More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2019 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  508  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.96 
 
 
247 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.83 
 
 
247 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.54 
 
 
247 aa  381  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.72 
 
 
247 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.06 
 
 
247 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.38 
 
 
257 aa  363  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.69 
 
 
245 aa  355  5e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.14 
 
 
247 aa  290  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.5 
 
 
261 aa  290  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.76 
 
 
249 aa  289  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.29 
 
 
247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.71 
 
 
247 aa  285  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.98 
 
 
254 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.43 
 
 
255 aa  275  6e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.43 
 
 
246 aa  273  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.18 
 
 
253 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.58 
 
 
249 aa  270  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.77 
 
 
246 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.59 
 
 
248 aa  268  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
250 aa  267  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.54 
 
 
248 aa  267  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 
239 aa  263  2e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
246 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
246 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  53.53 
 
 
246 aa  253  3e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.74 
 
 
237 aa  249  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.95 
 
 
249 aa  239  2.9999999999999997e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.62 
 
 
250 aa  236  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.41 
 
 
238 aa  227  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.86 
 
 
244 aa  188  9e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  46.36 
 
 
221 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
243 aa  168  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.21 
 
 
239 aa  168  9e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.65 
 
 
236 aa  168  9e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
243 aa  165  6.9999999999999995e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
243 aa  162  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.26 
 
 
236 aa  157  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
241 aa  153  2e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.47 
 
 
242 aa  148  8e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  37.96 
 
 
254 aa  145  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.78 
 
 
221 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
247 aa  143  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.28 
 
 
221 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
215 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0331104 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  44.28 
 
 
221 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  34.45 
 
 
248 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  38.21 
 
 
245 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  37.56 
 
 
291 aa  138  6e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
295 aa  137  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  35.44 
 
 
246 aa  137  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  36.79 
 
 
245 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 
252 aa  133  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
261 aa  133  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  35.37 
 
 
258 aa  133  3e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_002978  WD1293  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.13 
 
 
243 aa  132  3.9999999999999996e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.991698  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
245 aa  132  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  35.75 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  35.38 
 
 
245 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
258 aa  126  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  33.02 
 
 
245 aa  125  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  34.43 
 
 
245 aa  125  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  37.09 
 
 
247 aa  124  1e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  36.41 
 
 
245 aa  124  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
245 aa  123  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
235 aa  122  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.24 
 
 
263 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1468  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0118421  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1534  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000580806  hitchhiker  0.00546516 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  34.03 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1528  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.272639  hitchhiker  0.000286481 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  37.26 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  33.02 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
252 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
252 aa  120  3e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 
253 aa  120  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 
253 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 
253 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  35.71 
 
 
252 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.02 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
269 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  33.61 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
252 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  33.91 
 
 
253 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
252 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
245 aa  118  7.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
268 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2071  short chain dehydrogenase  37.82 
 
 
256 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  39.9 
 
 
268 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>