More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3714 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
236 aa  473  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.85 
 
 
221 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.68 
 
 
221 aa  268  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  60.38 
 
 
221 aa  267  8.999999999999999e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.26 
 
 
215 aa  249  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0331104 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  57.35 
 
 
221 aa  237  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
243 aa  209  2e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 
246 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.69 
 
 
244 aa  159  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.27 
 
 
255 aa  159  4e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.23 
 
 
246 aa  158  6e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.26 
 
 
250 aa  157  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.99 
 
 
261 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.26 
 
 
247 aa  153  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
239 aa  151  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 
250 aa  151  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
249 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 
246 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  41.86 
 
 
246 aa  148  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.12 
 
 
248 aa  148  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
246 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
247 aa  145  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
247 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
247 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.51 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
247 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
248 aa  136  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.13 
 
 
245 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
249 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.19 
 
 
249 aa  129  3e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
253 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.62 
 
 
250 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.38 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
237 aa  123  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 
243 aa  105  8e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.81 
 
 
239 aa  101  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  29.95 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.26 
 
 
260 aa  86.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  32.98 
 
 
255 aa  85.5  7e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
252 aa  82.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
256 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0536617  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3419  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
255 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.689572  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1909  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
255 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3926  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
255 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.411324  normal  0.0487597 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0397  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3560  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
255 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.457145  normal  0.310407 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3215  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
255 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.57556 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10780  short chain dehydrogenase  31.02 
 
 
275 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  28.5 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  26.36 
 
 
245 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
254 aa  79  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  27.5 
 
 
245 aa  79  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
253 aa  78.6  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  28.92 
 
 
245 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  28.24 
 
 
254 aa  78.6  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  28.43 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  30.32 
 
 
249 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19640  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  31.53 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.73 
 
 
250 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.5 
 
 
258 aa  77  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40890  short chain dehydrogenase  31.07 
 
 
255 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3468  short chain dehydrogenase  31.07 
 
 
255 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
233 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2074  short chain dehydrogenase  31.07 
 
 
255 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0334632  normal  0.0500399 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.81 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
258 aa  75.9  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 
254 aa  75.5  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320713  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.38 
 
 
241 aa  75.5  0.0000000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.18 
 
 
249 aa  75.5  0.0000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  23.88 
 
 
242 aa  74.7  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  27.18 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.04 
 
 
262 aa  74.7  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
257 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  27.57 
 
 
247 aa  74.3  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
271 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 
248 aa  74.3  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0236  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.78 
 
 
255 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815339 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01316  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 
230 aa  73.9  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.395347  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  26.57 
 
 
246 aa  73.9  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 
246 aa  73.6  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  35.03 
 
 
254 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 
257 aa  73.9  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
453 aa  73.6  0.000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0965577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.37 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  25.5 
 
 
245 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.83 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2614  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 
257 aa  73.6  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.042976  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  27.88 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
259 aa  72.8  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  26.11 
 
 
248 aa  72.8  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  29.02 
 
 
254 aa  73.2  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>