More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2877 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
239 aa  462  1e-129  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.78 
 
 
239 aa  209  2e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
247 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
250 aa  196  2.0000000000000003e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.55 
 
 
246 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.67 
 
 
249 aa  195  4.0000000000000005e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.88 
 
 
247 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.11 
 
 
246 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
237 aa  192  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.32 
 
 
247 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
261 aa  191  9e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.32 
 
 
247 aa  190  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.7 
 
 
238 aa  187  9e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
246 aa  187  9e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.22 
 
 
248 aa  185  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
250 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.08 
 
 
246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.21 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.08 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.88 
 
 
247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.85 
 
 
254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.55 
 
 
247 aa  181  7e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  47.32 
 
 
246 aa  181  8.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
247 aa  177  1e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
247 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
248 aa  175  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.98 
 
 
257 aa  174  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.22 
 
 
253 aa  168  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.62 
 
 
249 aa  169  5e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.21 
 
 
249 aa  167  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.88 
 
 
245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.05 
 
 
244 aa  164  8e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  45.79 
 
 
221 aa  152  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.41 
 
 
236 aa  149  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
243 aa  141  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  37.5 
 
 
247 aa  133  3e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
246 aa  132  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
243 aa  129  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  36.71 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.4 
 
 
269 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2342  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.890074  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 
245 aa  125  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
295 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 
245 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  36.28 
 
 
291 aa  124  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 
248 aa  123  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
245 aa  124  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  36.02 
 
 
247 aa  122  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.2 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  35.65 
 
 
245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.2 
 
 
263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  35.75 
 
 
248 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  31.9 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 
245 aa  118  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
221 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.9 
 
 
247 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  41.26 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
252 aa  116  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 
245 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
221 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1271  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.74 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
245 aa  112  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
258 aa  112  4.0000000000000004e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
241 aa  112  5e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.3 
 
 
242 aa  112  5e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 
250 aa  112  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
245 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.81 
 
 
236 aa  110  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
245 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
245 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
245 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
261 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
252 aa  103  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_002978  WD1293  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.91 
 
 
243 aa  102  4e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.991698  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
252 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 
252 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  34.47 
 
 
252 aa  102  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
252 aa  102  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
252 aa  102  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
252 aa  102  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
252 aa  101  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  34.47 
 
 
252 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.04 
 
 
258 aa  100  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
247 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.142486  hitchhiker  0.0000000171216 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.28 
 
 
215 aa  100  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0331104 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
253 aa  99.8  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  37.06 
 
 
245 aa  99.8  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
253 aa  99.8  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
253 aa  99.8  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  35.53 
 
 
245 aa  98.2  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  29.52 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
235 aa  96.3  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
276 aa  96.3  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  34.03 
 
 
252 aa  95.9  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.18 
 
 
246 aa  94.4  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>