More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0386 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0386  two component sensor kinase  100 
 
 
495 aa  988    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0150  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.72 
 
 
494 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1783  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50.72 
 
 
494 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.992798  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1341  multi-sensor signal transduction histidine kinase  51.76 
 
 
495 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0234409  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0666  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  44.3 
 
 
579 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
510 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4217  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.99 
 
 
506 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2335  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.68 
 
 
504 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 
510 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.309239  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1754  bacteriophytochrome  35.92 
 
 
538 aa  282  1e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.478191  normal  0.160792 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 
510 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.475252  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2190  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.33 
 
 
532 aa  280  4e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2870  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.07 
 
 
510 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.267269  normal  0.250305 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.84 
 
 
627 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4875  PAS sensor protein  51.17 
 
 
632 aa  250  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.152822  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5416  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
632 aa  250  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.39 
 
 
499 aa  249  8e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0760832 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5360  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.16 
 
 
632 aa  248  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0300  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.45 
 
 
887 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328128  normal  0.0126688 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0053  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.31 
 
 
444 aa  216  9e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2531  sensory box histidine kinase  44.7 
 
 
1053 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.606569  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1667  histidine kinase  42.69 
 
 
537 aa  206  7e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0824698 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0051  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.54 
 
 
651 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
854 aa  156  7e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01275  putative two-component sensor histidine kinase  27.01 
 
 
503 aa  147  4.0000000000000006e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.590202  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2867  Signal transduction histidine Kinases (STHK)  27.61 
 
 
591 aa  146  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1548  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 
430 aa  142  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.758672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1602  histidine kinase  26.54 
 
 
582 aa  137  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3631  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 
361 aa  137  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.991332  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0806  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
865 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.613384  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1760  histidine kinase  32.74 
 
 
563 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0500  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.53 
 
 
366 aa  134  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.28 
 
 
547 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.817663  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2606  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
664 aa  126  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383776  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0678  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
721 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.146546  normal  0.0234435 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  32.73 
 
 
494 aa  124  5e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2216  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
458 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.247022  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.77 
 
 
1043 aa  122  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0630  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
713 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.908922  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0958  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.99 
 
 
734 aa  122  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
929 aa  121  3e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3195  histidine kinase  31.4 
 
 
354 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.107163  normal  0.232991 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 
761 aa  120  7.999999999999999e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0294  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 
799 aa  120  7.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.190357  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2392  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.7 
 
 
363 aa  119  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0991  histidine kinase  25.71 
 
 
462 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.39 
 
 
380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5844  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  26.93 
 
 
529 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.533062 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2540  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
809 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2430  histidine kinase  33.22 
 
 
629 aa  116  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.73405  normal  0.136698 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
575 aa  116  8.999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.98 
 
 
779 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0262  bacteriophytochrome-like protein  25.27 
 
 
505 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.268371 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 
1144 aa  115  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2299  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.62 
 
 
670 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465317  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2115  histidine kinase  33.09 
 
 
379 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  28.83 
 
 
576 aa  114  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
761 aa  114  3e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0097  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
1224 aa  114  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.105547 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
539 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.128925  normal  0.0899176 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4414  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 
1166 aa  114  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107711 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4352  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.68 
 
 
1166 aa  113  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0010  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 
604 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0875  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 
368 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021337 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0553  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
440 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.580246  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  27.81 
 
 
842 aa  112  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1994  histidine kinase  29.3 
 
 
387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.376445  hitchhiker  0.00440814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  28.4 
 
 
737 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1315  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
365 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1875  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  28.46 
 
 
501 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2103  histidine kinase  33.7 
 
 
382 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
775 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
681 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1212  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
458 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.377857  hitchhiker  0.00290095 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4154  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 
493 aa  111  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1956  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
477 aa  110  4.0000000000000004e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22960  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  29.41 
 
 
552 aa  109  9.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.282071 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
1267 aa  109  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1125  histidine kinase  32.75 
 
 
564 aa  109  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1574  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 
841 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1656  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 
478 aa  109  1e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
775 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2395  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
686 aa  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000161382  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2319  putative periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
536 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.774342  normal  0.315371 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  28.66 
 
 
565 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0037  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
387 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0011  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
483 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0404114  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0668  histidine kinase  29.79 
 
 
700 aa  108  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0742794 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
767 aa  108  3e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1517  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 
607 aa  107  3e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0233222  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1524  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 
607 aa  107  3e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1531  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 
607 aa  107  3e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1289  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
662 aa  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.31 
 
 
704 aa  107  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352611  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 
1383 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
1669 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1676  histidine kinase  29.1 
 
 
881 aa  107  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
781 aa  106  8e-22  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 
1153 aa  106  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2254  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
829 aa  106  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.254263  normal  0.520462 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>