More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0855 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0855  inner-membrane translocator  100 
 
 		 772 aa  1465    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.852549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5664  inner-membrane translocator  81.16 
 
 		 741 aa  997    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269421  normal  0.7047 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3350  inner-membrane translocator  48.62 
 
 		 659 aa  438  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.45049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8833  inner-membrane translocator  47.97 
 
 		 637 aa  397  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.756263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4017  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 697 aa  192  1e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4038  inner-membrane translocator  30.24 
 
 		 816 aa  179  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.354929 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1980  ABC-type branched-chain amino acid transport systems ATPase component-like protein  30.02 
 
 		 898 aa  171  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.755596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3867  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 704 aa  167  9e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.318133 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1283  ABC transporter related  33.23 
 
 		 1087 aa  156  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.887426  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2952  ABC transporter related  31.7 
 
 		 930 aa  154  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4737  ABC transporter related  29.56 
 
 		 940 aa  152  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4486  inner-membrane translocator  30.6 
 
 		 661 aa  141  3.9999999999999997e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0381  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 692 aa  137  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2136  ABC transporter related protein  29.26 
 
 		 908 aa  130  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.135271 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3859  ABC transporter related protein  29.64 
 
 		 924 aa  129  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3456  ABC transporter related  32.3 
 
 		 1302 aa  128  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.66499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3222  inner-membrane translocator  28.55 
 
 		 684 aa  124  5e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3489  inner-membrane translocator  27.55 
 
 		 743 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3395  ABC transporter related  28.94 
 
 		 956 aa  118  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 349 aa  113  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2539  ABC transporter-like protein  37.05 
 
 		 559 aa  109  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.119506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3248  ABC transporter related  27.65 
 
 		 959 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3152  ABC transporter related  27.66 
 
 		 943 aa  103  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  27.57 
 
 		 950 aa  103  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  32.12 
 
 		 355 aa  103  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 350 aa  102  3e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  30.22 
 
 		 350 aa  101  6e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 352 aa  101  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  30.29 
 
 		 357 aa  100  9e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  29.78 
 
 		 350 aa  100  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  33.62 
 
 		 352 aa  100  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 356 aa  99.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 321 aa  99.8  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 357 aa  99  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 352 aa  99  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2713  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 292 aa  98.2  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2666  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.4 
 
 		 292 aa  98.2  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.953803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1839  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 292 aa  98.2  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3288  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 292 aa  98.2  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0055  ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 292 aa  97.8  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0056  ABC transporter, permease protein  35.4 
 
 		 292 aa  97.8  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0528  inner-membrane translocator  26.94 
 
 		 292 aa  97.4  9e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00118598  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31 
 
 		 357 aa  96.7  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4712  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 348 aa  97.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 333 aa  94  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 348 aa  93.6  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  33.07 
 
 		 358 aa  92.8  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 355 aa  92.8  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 357 aa  92.4  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 345 aa  92  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.1 
 
 		 603 aa  92  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 357 aa  91.3  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 368 aa  91.3  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  28.91 
 
 		 381 aa  90.5  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 345 aa  90.5  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  29.86 
 
 		 648 aa  90.5  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.4 
 
 		 328 aa  89.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  32.95 
 
 		 297 aa  89.7  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 373 aa  89.4  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  31 
 
 		 358 aa  89  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 357 aa  88.2  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 357 aa  88.2  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  27.11 
 
 		 603 aa  88.2  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8309  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 652 aa  88.6  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.507178 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1972  inner-membrane translocator  34.98 
 
 		 462 aa  87.8  6e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.79466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 357 aa  87.8  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 327 aa  88.2  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  31.98 
 
 		 358 aa  87.8  7e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  27.5 
 
 		 603 aa  87.4  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 358 aa  87  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  30.6 
 
 		 646 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  30.47 
 
 		 663 aa  87  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  33.46 
 
 		 358 aa  87  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  30.17 
 
 		 646 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 360 aa  87  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 358 aa  87  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 332 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  26.94 
 
 		 603 aa  86.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 319 aa  86.3  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  28.95 
 
 		 337 aa  85.5  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0266  inner-membrane translocator  30.29 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000146885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  28.4 
 
 		 642 aa  85.1  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  26.94 
 
 		 603 aa  85.5  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  31.05 
 
 		 643 aa  85.1  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0624  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.568796  normal  0.149845 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4564  ABC transporter related  32.73 
 
 		 989 aa  83.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  29.37 
 
 		 349 aa  83.6  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  32.43 
 
 		 606 aa  83.6  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 346 aa  84  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 356 aa  84  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  32.6 
 
 		 354 aa  83.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32 
 
 		 307 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  36.76 
 
 		 351 aa  82.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 357 aa  82.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3966  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 382 aa  82.4  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  32 
 
 		 357 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  30.95 
 
 		 335 aa  82.4  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  32 
 
 		 357 aa  82  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0108  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 493 aa  82  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>