More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2135 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  100 
 
 
221 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.68 
 
 
215 aa  246  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0331104 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.67 
 
 
221 aa  240  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.35 
 
 
236 aa  237  8e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.14 
 
 
221 aa  235  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  57.67 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.07 
 
 
243 aa  226  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.45 
 
 
239 aa  184  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  47.96 
 
 
246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.05 
 
 
246 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.59 
 
 
246 aa  179  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
246 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.55 
 
 
255 aa  177  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
250 aa  177  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.36 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.1 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.86 
 
 
248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
246 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.42 
 
 
249 aa  169  4e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
261 aa  169  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.34 
 
 
237 aa  168  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
247 aa  165  5e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.54 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.15 
 
 
254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
247 aa  160  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.29 
 
 
247 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 
257 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.2 
 
 
247 aa  159  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
247 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.29 
 
 
247 aa  159  4e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.57 
 
 
249 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.89 
 
 
247 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
238 aa  149  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 
253 aa  149  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.21 
 
 
249 aa  148  5e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
236 aa  148  5e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.41 
 
 
250 aa  148  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
248 aa  148  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.18 
 
 
245 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.57 
 
 
239 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
243 aa  137  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
243 aa  132  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  32.88 
 
 
248 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
247 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  32.58 
 
 
254 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
246 aa  99.4  3e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  32.06 
 
 
245 aa  99.8  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 
248 aa  99.4  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4745  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
254 aa  97.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.146753  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  32.06 
 
 
245 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.49 
 
 
254 aa  96.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  30.91 
 
 
245 aa  95.9  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
260 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  32.69 
 
 
245 aa  95.1  7e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  30.14 
 
 
245 aa  93.6  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2342  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 
248 aa  93.2  3e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.890074  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
257 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
257 aa  90.9  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3466  short chain dehydrogenase  37.31 
 
 
294 aa  90.1  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.241299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.79 
 
 
259 aa  90.1  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0536617  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
257 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  29.55 
 
 
248 aa  90.9  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  32.49 
 
 
256 aa  90.5  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 
255 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
245 aa  89.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
252 aa  89.7  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
255 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
255 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
241 aa  89.4  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.317931  normal  0.221919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 
255 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
255 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 
255 aa  89  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
250 aa  88.6  7e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
245 aa  88.6  7e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 
241 aa  88.2  8e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  30.53 
 
 
255 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 
257 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  30 
 
 
256 aa  87.8  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0746  short chain dehydrogenase  35 
 
 
291 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.095749 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0726  short chain dehydrogenase  35 
 
 
291 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.352329 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0732  short chain dehydrogenase  35 
 
 
291 aa  87  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.403449  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
249 aa  86.3  4e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3769  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.64 
 
 
259 aa  85.9  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.26 
 
 
230 aa  85.9  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
249 aa  85.9  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.98 
 
 
269 aa  85.9  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7068  SDR family dehydrogenase/reductase  29.47 
 
 
257 aa  85.9  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
269 aa  85.9  5e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1188  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.91 
 
 
232 aa  85.5  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.03 
 
 
242 aa  85.5  7e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
255 aa  85.1  8e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.485877  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  29.86 
 
 
247 aa  84.3  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0944  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 
294 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.296729  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.66 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320713  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 
248 aa  84  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01316  short chain dehydrogenase  36.63 
 
 
230 aa  84  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.395347  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
249 aa  84  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  30.69 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>