More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5566 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5566  histidine kinase  100 
 
 
403 aa  830    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.430665 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0103  sensor histidine kinase  41.05 
 
 
379 aa  263  6e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.689061  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1994  histidine kinase  34.32 
 
 
387 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.376445  hitchhiker  0.00440814 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3217  two-component sensor histidine kinase  40 
 
 
725 aa  170  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.672415 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0123  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.33 
 
 
506 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.489937  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5435  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
737 aa  150  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.72924  normal  0.609194 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0214  aerobic respiration sensor-response protein; histidine protein kinase/phosphatase, sensor for arcA  34.73 
 
 
511 aa  143  6e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.257861  normal  0.726877 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
569 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0211  sensor histidine kinase  33.19 
 
 
506 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0352661  normal  0.776224 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.61 
 
 
695 aa  113  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2092  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 
882 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.112279  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.53 
 
 
663 aa  106  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3860  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.23 
 
 
520 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2675  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.73 
 
 
708 aa  105  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.877  normal  0.897929 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0992  two-component sensor histidine kinase  29.92 
 
 
696 aa  102  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0439814  normal  0.153335 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5451  signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
547 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.915879  normal  0.94618 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
1043 aa  100  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  24.15 
 
 
529 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  23.44 
 
 
532 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.41 
 
 
668 aa  97.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.41 
 
 
668 aa  97.1  5e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4682  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
424 aa  94  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266378  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4331  signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
545 aa  94  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.364366 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 
468 aa  93.6  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4169  ATPase domain-containing protein  24.21 
 
 
435 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0180001  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4538  histidine kinase  24.21 
 
 
417 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.593908  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0830  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.06 
 
 
394 aa  90.1  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00410023  normal  0.375315 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
506 aa  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1627  histidine kinase  23.25 
 
 
538 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.73 
 
 
677 aa  86.7  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
761 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
929 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.61 
 
 
1383 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2057  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 
352 aa  84.7  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.566261 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2179  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.19 
 
 
710 aa  84.7  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.312055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0666  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 
579 aa  84  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.1 
 
 
756 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.5 
 
 
510 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.309239  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
713 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
510 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.475252  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 
1195 aa  83.6  0.000000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.75 
 
 
426 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.716667 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.15 
 
 
575 aa  82  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
713 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1730  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 
591 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0678  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.4 
 
 
721 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.146546  normal  0.0234435 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0386  two component sensor kinase  24.34 
 
 
495 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
769 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2077  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein (sensor for arcA)  26.61 
 
 
492 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0651522  normal  0.191572 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2742  sensory box histidine kinase  25.27 
 
 
363 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.507187  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
510 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4011  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
418 aa  80.5  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.139178  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1675  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.9 
 
 
558 aa  80.1  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0567929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5118  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  21.76 
 
 
837 aa  80.1  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.657918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.41 
 
 
748 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  23.81 
 
 
755 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0386  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 
674 aa  79.7  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.963585  normal  0.451057 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.21 
 
 
604 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2154  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.04 
 
 
572 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.32555 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.2 
 
 
1267 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.02 
 
 
748 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1650  sensory box protein  33.59 
 
 
819 aa  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00487383  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1953  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 
632 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 
857 aa  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.95 
 
 
502 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
761 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 
1807 aa  77.4  0.0000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
1140 aa  77  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3546  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 
518 aa  77  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2263  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.93 
 
 
632 aa  77  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3357  sensory box histidine kinase  26.95 
 
 
794 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  30.43 
 
 
1384 aa  76.6  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2090  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
763 aa  76.6  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.163656  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0009  sensory box histidine kinase  24.5 
 
 
499 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1148  sensor histidine kinase  26.07 
 
 
604 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.43 
 
 
627 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.08 
 
 
704 aa  76.3  0.0000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.4 
 
 
743 aa  76.3  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.86 
 
 
817 aa  75.9  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3432  histidine kinase  27.2 
 
 
796 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1788  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.58 
 
 
763 aa  75.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1404  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  30.65 
 
 
1759 aa  75.1  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1083  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.6 
 
 
973 aa  74.7  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0344  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 
730 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0059666  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 
670 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465317  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0741  Signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
498 aa  75.5  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.98 
 
 
873 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  28.94 
 
 
515 aa  75.5  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1754  bacteriophytochrome  25.62 
 
 
538 aa  74.7  0.000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.478191  normal  0.160792 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 
763 aa  74.3  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 
751 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0662  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 
918 aa  74.3  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0359693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.98 
 
 
779 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2567  sensor histidine kinase  20.84 
 
 
583 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.98 
 
 
361 aa  73.9  0.000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2774  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 
535 aa  73.6  0.000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2335  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.34 
 
 
504 aa  73.9  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.69 
 
 
628 aa  73.9  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2444  sensor histidine kinase  23.57 
 
 
610 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.119384  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  22.4 
 
 
842 aa  73.6  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>