More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_1188 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_1188  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
232 aa  471  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.19 
 
 
258 aa  145  4.0000000000000006e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
252 aa  144  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.39 
 
 
254 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320713  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
247 aa  132  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 
245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  33.17 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  33.17 
 
 
245 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  33.17 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.81 
 
 
263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  32.41 
 
 
254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  33.17 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 
245 aa  126  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
261 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  31.43 
 
 
248 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  32.21 
 
 
245 aa  123  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
250 aa  123  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 
245 aa  121  8e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
258 aa  121  8e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 
245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
237 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
239 aa  118  9e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  29.47 
 
 
248 aa  118  9e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  35.07 
 
 
291 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  32.21 
 
 
245 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 
295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
245 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1468  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 
245 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0118421  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  33.65 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1534  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000580806  hitchhiker  0.00546516 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1528  short chain dehydrogenase  32.81 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.272639  hitchhiker  0.000286481 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  33.65 
 
 
245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
245 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2342  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
248 aa  112  6e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.890074  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.52 
 
 
269 aa  112  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.52 
 
 
269 aa  112  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.059287  normal  0.09435 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
243 aa  109  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3931  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
247 aa  108  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.198778 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 
252 aa  108  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.59 
 
 
250 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
247 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.851673 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  27.18 
 
 
248 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.39 
 
 
261 aa  106  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
249 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.7 
 
 
246 aa  105  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.84 
 
 
247 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.44 
 
 
246 aa  104  1e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.44 
 
 
255 aa  104  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
247 aa  103  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.7 
 
 
246 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 
247 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.73 
 
 
246 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
247 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.48 
 
 
249 aa  102  4e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  27.98 
 
 
246 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  27.67 
 
 
247 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 
254 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
269 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0763173  hitchhiker  0.00365487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1370  short chain dehydrogenase  34.95 
 
 
246 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1763  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
246 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755311  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1956  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
246 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3951  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
246 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010229  hitchhiker  0.00832612 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0646  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
241 aa  99  6e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
247 aa  99  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4083  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 
246 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.391178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  34.41 
 
 
259 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.41 
 
 
253 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.652613  normal  0.188417 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01316  short chain dehydrogenase  35.67 
 
 
230 aa  98.2  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.395347  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1354  short chain dehydrogenase  33.87 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.801717  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.72 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.142486  hitchhiker  0.0000000171216 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.64 
 
 
238 aa  97.8  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1740  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.26 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3652  short chain dehydrogenase  32.8 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.816797  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23200  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.246989  hitchhiker  0.000850788 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  31.07 
 
 
253 aa  95.9  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
258 aa  95.9  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0796493  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
253 aa  95.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
253 aa  95.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
253 aa  95.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
253 aa  95.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1849  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
253 aa  95.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714478  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0366  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.61 
 
 
242 aa  94.4  1e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.357183  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.44 
 
 
250 aa  94.4  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.46 
 
 
248 aa  92.4  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
276 aa  89  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
252 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.1 
 
 
252 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 
251 aa  88.2  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  30.1 
 
 
252 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
252 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.77 
 
 
245 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  30.1 
 
 
252 aa  87  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>