More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0038 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_0038  integrase family protein  100 
 
 		 373 aa  763    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.967515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06640  site-specific recombinase XerD  54.11 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2641  integrase family protein  49.45 
 
 		 377 aa  356  2.9999999999999997e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4341  phage integrase family protein  48.62 
 
 		 368 aa  348  7e-95  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.693444  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2200  phage integrase family protein  48.9 
 
 		 368 aa  348  1e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.343714  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2600  phage integrase  47.03 
 
 		 373 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2644  phage integrase family protein  47.03 
 
 		 373 aa  315  9.999999999999999e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2908  phage integrase family protein  78.68 
 
 		 147 aa  224  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4576  hypothetical protein  43.04 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.531442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1980  phage integrase family protein  65.65 
 
 		 132 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.782566  normal  0.263895 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0582  phage integrase family protein  27.69 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0474  phage integrase family protein  27.69 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5943  phage integrase family protein  27.69 
 
 		 355 aa  86.7  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.702508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  23.36 
 
 		 306 aa  71.6  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4581  hypothetical protein  39.45 
 
 		 116 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.804527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  30.05 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  25.57 
 
 		 305 aa  70.5  0.00000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  29.33 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  31.58 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  25.41 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 291 aa  69.3  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4076  phage integrase  31.68 
 
 		 298 aa  69.3  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  32.97 
 
 		 308 aa  69.3  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  28.02 
 
 		 313 aa  68.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  27.04 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  27.04 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  27.04 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  30.05 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 291 aa  67  0.0000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  30.18 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  28.71 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  27.72 
 
 		 302 aa  66.2  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  30.18 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  30.18 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  30.18 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  30 
 
 		 297 aa  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 298 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  27.98 
 
 		 298 aa  66.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  31.18 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  28.74 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  31.48 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.48 
 
 		 302 aa  65.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  29.89 
 
 		 332 aa  64.7  0.000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  30.68 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  31.95 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  30.73 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.83 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2840  integrase family protein  26.79 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0238888  normal  0.278729 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.75 
 
 		 311 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4218  phage integrase family protein  31.43 
 
 		 352 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  31.36 
 
 		 306 aa  65.5  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  31.69 
 
 		 254 aa  64.7  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  22.73 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  28.4 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  28.4 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0057  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.326798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  28.4 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  27.38 
 
 		 290 aa  64.7  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  29.52 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.31 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.44 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1322  integrase family protein  29.38 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86275  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.95 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.53 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  31.55 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4725  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  32.35 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  24.13 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  27.18 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4274  phage integrase family protein  31.07 
 
 		 363 aa  62.8  0.000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.95 
 
 		 298 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.52 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.52 
 
 		 300 aa  62  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.67 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  30.37 
 
 		 317 aa  62  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.52 
 
 		 300 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  31.22 
 
 		 373 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.67 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.67 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.52 
 
 		 300 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  30.17 
 
 		 324 aa  62  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.52 
 
 		 300 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>