More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2281 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
257 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.58 
 
 
247 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.66 
 
 
247 aa  364  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.38 
 
 
250 aa  363  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.07 
 
 
247 aa  362  3e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.76 
 
 
247 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.37 
 
 
247 aa  353  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.95 
 
 
245 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.15 
 
 
255 aa  268  5.9999999999999995e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.97 
 
 
246 aa  265  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.61 
 
 
248 aa  265  7e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
249 aa  263  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.73 
 
 
246 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
261 aa  260  2e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.66 
 
 
248 aa  257  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.34 
 
 
247 aa  257  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.51 
 
 
247 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.23 
 
 
250 aa  252  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.4 
 
 
254 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.09 
 
 
247 aa  251  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
246 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  54.32 
 
 
246 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.32 
 
 
246 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.91 
 
 
249 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.64 
 
 
239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.24 
 
 
253 aa  238  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
237 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.94 
 
 
250 aa  224  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.03 
 
 
249 aa  210  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.71 
 
 
238 aa  204  1e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.86 
 
 
243 aa  160  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  45.7 
 
 
221 aa  160  2e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.98 
 
 
239 aa  159  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.54 
 
 
243 aa  156  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.69 
 
 
221 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
236 aa  146  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.39 
 
 
236 aa  142  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.54 
 
 
221 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  43.06 
 
 
221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 
248 aa  135  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
247 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 
243 aa  132  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  34.33 
 
 
248 aa  132  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.71 
 
 
242 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.65 
 
 
215 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0331104 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  36.19 
 
 
254 aa  126  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  37.83 
 
 
247 aa  125  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 
245 aa  122  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
245 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 
276 aa  121  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.63 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  36.68 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 
291 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.57 
 
 
250 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  33.91 
 
 
245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  36.68 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 
252 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 
252 aa  118  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 
252 aa  118  9e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 
252 aa  118  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  32.62 
 
 
246 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2012  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0861155  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 
258 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1849  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
253 aa  116  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714478  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23200  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 
246 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.246989  hitchhiker  0.000850788 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
261 aa  115  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  37.61 
 
 
252 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1956  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
246 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1927  short chain dehydrogenase  34.05 
 
 
253 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  33.79 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1188  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
232 aa  113  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
245 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2313  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 
253 aa  112  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119343  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
245 aa  111  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
239 aa  109  3e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
259 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
269 aa  108  7.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
244 aa  108  8.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.76 
 
 
263 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>