More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4083 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 246 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1763  short chain dehydrogenase  89.02 
 
 		 246 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1370  short chain dehydrogenase  88.62 
 
 		 246 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  85.37 
 
 		 259 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3951  short chain dehydrogenase  88.62 
 
 		 246 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010229  hitchhiker  0.00832612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1354  short chain dehydrogenase  86.99 
 
 		 246 aa  407  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1956  short chain dehydrogenase  82.93 
 
 		 246 aa  401  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  83.33 
 
 		 252 aa  397  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23200  short chain dehydrogenase  82.11 
 
 		 246 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.246989  hitchhiker  0.000850788 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1740  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  78.46 
 
 		 246 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3652  short chain dehydrogenase  78.05 
 
 		 246 aa  349  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.816797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  59.35 
 
 		 245 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  59.76 
 
 		 245 aa  296  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  58.85 
 
 		 254 aa  296  2e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  56.91 
 
 		 248 aa  295  5e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 		 250 aa  293  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  57.72 
 
 		 245 aa  292  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  58.54 
 
 		 245 aa  292  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  58.13 
 
 		 245 aa  292  3e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  57.72 
 
 		 245 aa  292  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  57.72 
 
 		 245 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.3 
 
 		 247 aa  290  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.142486  hitchhiker  0.0000000171216 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  58.13 
 
 		 245 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 		 261 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  55.69 
 
 		 245 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  59.76 
 
 		 245 aa  279  3e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  53.88 
 
 		 246 aa  279  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  52.65 
 
 		 247 aa  277  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  58.13 
 
 		 245 aa  276  2e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  53.06 
 
 		 248 aa  276  3e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 		 247 aa  276  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  52.24 
 
 		 248 aa  275  4e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1534  short chain dehydrogenase  58.94 
 
 		 245 aa  275  4e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000580806  hitchhiker  0.00546516 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1468  short chain dehydrogenase  58.94 
 
 		 245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0118421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1528  short chain dehydrogenase  58.54 
 
 		 245 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.272639  hitchhiker  0.000286481 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  53.66 
 
 		 245 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 		 245 aa  268  8e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  57.32 
 
 		 245 aa  266  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  52.67 
 
 		 258 aa  253  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  52.05 
 
 		 291 aa  250  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  51.64 
 
 		 295 aa  248  6e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 		 245 aa  245  6e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 		 253 aa  234  6e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  52.67 
 
 		 253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  52.67 
 
 		 253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  52.67 
 
 		 253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  52.67 
 
 		 253 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2012  short chain dehydrogenase  53.91 
 
 		 253 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0861155  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1849  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 		 253 aa  232  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714478  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2313  short chain dehydrogenase  53.5 
 
 		 253 aa  232  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119343  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 		 252 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 		 252 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  52.26 
 
 		 252 aa  231  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 		 252 aa  230  1e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 		 252 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1927  short chain dehydrogenase  53.78 
 
 		 253 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 		 252 aa  229  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 		 252 aa  229  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 		 252 aa  230  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 		 252 aa  229  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  52.05 
 
 		 253 aa  228  8e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  53.09 
 
 		 276 aa  227  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  52.67 
 
 		 253 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 		 253 aa  222  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  52.26 
 
 		 253 aa  222  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 		 252 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2342  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.86 
 
 		 248 aa  218  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.890074  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320713  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  45.53 
 
 		 263 aa  211  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 		 263 aa  211  7e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 		 243 aa  208  7e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  43.9 
 
 		 247 aa  205  5e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 		 258 aa  196  3e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 		 269 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  43.7 
 
 		 269 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 		 237 aa  168  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 		 249 aa  161  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 250 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 		 248 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 		 246 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 		 244 aa  152  4e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 		 235 aa  151  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 		 247 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 		 246 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.02 
 
 		 246 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  39.82 
 
 		 246 aa  149  6e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 250 aa  149  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.02 
 
 		 255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 		 247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 		 246 aa  145  8.000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.61 
 
 		 249 aa  145  8.000000000000001e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 		 249 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0980  putative exported oxidoreductase  33.47 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.94 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 		 243 aa  142  5e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 247 aa  142  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 		 247 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>