More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2998 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.31 
 
 		 247 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.43 
 
 		 247 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.76 
 
 		 247 aa  380  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.72 
 
 		 250 aa  379  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.76 
 
 		 257 aa  359  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.14 
 
 		 247 aa  355  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.31 
 
 		 245 aa  345  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.49 
 
 		 261 aa  279  3e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 		 249 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.07 
 
 		 254 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.48 
 
 		 253 aa  259  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 		 247 aa  257  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.17 
 
 		 255 aa  255  4e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.61 
 
 		 248 aa  255  4e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.17 
 
 		 246 aa  255  5e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  56.17 
 
 		 246 aa  254  9e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.81 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.73 
 
 		 250 aa  252  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.74 
 
 		 249 aa  247  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.96 
 
 		 247 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.62 
 
 		 239 aa  245  4e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  57.26 
 
 		 246 aa  244  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.84 
 
 		 246 aa  244  9e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.84 
 
 		 246 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.49 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 		 248 aa  238  6.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.7 
 
 		 250 aa  229  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.35 
 
 		 249 aa  216  4e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.46 
 
 		 238 aa  215  5.9999999999999996e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 		 244 aa  185  7e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.32 
 
 		 239 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 		 236 aa  168  8e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.95 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.19 
 
 		 243 aa  160  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  45.29 
 
 		 221 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.91 
 
 		 243 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.37 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  35.44 
 
 		 254 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 		 221 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  34.62 
 
 		 248 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  34.82 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 		 241 aa  137  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  44.12 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.49 
 
 		 242 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  38.79 
 
 		 245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 		 261 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  38.03 
 
 		 245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  35.84 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  36.62 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  34.45 
 
 		 246 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.41 
 
 		 245 aa  126  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.82 
 
 		 250 aa  125  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 		 245 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 		 245 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 		 215 aa  125  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0331104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 		 245 aa  125  9e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  34.72 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  35.21 
 
 		 245 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 		 258 aa  122  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 		 247 aa  122  6e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1293  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.22 
 
 		 243 aa  122  7e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.991698  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 		 248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  34.27 
 
 		 247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  37.17 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 		 252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 		 252 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  35.9 
 
 		 252 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1956  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 		 245 aa  119  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 252 aa  119  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 		 262 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 252 aa  118  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1927  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 		 253 aa  118  9e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  34.74 
 
 		 245 aa  118  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23200  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 246 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.246989  hitchhiker  0.000850788 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  37.56 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  33.64 
 
 		 245 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 253 aa  117  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 		 245 aa  116  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  37.61 
 
 		 252 aa  116  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  34.19 
 
 		 276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 253 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 		 259 aa  115  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1763  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  33.76 
 
 		 253 aa  115  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3951  short chain dehydrogenase  36.32 
 
 		 246 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010229  hitchhiker  0.00832612 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 		 239 aa  115  7.999999999999999e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>