More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_4147 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
381 aa  749    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  45.69 
 
 
392 aa  291  2e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
456 aa  177  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  44.23 
 
 
573 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  35.71 
 
 
373 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  48.65 
 
 
549 aa  171  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.7 
 
 
421 aa  166  8e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  52.8 
 
 
573 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  52.76 
 
 
566 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  56.03 
 
 
559 aa  163  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
568 aa  163  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.35 
 
 
573 aa  162  7e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  49.7 
 
 
595 aa  161  2e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  44.05 
 
 
578 aa  159  7e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  50.89 
 
 
575 aa  157  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  47.53 
 
 
572 aa  157  3e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1296  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 
386 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  53.9 
 
 
566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  53.9 
 
 
566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  53.9 
 
 
566 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  47.83 
 
 
536 aa  152  1e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45.2 
 
 
571 aa  147  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  50.64 
 
 
565 aa  146  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 
556 aa  146  5e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 
567 aa  144  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  48.5 
 
 
588 aa  143  5e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  48.73 
 
 
592 aa  142  9e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  48.52 
 
 
568 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.52 
 
 
568 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.52 
 
 
568 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  48.72 
 
 
591 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45.68 
 
 
580 aa  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5201  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 
393 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.849708 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  48.15 
 
 
535 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  34.33 
 
 
577 aa  136  7.000000000000001e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  35.28 
 
 
566 aa  136  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
568 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  35.12 
 
 
543 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  44.03 
 
 
579 aa  132  9e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  49.31 
 
 
578 aa  132  9e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 
373 aa  130  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  37.8 
 
 
401 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 
544 aa  122  8e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
543 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
535 aa  118  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  41.79 
 
 
631 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.79 
 
 
464 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.79 
 
 
525 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 
590 aa  113  7.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.24 
 
 
571 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
409 aa  109  9.000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
372 aa  106  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  33.11 
 
 
391 aa  105  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  30.4 
 
 
635 aa  104  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  32.47 
 
 
385 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1613  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.57 
 
 
550 aa  94  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0022  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.81 
 
 
487 aa  92.4  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000238684 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1421  ATPase domain-containing protein  35.14 
 
 
484 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.595659  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0252  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 
591 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0165579 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0693  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 
474 aa  87.4  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06330  signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
399 aa  86.3  7e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3651  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 
345 aa  84  0.000000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.375417  normal  0.773266 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.48 
 
 
665 aa  84  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0030  ATPase domain-containing protein  26.96 
 
 
1739 aa  82  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4209  putative PAS/PAC sensor protein  41.78 
 
 
795 aa  82  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.22 
 
 
545 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4486  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
582 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  38.16 
 
 
673 aa  80.1  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0077  GAF sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 
588 aa  79.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0341  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 
725 aa  77.4  0.0000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0143238  hitchhiker  0.0051816 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5475  histidine kinase  26.98 
 
 
447 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.256989  normal  0.616096 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.69 
 
 
591 aa  76.6  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18330  histidine kinase  28.41 
 
 
382 aa  75.9  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1560  sensory box sensor histidine kinase  26.56 
 
 
344 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0374606  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1992  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
574 aa  74.7  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0873865  normal  0.754427 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2849  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 
682 aa  73.9  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.790064  normal  0.747278 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33000  PAS domain S-box  26.32 
 
 
547 aa  73.9  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.569309  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.45 
 
 
548 aa  73.6  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1204  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 
779 aa  73.2  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1842  histidine kinase  27.81 
 
 
529 aa  72.4  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.33 
 
 
552 aa  72.4  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.45 
 
 
545 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
544 aa  72  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.19 
 
 
682 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.203059 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0188  histidine kinase  22.46 
 
 
693 aa  70.9  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6699  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
621 aa  70.5  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3908  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
423 aa  70.5  0.00000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1935  histidine kinase dimerization and phosphoacceptor region  28.57 
 
 
485 aa  69.7  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.618009  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1105  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 
546 aa  69.7  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3797  putative GAF sensor protein  32.61 
 
 
828 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.818563 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4655  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
535 aa  69.7  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  30.67 
 
 
1093 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38430  PAS domain S-box  27.31 
 
 
552 aa  68.9  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.45 
 
 
866 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4870  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 
566 aa  68.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125677  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3510  histidine kinase  31.34 
 
 
559 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.026405 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1939  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.99 
 
 
347 aa  67.8  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2703  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 
552 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.191431 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1973  histidine kinase  25.99 
 
 
347 aa  67.8  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5967  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 
605 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>