More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0508 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
673 aa  1315    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4209  putative PAS/PAC sensor protein  68.79 
 
 
795 aa  402  1e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4655  putative PAS/PAC sensor protein  72.62 
 
 
535 aa  375  1e-102  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.2 
 
 
631 aa  136  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  33.72 
 
 
572 aa  134  7.999999999999999e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  37.21 
 
 
591 aa  131  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  38.93 
 
 
579 aa  130  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.25 
 
 
566 aa  126  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  39.45 
 
 
577 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
559 aa  120  6e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 
595 aa  120  6e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.81 
 
 
567 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
535 aa  113  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  36.14 
 
 
573 aa  109  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.55 
 
 
573 aa  108  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.37 
 
 
525 aa  107  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  34.65 
 
 
401 aa  106  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
568 aa  106  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
568 aa  106  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
568 aa  105  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
566 aa  104  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 
544 aa  104  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
571 aa  103  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.5 
 
 
1043 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 
568 aa  100  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
566 aa  101  6e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
566 aa  101  6e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
566 aa  101  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
575 aa  100  9e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0139  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.83 
 
 
1066 aa  99  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.49 
 
 
578 aa  97.8  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.06 
 
 
590 aa  98.2  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.83 
 
 
944 aa  97.4  7e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 
592 aa  97.4  8e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  34.78 
 
 
578 aa  96.7  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  30.88 
 
 
536 aa  96.3  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.32 
 
 
1178 aa  94.4  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  35.6 
 
 
588 aa  93.6  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.06 
 
 
1251 aa  93.6  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  32.75 
 
 
573 aa  93.6  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
568 aa  93.2  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 
543 aa  91.3  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
1406 aa  89.7  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
556 aa  87.8  6e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 
372 aa  86.7  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  28.24 
 
 
635 aa  86.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1297  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  34.97 
 
 
926 aa  86.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  32.41 
 
 
565 aa  85.5  0.000000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  27.89 
 
 
543 aa  84  0.000000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  28.33 
 
 
391 aa  83.2  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
580 aa  81.3  0.00000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.16 
 
 
381 aa  80.1  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
831 aa  79.3  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0368  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 
695 aa  78.6  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0590374 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  46.24 
 
 
535 aa  78.6  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.63 
 
 
409 aa  78.2  0.0000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  39.26 
 
 
392 aa  77.8  0.0000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
680 aa  77.4  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 
547 aa  75.5  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0504248  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  30.13 
 
 
385 aa  72.8  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  29.6 
 
 
549 aa  72.4  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  26.34 
 
 
588 aa  72.4  0.00000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4447  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.12 
 
 
1878 aa  71.6  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.516196  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2317  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.76 
 
 
657 aa  71.2  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553373  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
1532 aa  68.6  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  32.69 
 
 
624 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4608  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.87 
 
 
1645 aa  68.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.284957  normal  0.407853 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
571 aa  68.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  21.78 
 
 
1484 aa  68.2  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0992  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
663 aa  67.4  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.374279  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5910  putative PAS/PAC sensor protein  21.9 
 
 
739 aa  67.4  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2990  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.43 
 
 
1253 aa  67  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450084  normal  0.707823 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2236  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
839 aa  67  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710267  hitchhiker  0.00000913845 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3394  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.48 
 
 
728 aa  67  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.99137  normal  0.249099 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.99 
 
 
1081 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.12 
 
 
642 aa  65.9  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
816 aa  65.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0443  putative PAS/PAC sensor protein  28.95 
 
 
465 aa  66.2  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.523432  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.01 
 
 
1465 aa  65.9  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1870  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.9 
 
 
657 aa  65.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240453  normal  0.0267746 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.17 
 
 
1051 aa  65.1  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
639 aa  64.7  0.000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1613  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 
550 aa  65.1  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.26 
 
 
674 aa  64.7  0.000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.28 
 
 
769 aa  64.3  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2594  hypothetical protein  25.13 
 
 
657 aa  64.3  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722689  normal  0.479427 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.25 
 
 
1965 aa  64.3  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
1350 aa  64.3  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 
1113 aa  63.9  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
778 aa  64.3  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.260825 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0873  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.18 
 
 
583 aa  63.5  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3840  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.85 
 
 
759 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.385478  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5522  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.23 
 
 
875 aa  63.9  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.982375  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3141  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
1406 aa  62.8  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.367834  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1651  PAS sensor protein  26.26 
 
 
895 aa  62.8  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
779 aa  63.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0970  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 
729 aa  62  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3829  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
475 aa  61.6  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.821642 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5151  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.92 
 
 
636 aa  61.2  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.300471  normal  0.605559 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 
1011 aa  61.2  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>