78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1154 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1154  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 195 aa  402  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259101  normal  0.239294 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2705  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.07 
 
 		 205 aa  256  1e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0133613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.87 
 
 		 1367 aa  64.3  0.0000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.87 
 
 		 1367 aa  64.3  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 960 aa  61.6  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29850  Exonuclease  25 
 
 		 185 aa  57.4  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  28.02 
 
 		 1362 aa  56.2  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2023  exonuclease, putative  23.66 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0659436  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.04 
 
 		 721 aa  54.3  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  27.27 
 
 		 578 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 		 927 aa  53.9  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3951  exonuclease  24.48 
 
 		 180 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.152362  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.65 
 
 		 1390 aa  53.9  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  25.54 
 
 		 200 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2512  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.48 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105502  normal  0.618089 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.13 
 
 		 232 aa  53.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1832  exonuclease  23.12 
 
 		 181 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.408826 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.23 
 
 		 200 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 		 233 aa  52.4  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.51 
 
 		 956 aa  52  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  26.56 
 
 		 1365 aa  52  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44130  hypothetical protein  25.41 
 
 		 183 aa  51.6  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  28.25 
 
 		 585 aa  50.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.39 
 
 		 180 aa  50.4  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3753  hypothetical protein  24.86 
 
 		 183 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.516522  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  29.83 
 
 		 616 aa  50.1  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 		 706 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  36.59 
 
 		 277 aa  49.3  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.77 
 
 		 944 aa  49.3  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  26.63 
 
 		 1426 aa  48.9  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  29.38 
 
 		 1388 aa  48.9  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 		 235 aa  48.5  0.00006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  24.35 
 
 		 578 aa  48.5  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1621  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.46 
 
 		 183 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.73 
 
 		 238 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  29.5 
 
 		 719 aa  47.8  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  27.62 
 
 		 235 aa  47.4  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3813  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.19 
 
 		 183 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.91 
 
 		 769 aa  46.6  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 		 233 aa  46.6  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4247  exonuclease  23.91 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.351378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.26 
 
 		 239 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  24.34 
 
 		 570 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  26.78 
 
 		 1402 aa  46.2  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.66 
 
 		 1442 aa  46.2  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0507  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.75 
 
 		 215 aa  46.2  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.589563  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 		 187 aa  46.2  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  28.64 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  25.43 
 
 		 228 aa  45.4  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  35 
 
 		 205 aa  45.4  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.86 
 
 		 930 aa  45.1  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.79 
 
 		 695 aa  44.7  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.04 
 
 		 213 aa  44.3  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3566  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.12 
 
 		 181 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  25.65 
 
 		 1407 aa  43.5  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  27.05 
 
 		 714 aa  43.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  26.04 
 
 		 1465 aa  43.5  0.002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.13 
 
 		 228 aa  43.5  0.002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.28 
 
 		 547 aa  42.7  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.52 
 
 		 722 aa  42.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.59 
 
 		 200 aa  42.7  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.52 
 
 		 238 aa  42.7  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4200  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.97 
 
 		 187 aa  42.7  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  25.26 
 
 		 1449 aa  42.4  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.16 
 
 		 479 aa  42.4  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1965  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.47 
 
 		 180 aa  42.4  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.297804  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.31 
 
 		 233 aa  42  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 595 aa  42.4  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.94 
 
 		 231 aa  42.4  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.19 
 
 		 243 aa  41.6  0.007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 		 610 aa  41.6  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 		 231 aa  41.6  0.008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0157  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.46 
 
 		 188 aa  41.6  0.008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.32351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.91 
 
 		 230 aa  41.6  0.008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  26.49 
 
 		 231 aa  41.2  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.12 
 
 		 205 aa  41.2  0.01  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>