More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2350 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 269 aa  555  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 		 269 aa  555  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 		 263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  48.39 
 
 		 263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.04 
 
 		 247 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 		 245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  44.54 
 
 		 254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  44.17 
 
 		 291 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 		 245 aa  196  3e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  44.58 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 		 245 aa  193  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  40.82 
 
 		 245 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  43.1 
 
 		 245 aa  188  8e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 248 aa  188  9e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 		 245 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  40 
 
 		 248 aa  186  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 		 245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 		 261 aa  181  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2342  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 		 248 aa  180  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.890074  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  41.77 
 
 		 258 aa  179  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 247 aa  175  9e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.142486  hitchhiker  0.0000000171216 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 		 245 aa  175  9e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 		 245 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 		 248 aa  169  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 		 247 aa  168  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 250 aa  168  8e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  43.67 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1528  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 245 aa  165  8e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.272639  hitchhiker  0.000286481 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  37.33 
 
 		 247 aa  165  9e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1468  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 245 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0118421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1534  short chain dehydrogenase  42.86 
 
 		 245 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000580806  hitchhiker  0.00546516 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  41.63 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 		 252 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 		 254 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320713  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  43.7 
 
 		 246 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1849  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714478  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  37.29 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  36.93 
 
 		 253 aa  154  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  36.93 
 
 		 253 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  42.51 
 
 		 252 aa  153  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 		 258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  41.06 
 
 		 259 aa  152  8e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 243 aa  151  8e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  35.55 
 
 		 276 aa  151  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1763  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3951  short chain dehydrogenase  41.46 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010229  hitchhiker  0.00832612 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2313  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 253 aa  149  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119343  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1956  short chain dehydrogenase  42.02 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1370  short chain dehydrogenase  40.65 
 
 		 246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23200  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 		 246 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.246989  hitchhiker  0.000850788 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 		 253 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2012  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 		 253 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0861155  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  35.59 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 252 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 252 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 252 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  35.17 
 
 		 252 aa  141  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1740  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.66 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1354  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 		 246 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1927  short chain dehydrogenase  36.1 
 
 		 253 aa  137  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 		 239 aa  136  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.12 
 
 		 249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 		 237 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3652  short chain dehydrogenase  39.75 
 
 		 246 aa  129  6e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.816797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.04 
 
 		 247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 		 261 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.89 
 
 		 247 aa  125  5e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 		 247 aa  125  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 238 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1271  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.74 
 
 		 255 aa  123  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 		 235 aa  121  9.999999999999999e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 		 247 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 		 250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 243 aa  119  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 		 247 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 		 246 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.07 
 
 		 247 aa  118  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.03 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 		 253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>