More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4655 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4655  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
535 aa  1044    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0508  putative PAS/PAC sensor protein  70.77 
 
 
673 aa  385  1e-105  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663118  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4209  putative PAS/PAC sensor protein  65.59 
 
 
795 aa  345  1e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1654  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.23 
 
 
567 aa  135  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.309377  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1486  putative signal transduction histidine kinase  43.53 
 
 
579 aa  134  5e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0200919  normal  0.602457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  39.22 
 
 
591 aa  133  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3046  GAF:ATP-binding region, ATPase-like  34.96 
 
 
572 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.25 
 
 
566 aa  124  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1529  GAF sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 
573 aa  123  9e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.916601  hitchhiker  0.000293469 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0994  GAF domain-containing protein  42.29 
 
 
577 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2005  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.43 
 
 
595 aa  121  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0401989  hitchhiker  0.00207123 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.64 
 
 
631 aa  121  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1578  ATPase domain-containing protein  38.34 
 
 
573 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.593562 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4125  putative signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
568 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4200  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
568 aa  116  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112122  normal  0.730315 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0501  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
571 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1395  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735957  normal  0.354354 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4356  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
568 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.641048  normal  0.232825 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0191  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 
544 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.303575  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1907  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.69 
 
 
566 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2135  putative signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
565 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0347228  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4737  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
535 aa  108  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.39 
 
 
578 aa  106  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1077  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
566 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1093  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
566 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.209887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1104  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
566 aa  105  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1413  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
568 aa  104  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6099  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.62 
 
 
525 aa  103  7e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0946  GAF domain-containing protein  39.02 
 
 
536 aa  103  7e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0197994  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2289  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
590 aa  103  8e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0109809  hitchhiker  0.000893685 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3844  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 
575 aa  98.2  3e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00743108  normal  0.0464921 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13153  two component system sensor histidine kinase devS  35.77 
 
 
578 aa  98.2  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4819  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 
543 aa  98.2  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.563449  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1969  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
568 aa  95.9  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197678  normal  0.851655 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1560  putative signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 
588 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.578819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.21 
 
 
1043 aa  94.4  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0096  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
372 aa  93.2  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.642474  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12064  histidine kinase response regulator  32.55 
 
 
573 aa  92  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3251  putative signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 
592 aa  92  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0142  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
1178 aa  91.3  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0139  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.82 
 
 
1066 aa  90.9  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 
1406 aa  90.1  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.845277 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1504  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 
944 aa  88.6  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.628866  normal  0.0653987 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
409 aa  87.8  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0274237 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23240  histidine kinase with GAF domain protein  30.65 
 
 
635 aa  87.8  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.677284 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.13 
 
 
1251 aa  87.4  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.256644  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01090  histidine kinase with GAF domain protein  33.19 
 
 
385 aa  87  8e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11340  histidine kinase with GAF domain  30.74 
 
 
391 aa  85.5  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00610406 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0157  putative phytochrome sensor protein  34.87 
 
 
401 aa  85.9  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1700  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.06 
 
 
535 aa  85.1  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0180519 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
831 aa  84.3  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3326  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.82 
 
 
571 aa  84  0.000000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.742829 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4147  GAF sensor signal transduction histidine kinase  40 
 
 
381 aa  81.6  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3460  putative signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 
556 aa  79.3  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0516  putative signal transduction histidine kinase  38.76 
 
 
392 aa  79  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.587002  normal  0.721825 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0368  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
695 aa  79  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0590374 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4783  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
680 aa  77.8  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.302794  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22860  histidine kinase with GAF domain protein  28.51 
 
 
543 aa  77  0.0000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.854581  normal  0.459297 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1297  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  31.51 
 
 
926 aa  75.1  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2042  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.17 
 
 
547 aa  74.7  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0504248  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2729  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
665 aa  73.2  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0992  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 
663 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.374279  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2137  GAF domain protein  39.68 
 
 
549 aa  69.7  0.0000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.565017  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
1051 aa  68.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  36.89 
 
 
1065 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2317  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
657 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553373  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.2 
 
 
1484 aa  67.8  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1870  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
657 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240453  normal  0.0267746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0798  PAS sensor protein  32.35 
 
 
624 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 
816 aa  65.9  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
1065 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2789  sensory box histidine kinase  28.97 
 
 
770 aa  63.5  0.000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0443  putative PAS/PAC sensor protein  31.3 
 
 
465 aa  62.8  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.523432  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3394  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.37 
 
 
728 aa  62.4  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.99137  normal  0.249099 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.59 
 
 
1177 aa  62.4  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
778 aa  62  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.260825 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.7 
 
 
1785 aa  62.8  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
957 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4447  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.35 
 
 
1878 aa  61.6  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.516196  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0873  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.18 
 
 
583 aa  61.2  0.00000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2990  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 
1253 aa  61.2  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.450084  normal  0.707823 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 
779 aa  60.8  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3829  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 
475 aa  61.2  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.821642 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3834  signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
728 aa  60.8  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.284621 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3105  PAS sensor protein  31.48 
 
 
728 aa  60.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3579  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.91 
 
 
1432 aa  60.5  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.133683  normal  0.981214 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1989  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1195 aa  60.5  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5910  putative PAS/PAC sensor protein  23.28 
 
 
739 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3272  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.26 
 
 
1011 aa  60.1  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.51 
 
 
1079 aa  59.7  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1613  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 
550 aa  59.7  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
641 aa  58.9  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0366  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.01 
 
 
1081 aa  58.9  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.63 
 
 
1965 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
896 aa  58.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1409  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.38 
 
 
778 aa  58.5  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0680  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.03 
 
 
1301 aa  58.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.344906  normal  0.0177864 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  25.62 
 
 
562 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 
492 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2675  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.31 
 
 
708 aa  58.2  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.877  normal  0.897929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>