa  714    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3213  glycogen debranching protein GlgX  48.43 
 
 		 728 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3485  glycogen debranching protein GlgX  49.57 
 
 		 692 aa  673    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1463  glycogen debranching protein GlgX  48.08 
 
 		 692 aa  656    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6324  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  48.89 
 
 		 691 aa  657    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.24347  normal  0.874434 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0541  glycogen debranching protein GlgX  47.78 
 
 		 727 aa  646    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1333  glycogen debranching protein GlgX  47.71 
 
 		 705 aa  665    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0242466  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6323  glycogen debranching enzyme GlgX  47.71 
 
 		 704 aa  644    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.431119  normal  0.149748 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4166  glycogen debranching enzyme GlgX  48.67 
 
 		 693 aa  655    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.830683  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0317  glycogen debranching protein GlgX  51.12 
 
 		 715 aa  691    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3654  glycogen debranching enzyme GlgX  50.21 
 
 		 717 aa  688    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0348768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2676  glycogen debranching enzyme GlgX  48.51 
 
 		 691 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0537  glycogen debranching enzyme GlgX  49.1 
 
 		 702 aa  657    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1112  glycogen debranching enzyme GlgX  50 
 
 		 688 aa  659    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.758297  normal  0.439261 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0902  glycogen debranching enzyme GlgX  51.29 
 
 		 694 aa  636    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.934485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3793  glycogen debranching enzyme GlgX  47.63 
 
 		 717 aa  660    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97477 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3146  glycogen debranching enzyme GlgX  50.78 
 
 		 716 aa  722    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.371141  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1463  glycogen debranching enzyme GlgX  49.63 
 
 		 708 aa  673    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.66197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5568  glycosyl hydrolase (glycogen debranching enzyme)  52.74 
 
 		 745 aa  713    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2757  glycogen debranching enzyme GlgX  62.3 
 
 		 752 aa  926    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2835  glycogen debranching enzyme GlgX  62.43 
 
 		 752 aa  927    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2164  glycogen debranching enzyme GlgX  100 
 
 		 708 aa  1483    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3459  glycogen debranching enzyme GlgX  51 
 
 		 758 aa  714    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  unclonable  0.0095234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36630  putative glycosyl hydrolase  51.21 
 
 		 716 aa  727    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0278347  normal  0.953744 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1249  glycogen debranching enzyme GlgX  63.56 
 
 		 735 aa  920    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2909  glycogen debranching enzyme GlgX  46.65 
 
 		 751 aa  643    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.506693  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6496  glycogen debranching enzyme GlgX  47.71 
 
 		 705 aa  665    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0828061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1332  glycogen debranching enzyme GlgX  63.31 
 
 		 733 aa  913    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2282  glycogen debranching enzyme GlgX  49.43 
 
 		 704 aa  697    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0218366  hitchhiker  0.000957469 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1514  putative bifunctional 4-alpha-glucanotransferase/glycogen debranching enzyme  50.93 
 
 		 1464 aa  699    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.117562  normal  0.556808 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2933  glycogen debranching enzyme GlgX  62.43 
 
 		 752 aa  926    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5289  glycogen debranching enzyme GlgX  51.5 
 
 		 738 aa  733    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1115  glycogen debranching enzyme GlgX  46.36 
 
 		 712 aa  646    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4873  glycogen debranching enzyme GlgX  51.71 
 
 		 757 aa  727    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.325281  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4425  glycogen debranching enzyme GlgX  49.86 
 
 		 697 aa  689    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01859  glycogen debranching enzyme GlgX  50.44 
 
 		 710 aa  687    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5164  glycogen debranching enzyme GlgX  47.5 
 
 		 1537 aa  639    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0685376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3027  glycogen debranching enzyme GlgX  63.45 
 
 		 733 aa  919    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03371  glycogen debranching enzyme GlgX  50.81 
 
 		 720 aa  692    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.13804  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1607  glycogen debranching enzyme GlgX  49.71 
 
 		 691 aa  673    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3315  glycogen debranching enzyme GlgX  45.75 
 
 		 711 aa  642    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3752  glycogen debranching enzyme GlgX  48.25 
 
 		 720 aa  688    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.742598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2265  glycogen debranching enzyme GlgX  47.89 
 
 		 708 aa  656    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00202669 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6085  glycogen debranching enzyme GlgX  48.01 
 
 		 705 aa  669    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0291933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1785  glycogen debranching enzyme GlgX  49.71 
 
 		 691 aa  675    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4390  glycogen debranching enzyme GlgX  50.07 
 
 		 737 aa  670    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.497261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>