More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3488 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 239 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 		 237 aa  304  7e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.61 
 
 		 247 aa  292  3e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.78 
 
 		 254 aa  290  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.17 
 
 		 247 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.17 
 
 		 247 aa  288  6e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.04 
 
 		 249 aa  286  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.58 
 
 		 261 aa  282  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.9 
 
 		 249 aa  282  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.04 
 
 		 246 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.84 
 
 		 246 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.9 
 
 		 250 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.08 
 
 		 255 aa  275  5e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 		 246 aa  274  9e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.08 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.66 
 
 		 253 aa  272  3e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  56.07 
 
 		 246 aa  271  4.0000000000000004e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.31 
 
 		 248 aa  270  2e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 		 250 aa  263  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 		 247 aa  263  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.31 
 
 		 238 aa  254  8e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.59 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.28 
 
 		 248 aa  248  5e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.37567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.62 
 
 		 247 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.77 
 
 		 247 aa  244  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.77 
 
 		 247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.64 
 
 		 257 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 		 250 aa  241  7.999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.72 
 
 		 245 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.97 
 
 		 249 aa  221  9.999999999999999e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.08 
 
 		 243 aa  211  5.999999999999999e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 		 244 aa  204  1e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.78 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.158563 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.47 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2135  short chain dehydrogenase / reductase  46.45 
 
 		 221 aa  184  8e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.658978 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  40.25 
 
 		 248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 		 247 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 		 243 aa  179  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  38.98 
 
 		 248 aa  178  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  39.83 
 
 		 246 aa  178  8e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 		 247 aa  168  5e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43 
 
 		 243 aa  167  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00213351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  40.45 
 
 		 245 aa  166  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  40.45 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.02 
 
 		 242 aa  162  3e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 		 250 aa  161  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 		 245 aa  160  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  38.18 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 241 aa  159  3e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 		 261 aa  159  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 248 aa  158  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  41.36 
 
 		 254 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  38.91 
 
 		 245 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  38.81 
 
 		 253 aa  155  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  38.64 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  38.64 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  38.64 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 		 245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  38.18 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 		 236 aa  151  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.103402 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.248374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 252 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.63 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.467913 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2012  short chain dehydrogenase  38.81 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0861155  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 252 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  39.73 
 
 		 252 aa  149  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 276 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2453  putative oxidoreductase (NAD/NADP dependent)  43.14 
 
 		 221 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  41.36 
 
 		 245 aa  148  6e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 252 aa  148  7e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 252 aa  148  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 252 aa  148  7e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  39.73 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.73 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  39.73 
 
 		 252 aa  148  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.5 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_002978  WD1293  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.991698  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1849  short chain dehydrogenase  38.36 
 
 		 253 aa  146  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714478  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 		 258 aa  146  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 247 aa  145  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.142486  hitchhiker  0.0000000171216 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  40.18 
 
 		 253 aa  144  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1927  short chain dehydrogenase  37.9 
 
 		 253 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  40.27 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 291 aa  143  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2313  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 253 aa  143  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119343  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 		 295 aa  141  8e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  38.81 
 
 		 245 aa  141  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  39.82 
 
 		 259 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  40.81 
 
 		 252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>