More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_1549 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013422  Hneap_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  510  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
250 aa  128  9.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2152  ATPase FliI/YscN  30.43 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0579  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
258 aa  121  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2119  short chain dehydrogenase  31.5 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.860412 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0132  short chain dehydrogenase  29.2 
 
 
291 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0123  short chain dehydrogenase  29.2 
 
 
295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.974335  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0577  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000371974  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2572  short chain dehydrogenase  29.03 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1699  oxidoreductase  30.28 
 
 
247 aa  110  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.782985  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1160  short chain dehydrogenase  29.72 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0211991  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1649  short chain dehydrogenase  29.3 
 
 
245 aa  106  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000294684  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1973  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 
245 aa  106  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0324346  normal  0.993482 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  29.37 
 
 
248 aa  105  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02865  short chain dehydrogenase  27.49 
 
 
248 aa  105  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3108  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.71 
 
 
263 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0812933  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.71 
 
 
263 aa  104  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000459649  unclonable  0.0000000000323747 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2473  short chain dehydrogenase  27.08 
 
 
245 aa  104  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.733857  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
252 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00434929  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2121  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 
245 aa  103  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000029074  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2409  short chain dehydrogenase  27.85 
 
 
245 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00187204  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2451  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
247 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.26523  normal  0.621505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1692  short chain dehydrogenase  26.61 
 
 
245 aa  102  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00276459  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
247 aa  100  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1672  short chain dehydrogenase  27.43 
 
 
245 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245982  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2905  short chain dehydrogenase  26.91 
 
 
245 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00116832  normal  0.0773773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2715  short chain dehydrogenase  27 
 
 
245 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000973965  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2342  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
248 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.890074  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2792  short chain dehydrogenase  27 
 
 
245 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000179947  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
239 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.640458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
254 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320713  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 
247 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176683  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2694  short chain dehydrogenase  27 
 
 
245 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000497802  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
269 aa  99.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0807012  hitchhiker  0.000000111749 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2728  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.62 
 
 
269 aa  99.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2183  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.02 
 
 
247 aa  99.4  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000966218  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
247 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.264049  normal  0.384966 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  27.89 
 
 
248 aa  96.7  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
250 aa  95.5  7e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1849  short chain dehydrogenase  28.74 
 
 
253 aa  95.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714478  normal  0.244786 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2396  short chain dehydrogenase  28.87 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000375215  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3786  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
247 aa  93.6  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1844  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 
253 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000457135 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1907  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 
253 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000106494 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1611  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 
253 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000230658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1429  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 
253 aa  92.8  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.281885  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2935  short chain dehydrogenase  28.87 
 
 
245 aa  92.4  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
250 aa  91.3  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15740  short chain dehydrogenase  30.25 
 
 
252 aa  90.5  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1470  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 
252 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.929322  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1860  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 
252 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000976812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1903  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 
252 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000124069 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1380  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 
252 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2357  short chain dehydrogenase  28.85 
 
 
252 aa  90.1  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.596185  hitchhiker  0.00000030745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1191  short chain dehydrogenase  26.38 
 
 
245 aa  89.7  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1534  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 
245 aa  89.4  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000580806  hitchhiker  0.00546516 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01247  short chain dehydrogenase  28.46 
 
 
252 aa  89  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
252 aa  89  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0592861  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01257  hypothetical protein  28.46 
 
 
252 aa  89  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1528  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 
245 aa  89  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.272639  hitchhiker  0.000286481 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1495  short chain dehydrogenase  28.46 
 
 
252 aa  88.6  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1468  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 
245 aa  88.6  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0118421  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1188  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 
232 aa  88.6  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0452  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.58 
 
 
255 aa  87  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0445  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.58 
 
 
246 aa  87.4  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 
261 aa  87.8  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.537071  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
257 aa  87  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.240167  normal  0.806426 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
246 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0420142  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2199  short chain dehydrogenase  26.09 
 
 
253 aa  85.9  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000321431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1843  short chain dehydrogenase  29.44 
 
 
259 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0503797  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.37 
 
 
246 aa  85.9  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2660  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 
276 aa  85.5  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.219801  unclonable  0.0000000271181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0403  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 
237 aa  85.1  9e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  27.45 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  27.5 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  27.5 
 
 
253 aa  85.1  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2862  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.11 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.142486  hitchhiker  0.0000000171216 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.88 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000379715  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.88 
 
 
249 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.956154 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 
238 aa  83.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1497  NAD/NADP dependent oxidoreductase  27.62 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.445063  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
248 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
245 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.77 
 
 
244 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407354  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1927  short chain dehydrogenase  25.63 
 
 
253 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.745144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4285  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33 
 
 
249 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1740  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  28.63 
 
 
246 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1956  short chain dehydrogenase  26.47 
 
 
246 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23200  short chain dehydrogenase  26.34 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.246989  hitchhiker  0.000850788 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.46 
 
 
243 aa  77.4  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396766  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  25.98 
 
 
253 aa  77.4  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
249 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0803391 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
269 aa  77  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4628  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
254 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1763  short chain dehydrogenase  28.99 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755311  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0485  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.24 
 
 
249 aa  76.3  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.334807  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3951  short chain dehydrogenase  28.99 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.010229  hitchhiker  0.00832612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>