More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0403 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
237 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
239 aa  304  7e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.43 
 
 
247 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
247 aa  267  1e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
247 aa  264  8e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 
249 aa  256  3e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.39 
 
 
249 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.74 
 
 
250 aa  249  2e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.09 
 
 
254 aa  248  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 
247 aa  248  6e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.39 
 
 
247 aa  247  9e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.74 
 
 
248 aa  247  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.77 
 
 
247 aa  245  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.79 
 
 
255 aa  246  3e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.95 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.79 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.48 
 
 
261 aa  244  9.999999999999999e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
246 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.86 
 
 
246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.49 
 
 
247 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.74 
 
 
248 aa  238  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.57 
 
 
247 aa  237  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
257 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.1 
 
 
250 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.09 
 
 
253 aa  235  4e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.74 
 
 
238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  48.52 
 
 
246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.58 
 
 
250 aa  230  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.78 
 
 
249 aa  228  8e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.56 
 
 
245 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.68 
 
 
243 aa  195  6e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.52 
 
 
244 aa  181  7e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  44.34 
 
 
221 aa  168  7e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 
246 aa  167  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.36 
 
 
236 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
247 aa  164  9e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  38.56 
 
 
248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
247 aa  163  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  38.14 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  37.66 
 
 
245 aa  156  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  38.66 
 
 
254 aa  157  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
243 aa  155  4e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
248 aa  155  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
250 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
245 aa  153  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
245 aa  152  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.62 
 
 
242 aa  150  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 
245 aa  148  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 
258 aa  148  7e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  35.44 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 
291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
261 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
245 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  35 
 
 
295 aa  146  3e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
245 aa  146  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
243 aa  145  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
245 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
241 aa  144  8.000000000000001e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
245 aa  143  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  38.56 
 
 
246 aa  142  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  34.89 
 
 
253 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 
245 aa  142  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  36.6 
 
 
252 aa  141  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_002978  WD1293  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.51 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.991698  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 
245 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  36.6 
 
 
252 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1740  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  37.2 
 
 
246 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.57 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
252 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  36.6 
 
 
252 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
276 aa  140  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  36.6 
 
 
252 aa  140  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2012  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0861155  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
253 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  35.74 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1849  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
253 aa  138  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714478  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  38.25 
 
 
245 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
245 aa  137  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  38.14 
 
 
259 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1528  short chain dehydrogenase  37.66 
 
 
245 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.272639  hitchhiker  0.000286481 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1468  short chain dehydrogenase  36.87 
 
 
245 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0118421  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1534  short chain dehydrogenase  36.87 
 
 
245 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000580806  hitchhiker  0.00546516 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
263 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.33 
 
 
263 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
221 aa  134  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2313  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
253 aa  134  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119343  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1763  short chain dehydrogenase  38.14 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755311  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1370  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3951  short chain dehydrogenase  37.71 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010229  hitchhiker  0.00832612 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
253 aa  133  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
269 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>