More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4209 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4209  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
795 aa  1551    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  68.09 
 
 
673 aa  406  1.0000000000000001e-112  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4655  putative PAS/PAC sensor protein  62.67 
 
 
535 aa  336  1e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.11 
 
 
631 aa  144  7e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  33.65 
 
 
591 aa  134  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 
567 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  39.25 
 
 
579 aa  131  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  36.43 
 
 
577 aa  129  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  33.01 
 
 
572 aa  124  9e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.41 
 
 
566 aa  122  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  36.84 
 
 
573 aa  120  9e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.19 
 
 
573 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.37 
 
 
568 aa  115  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  34.33 
 
 
401 aa  115  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
571 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
595 aa  106  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  34.73 
 
 
536 aa  102  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0139  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.62 
 
 
1066 aa  102  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.96 
 
 
1043 aa  101  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 
525 aa  101  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  60.44 
 
 
535 aa  100  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
592 aa  99  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
1178 aa  98.2  5e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
568 aa  96.3  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
568 aa  96.3  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
568 aa  95.5  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.51 
 
 
580 aa  95.9  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  31.41 
 
 
391 aa  94.7  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.29 
 
 
1251 aa  94  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  49.54 
 
 
565 aa  93.6  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  43.75 
 
 
392 aa  94  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 
559 aa  92  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
590 aa  91.7  5e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.09 
 
 
944 aa  91.3  6e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
381 aa  90.1  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  33.13 
 
 
588 aa  89.7  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
566 aa  89  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
566 aa  89  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
566 aa  89  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
1406 aa  89  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 
568 aa  85.9  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  44.14 
 
 
535 aa  85.5  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.93 
 
 
543 aa  85.1  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
578 aa  85.1  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 
409 aa  84.3  0.000000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
544 aa  82.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1297  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  33.15 
 
 
926 aa  83.2  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  39.5 
 
 
385 aa  81.6  0.00000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  31.56 
 
 
573 aa  80.1  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
566 aa  79.7  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
372 aa  76.6  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0368  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
695 aa  75.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0590374 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
547 aa  75.1  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0504248  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.54 
 
 
571 aa  74.3  0.000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  27.56 
 
 
543 aa  73.6  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.55 
 
 
575 aa  73.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
831 aa  73.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2594  hypothetical protein  25.89 
 
 
657 aa  72.4  0.00000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722689  normal  0.479427 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  29.47 
 
 
635 aa  72.8  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4447  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.12 
 
 
1878 aa  72.4  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.516196  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
642 aa  72.4  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.83 
 
 
1051 aa  71.6  0.00000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.76 
 
 
680 aa  70.5  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  45.63 
 
 
549 aa  70.9  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
556 aa  70.1  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 
639 aa  69.7  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3394  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.32 
 
 
728 aa  67.4  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.99137  normal  0.249099 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2236  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 
839 aa  67.4  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710267  hitchhiker  0.00000913845 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.25 
 
 
1301 aa  66.2  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3829  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 
475 aa  66.6  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.821642 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
665 aa  65.5  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0443  putative PAS/PAC sensor protein  31.25 
 
 
465 aa  65.1  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.523432  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2317  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
657 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553373  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  27 
 
 
588 aa  64.7  0.000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.44 
 
 
698 aa  63.5  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0992  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 
663 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.374279  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.89 
 
 
745 aa  63.9  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
1011 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.8 
 
 
1094 aa  63.2  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.13 
 
 
1350 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  29.27 
 
 
3706 aa  63.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 
674 aa  63.2  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  41.13 
 
 
578 aa  62.4  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
545 aa  62  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0873  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.23 
 
 
583 aa  62  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.52 
 
 
1484 aa  62  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.3 
 
 
1785 aa  61.2  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4563  signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 
771 aa  61.6  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.633448 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.16 
 
 
1465 aa  61.2  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.83 
 
 
1081 aa  61.2  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.87 
 
 
1532 aa  60.5  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5201  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
393 aa  60.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.849708 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 
1108 aa  60.5  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 
1086 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
464 aa  60.1  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
759 aa  60.1  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.19 
 
 
1113 aa  60.1  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.17 
 
 
1965 aa  60.1  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  29.81 
 
 
624 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 
456 aa  59.3  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>