More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0412 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 249 aa  501  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.12 
 
 		 261 aa  415  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.62 
 
 		 247 aa  330  9e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.21 
 
 		 247 aa  328  7e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.8 
 
 		 247 aa  326  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.98 
 
 		 249 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.76 
 
 		 254 aa  325  3e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.16 
 
 		 253 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 		 246 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.84 
 
 		 255 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  59.84 
 
 		 246 aa  302  3.0000000000000004e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.84 
 
 		 247 aa  297  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.76 
 
 		 250 aa  289  2e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 		 246 aa  289  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 		 247 aa  288  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 		 250 aa  284  9e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 		 246 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.9 
 
 		 239 aa  282  3.0000000000000004e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 		 248 aa  281  9e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  56.33 
 
 		 246 aa  280  1e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.07 
 
 		 247 aa  278  7e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 		 247 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 		 247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 		 257 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 		 237 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.93 
 
 		 250 aa  255  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 		 245 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 		 238 aa  252  4.0000000000000004e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.98 
 
 		 249 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.7 
 
 		 244 aa  214  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 		 236 aa  192  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.98 
 
 		 243 aa  181  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.67 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 243 aa  179  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 241 aa  174  9.999999999999999e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  42.86 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.6 
 
 		 242 aa  170  2e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  47.42 
 
 		 221 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  42.33 
 
 		 291 aa  169  5e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  41.86 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  40.69 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  41.48 
 
 		 248 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 243 aa  157  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  45.93 
 
 		 221 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 		 221 aa  155  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 		 246 aa  155  7e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  40.69 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1293  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.39 
 
 		 243 aa  154  2e-36  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.991698  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  41.94 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 		 236 aa  151  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  41.01 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  41.01 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  41.01 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 245 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  38.26 
 
 		 245 aa  148  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  45.21 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  39.63 
 
 		 248 aa  145  8.000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 		 261 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  42.11 
 
 		 246 aa  142  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 263 aa  142  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  38.89 
 
 		 263 aa  142  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.07 
 
 		 245 aa  142  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.99 
 
 		 250 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  39.07 
 
 		 245 aa  139  6e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  38.33 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2012  short chain dehydrogenase  40.55 
 
 		 253 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0861155  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1763  short chain dehydrogenase  41.23 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3951  short chain dehydrogenase  41.23 
 
 		 246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010229  hitchhiker  0.00832612 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  38.84 
 
 		 245 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.12 
 
 		 269 aa  135  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  42.4 
 
 		 245 aa  135  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  41.12 
 
 		 269 aa  135  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 		 245 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 252 aa  135  8e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  38.6 
 
 		 245 aa  135  9e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  40.45 
 
 		 252 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1528  short chain dehydrogenase  41.94 
 
 		 245 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.272639  hitchhiker  0.000286481 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2313  short chain dehydrogenase  40.09 
 
 		 253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119343  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  40.25 
 
 		 259 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1370  short chain dehydrogenase  39.91 
 
 		 246 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 252 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1468  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0118421  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  40.45 
 
 		 252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.45 
 
 		 252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  40.45 
 
 		 252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1534  short chain dehydrogenase  41.47 
 
 		 245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000580806  hitchhiker  0.00546516 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1927  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 253 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  40.66 
 
 		 252 aa  132  6.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1354  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 		 246 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 253 aa  131  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 253 aa  131  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>