More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2908 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2908  phage integrase family protein  100 
 
 		 147 aa  298  1e-80  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0038  integrase family protein  76.87 
 
 		 373 aa  234  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.967515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1980  phage integrase family protein  69.53 
 
 		 132 aa  187  5.999999999999999e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.782566  normal  0.263895 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06640  site-specific recombinase XerD  52.21 
 
 		 373 aa  144  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2600  phage integrase  50.37 
 
 		 373 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2644  phage integrase family protein  50.37 
 
 		 373 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.135178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4341  phage integrase family protein  52.03 
 
 		 368 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.693444  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2200  phage integrase family protein  52.03 
 
 		 368 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.343714  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2641  integrase family protein  45.32 
 
 		 377 aa  127  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4581  hypothetical protein  64.58 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.804527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  33.87 
 
 		 302 aa  65.9  0.0000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  37.93 
 
 		 308 aa  65.5  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  33.06 
 
 		 302 aa  64.3  0.0000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  33.06 
 
 		 302 aa  63.5  0.0000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2210  integrase family protein  37.07 
 
 		 295 aa  63.5  0.0000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241024 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  37.14 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 313 aa  61.6  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4076  phage integrase  33.94 
 
 		 298 aa  61.6  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  33.06 
 
 		 346 aa  61.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  42.73 
 
 		 373 aa  60.1  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  32.77 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  36.67 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  34.65 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10100  site-specific recombinase XerD  33.82 
 
 		 332 aa  58.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0394  tyrosine recombinase XerC  33.62 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3631  tyrosine recombinase XerC  33.62 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.465228 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0393  tyrosine recombinase XerC  33.62 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.426652 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  38.24 
 
 		 298 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  37 
 
 		 313 aa  58.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15230  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.14 
 
 		 316 aa  58.5  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0614301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  32.2 
 
 		 317 aa  58.2  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0497  tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 324 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4306  integrase/recombinase XerC  33.62 
 
 		 299 aa  57.8  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3115  phage integrase  33.64 
 
 		 298 aa  57.8  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  35.65 
 
 		 306 aa  57.8  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  32.31 
 
 		 310 aa  57.4  0.00000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  30.7 
 
 		 295 aa  57.4  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  31.34 
 
 		 362 aa  57  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  33.59 
 
 		 331 aa  57  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  38.46 
 
 		 254 aa  57  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  33.04 
 
 		 307 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  31.15 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  32.65 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  31.45 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  31.03 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  34.43 
 
 		 310 aa  55.5  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  30.33 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0393  tyrosine recombinase XerC  33.09 
 
 		 321 aa  55.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  31.9 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  31.86 
 
 		 307 aa  55.5  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  31.86 
 
 		 307 aa  55.5  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.54 
 
 		 313 aa  55.1  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1159  integrase family protein  36.89 
 
 		 344 aa  55.5  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.226555 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  28.45 
 
 		 290 aa  55.5  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  35.05 
 
 		 302 aa  55.1  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  38.46 
 
 		 283 aa  55.1  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03687  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.446663  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  30.89 
 
 		 309 aa  54.7  0.0000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1299  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.22 
 
 		 291 aa  55.1  0.0000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03636  hypothetical protein  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.487194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3981  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  54.7  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.105897  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4277  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.14 
 
 		 302 aa  54.3  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.182372  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4336  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4159  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.937296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4229  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 298 aa  54.3  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 300 aa  54.3  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225708  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  37.5 
 
 		 312 aa  54.3  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  28.43 
 
 		 305 aa  54.7  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  32.5 
 
 		 306 aa  54.7  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.23 
 
 		 300 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  32.23 
 
 		 332 aa  54.3  0.0000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  31.03 
 
 		 306 aa  54.3  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1322  integrase family protein  34.02 
 
 		 329 aa  53.9  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86275  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.21 
 
 		 302 aa  53.9  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 302 aa  53.9  0.0000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  47.27 
 
 		 265 aa  53.5  0.0000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09270  tyrosine recombinase XerC subunit  36.19 
 
 		 346 aa  53.5  0.0000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.111586  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  32.74 
 
 		 295 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.41 
 
 		 303 aa  53.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.14 
 
 		 298 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  30.25 
 
 		 321 aa  53.1  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>